More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0714 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0714  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
335 aa  664    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0299286  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.24 
 
 
335 aa  494  1e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.238126  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3297  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.64 
 
 
335 aa  482  1e-135  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.204315  normal  0.181035 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3876  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  68.45 
 
 
336 aa  474  1e-133  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4598  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.49 
 
 
319 aa  377  1e-103  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.930375  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0384  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.38 
 
 
319 aa  375  1e-103  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.512992 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1411  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.08 
 
 
319 aa  372  1e-102  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.43 
 
 
322 aa  355  8.999999999999999e-97  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0004  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  50.3 
 
 
320 aa  350  2e-95  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.101832  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2266  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.45 
 
 
320 aa  345  8.999999999999999e-94  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2317  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.45 
 
 
320 aa  345  8.999999999999999e-94  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.766968 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6954  oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  47.32 
 
 
319 aa  318  7e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.43 
 
 
319 aa  307  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1355  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.13 
 
 
319 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4580  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.41 
 
 
319 aa  291  1e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
331 aa  236  5.0000000000000005e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2797  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.09 
 
 
319 aa  228  1e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2593  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.02 
 
 
343 aa  226  5.0000000000000005e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0808  oligopeptide ABC transporter, permease  37.2 
 
 
316 aa  224  1e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.282065  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1001  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.69 
 
 
316 aa  224  2e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0823  oligopeptide ABC transporter, permease  37.58 
 
 
316 aa  224  2e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.164685  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.07 
 
 
321 aa  223  3e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4340  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.12 
 
 
313 aa  222  6e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.951896 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.71 
 
 
306 aa  222  9e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0946  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.67 
 
 
316 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.170303  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4385  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.67 
 
 
316 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  1.02052e-22 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.39 
 
 
316 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00583871  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.77 
 
 
355 aa  220  3e-56  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0791674  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0997  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.58 
 
 
316 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  5.28482e-62 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0859  oligopeptide ABC transporter permease  37.58 
 
 
316 aa  219  7e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0909  oligopeptide ABC transporter permease protein  37.58 
 
 
316 aa  219  7e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0836804  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1235  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.38 
 
 
333 aa  218  1e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391976  normal  0.26803 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1001  glutathione ABC transporter permease  35.99 
 
 
306 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0891  glutathione ABC transporter, permease protein  35.99 
 
 
306 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.976092  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.4 
 
 
313 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.54 
 
 
334 aa  217  2.9999999999999998e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0918  inner membrane ABC transporter permease protein YddR  35.99 
 
 
306 aa  216  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.09 
 
 
321 aa  216  5e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0951  glutathione ABC transporter permease  35.99 
 
 
306 aa  216  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.258662  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0980  glutathione ABC transporter permease  35.99 
 
 
306 aa  216  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.09 
 
 
315 aa  215  8e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.91 
 
 
313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.8 
 
 
321 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2276  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.27 
 
 
336 aa  212  5.999999999999999e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000111157 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5256  putative ABC transporter (permease protein)  35.22 
 
 
313 aa  212  7e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.173409  normal  0.132635 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1434  peptide ABC transporter, permease protein  34.5 
 
 
326 aa  212  7.999999999999999e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.393954  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.59 
 
 
313 aa  211  9e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.2 
 
 
321 aa  211  1e-53  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.793124  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  35.69 
 
 
306 aa  210  2e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.01 
 
 
321 aa  211  2e-53  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0692911 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  35.69 
 
 
306 aa  210  3e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
306 aa  210  3e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  35.69 
 
 
306 aa  210  3e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
306 aa  210  3e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  35.69 
 
 
306 aa  210  3e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  35.69 
 
 
306 aa  210  3e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.12 
 
 
325 aa  210  3e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  35.69 
 
 
306 aa  210  3e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.81 
 
 
311 aa  210  4e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.642024 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1869  ABC-type transport system protein  35.69 
 
 
324 aa  208  8e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2554  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  34.82 
 
 
321 aa  208  9e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.57 
 
 
347 aa  208  1e-52  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.699223  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  36.23 
 
 
313 aa  208  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.48 
 
 
325 aa  208  1e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.169122  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2517  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  35.4 
 
 
306 aa  207  2e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.42 
 
 
306 aa  207  2e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4576  peptide ABC transporter permease  36.69 
 
 
318 aa  207  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752948  hitchhiker  0.00438876 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2257  oligopeptide ABC transporter, permease component  34.52 
 
 
321 aa  207  2e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0568  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.2 
 
 
321 aa  206  3e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1214  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.34 
 
 
344 aa  206  4e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1224  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.91 
 
 
313 aa  206  5e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.61 
 
 
313 aa  205  7e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.932563 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1092  peptide ABC transporter, permease protein, putative  34.23 
 
 
314 aa  205  8e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.58 
 
 
306 aa  205  9e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1381  transmembrane ABC transporter protein  35.82 
 
 
307 aa  205  1e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796345  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  35.9 
 
 
333 aa  205  1e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0873  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.64 
 
 
320 aa  204  2e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0307537  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5358  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  34.73 
 
 
315 aa  204  2e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.01 
 
 
319 aa  203  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.540957  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
307 aa  203  3e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525141  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
306 aa  203  3e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
307 aa  203  3e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.237541  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1766  peptide ABC transporter, permease protein  35.01 
 
 
321 aa  202  5e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.147265  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1012  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.14 
 
 
320 aa  202  6e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0445446  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0993  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.14 
 
 
320 aa  202  6e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.71 
 
 
324 aa  202  6e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.51 
 
 
313 aa  202  6e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0910692  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0779  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.82 
 
 
339 aa  202  6e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0777268  normal  0.809759 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1620  peptide ABC transporter, permease protein  35 
 
 
321 aa  202  9e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.911317 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.02 
 
 
313 aa  201  9.999999999999999e-51  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.31 
 
 
306 aa  201  9.999999999999999e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4455  opine ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  33.23 
 
 
313 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000539356 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.73 
 
 
306 aa  201  1.9999999999999998e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.28 
 
 
306 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.856308  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.42 
 
 
313 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3352  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.99 
 
 
306 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17239  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2003  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.83 
 
 
315 aa  200  3e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.01 
 
 
306 aa  200  3e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4164  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.99 
 
 
306 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.191651  hitchhiker  0.00741174 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.52 
 
 
313 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18831  normal  0.0133436 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>