More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3876 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_3876  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  100 
 
 
336 aa  664    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0714  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.45 
 
 
335 aa  474  1e-133  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0299286  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.77 
 
 
335 aa  460  9.999999999999999e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.238126  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3297  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.96 
 
 
335 aa  452  1.0000000000000001e-126  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.204315  normal  0.181035 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1411  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.17 
 
 
319 aa  381  1e-105  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0384  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.1 
 
 
319 aa  375  1e-103  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.512992 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4598  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.92 
 
 
319 aa  371  1e-101  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.930375  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0004  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  50.74 
 
 
320 aa  350  2e-95  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.101832  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.6 
 
 
322 aa  340  2e-92  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2266  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.82 
 
 
320 aa  332  4e-90  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2317  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.82 
 
 
320 aa  332  4e-90  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.766968 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6954  oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  46.59 
 
 
319 aa  311  1e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.59 
 
 
319 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1355  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.99 
 
 
319 aa  305  8.000000000000001e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4580  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.57 
 
 
319 aa  290  3e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1001  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.48 
 
 
316 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.35 
 
 
331 aa  234  2.0000000000000002e-60  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.18 
 
 
316 aa  229  4e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00583871  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0808  oligopeptide ABC transporter, permease  40.18 
 
 
316 aa  227  2e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.282065  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0823  oligopeptide ABC transporter, permease  39.88 
 
 
316 aa  227  3e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.164685  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0946  oligopeptide ABC transporter, permease protein  39.29 
 
 
316 aa  225  9e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.170303  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0997  oligopeptide ABC transporter, permease protein  39.88 
 
 
316 aa  225  9e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  5.28482e-62 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4385  oligopeptide ABC transporter, permease protein  39.29 
 
 
316 aa  225  1e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  1.02052e-22 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0859  oligopeptide ABC transporter permease  39.88 
 
 
316 aa  224  2e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0909  oligopeptide ABC transporter permease protein  39.88 
 
 
316 aa  224  2e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0836804  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.4 
 
 
355 aa  221  1.9999999999999999e-56  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0791674  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2554  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  35.61 
 
 
321 aa  217  2e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.87 
 
 
321 aa  217  2.9999999999999998e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.19 
 
 
321 aa  216  5.9999999999999996e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2257  oligopeptide ABC transporter, permease component  35.01 
 
 
321 aa  215  9.999999999999999e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2797  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.28 
 
 
319 aa  214  1.9999999999999998e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0719  hypothetical protein  36.09 
 
 
316 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.870853 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.87 
 
 
313 aa  212  5.999999999999999e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2276  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.7 
 
 
336 aa  211  1e-53  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000111157 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.47 
 
 
313 aa  210  3e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.9 
 
 
306 aa  210  3e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.28 
 
 
334 aa  209  4e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.12 
 
 
315 aa  209  7e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.951594  normal  0.741309 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0873  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.94 
 
 
320 aa  208  9e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0307537  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.36 
 
 
347 aa  208  1e-52  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.699223  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.58 
 
 
313 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5079  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.58 
 
 
318 aa  207  2e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.823719  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3905  dipeptide transporter permease DppB  37.4 
 
 
339 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0267  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.87 
 
 
318 aa  206  4e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.28 
 
 
321 aa  206  5e-52  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0692911 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3949  dipeptide transporter permease DppB  37.12 
 
 
339 aa  206  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.788898  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3827  dipeptide transporter permease DppB  37.12 
 
 
339 aa  206  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3841  dipeptide transporter permease DppB  37.12 
 
 
339 aa  206  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.66 
 
 
321 aa  206  6e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.793124  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4009  dipeptide transporter permease DppB  37.12 
 
 
339 aa  206  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.3 
 
 
308 aa  206  6e-52  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0206  oligopeptide ABC transporter, permease  36.58 
 
 
318 aa  205  8e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5358  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  36.39 
 
 
315 aa  205  8e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.69 
 
 
321 aa  205  8e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.94 
 
 
320 aa  204  2e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000183272  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  36.58 
 
 
313 aa  203  3e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.83 
 
 
335 aa  203  3e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.948745  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1434  peptide ABC transporter, permease protein  35.57 
 
 
326 aa  203  4e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.393954  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.48 
 
 
313 aa  203  4e-51  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.87 
 
 
318 aa  202  5e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0139  dipeptide transporter permease DppB  35.85 
 
 
351 aa  202  5e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5256  putative ABC transporter (permease protein)  34.51 
 
 
313 aa  202  5e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.173409  normal  0.132635 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0185  dipeptide transporter permease DppB  36.77 
 
 
339 aa  202  9e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.446355  normal  0.432086 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  37.15 
 
 
339 aa  201  9.999999999999999e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1235  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.94 
 
 
333 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391976  normal  0.26803 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.63 
 
 
315 aa  201  9.999999999999999e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0000049983  normal  0.670386 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03394  dipeptide transporter  36.57 
 
 
339 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0169  Alkaline phosphatase  36.57 
 
 
339 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3988  dipeptide transporter permease DppB  36.57 
 
 
339 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4911  dipeptide transporter permease DppB  36.57 
 
 
381 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3232  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  35.67 
 
 
335 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.624237  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1766  peptide ABC transporter, permease protein  35.21 
 
 
321 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.147265  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4035  dipeptide transporter permease DppB  36.57 
 
 
339 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03345  hypothetical protein  36.57 
 
 
339 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4097  dipeptide transporter permease DppB  36.84 
 
 
339 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0172  dipeptide transporter permease DppB  36.57 
 
 
339 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.67 
 
 
335 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3862  dipeptide transporter permease DppB  36.57 
 
 
339 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0568  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.66 
 
 
321 aa  200  1.9999999999999998e-50  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3742  dipeptide transporter permease DppB  36.57 
 
 
339 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  35.21 
 
 
336 aa  200  3e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3964  hypothetical protein  36.13 
 
 
335 aa  200  3e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.1929 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
313 aa  200  3e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18831  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.47 
 
 
325 aa  200  3e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.169122  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0245  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
339 aa  199  3.9999999999999996e-50  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.76239  normal  0.869294 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0016  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.4 
 
 
320 aa  199  5e-50  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.000000000461837  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  34.65 
 
 
336 aa  199  5e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  33.43 
 
 
339 aa  199  5e-50  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0045  dipeptide transporter permease DppB  36.21 
 
 
339 aa  199  6e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0210  oligopeptide ABC transporter, permease  35.69 
 
 
318 aa  198  9e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0232  oligopeptide ABC transporter permease protein  35.69 
 
 
318 aa  198  9e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0249  oligopeptide ABC transporter, permease protein  35.69 
 
 
318 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0220  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
318 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0050  dipeptide transporter permease DppB  36.49 
 
 
339 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.969756  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1224  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.69 
 
 
313 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2856  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.98 
 
 
322 aa  197  2.0000000000000003e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.205475 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.29 
 
 
331 aa  197  2.0000000000000003e-49  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00166089  hitchhiker  0.0087818 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1413  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.06 
 
 
332 aa  197  2.0000000000000003e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.739242 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4239  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.96 
 
 
336 aa  197  3e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0349667  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4340  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.53 
 
 
313 aa  196  3e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.951896 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>