More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0607 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
335 aa  666    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.238126  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0714  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.24 
 
 
335 aa  494  1e-139  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0299286  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3876  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  65.77 
 
 
336 aa  460  9.999999999999999e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3297  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.16 
 
 
335 aa  454  1e-127  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.204315  normal  0.181035 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1411  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.46 
 
 
319 aa  380  1e-104  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4598  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.9 
 
 
319 aa  374  1e-102  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.930375  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0384  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.6 
 
 
319 aa  367  1e-100  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.512992 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0004  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  50 
 
 
320 aa  337  1.9999999999999998e-91  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.101832  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.85 
 
 
322 aa  323  2e-87  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2266  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.77 
 
 
320 aa  321  9.000000000000001e-87  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2317  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.77 
 
 
320 aa  321  9.000000000000001e-87  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.766968 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
319 aa  312  5.999999999999999e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1355  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
319 aa  311  1e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6954  oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  48.51 
 
 
319 aa  310  2.9999999999999997e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4580  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.9 
 
 
319 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.14 
 
 
331 aa  231  9e-60  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1001  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.43 
 
 
316 aa  231  2e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0823  oligopeptide ABC transporter, permease  40.91 
 
 
316 aa  230  2e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.164685  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.47 
 
 
321 aa  230  3e-59  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.12 
 
 
316 aa  227  2e-58  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00583871  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0808  oligopeptide ABC transporter, permease  39.88 
 
 
316 aa  227  3e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.282065  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4385  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40 
 
 
316 aa  226  5.0000000000000005e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  1.02052e-22 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.98 
 
 
321 aa  225  8e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0692911 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.91 
 
 
355 aa  225  1e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0791674  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0946  oligopeptide ABC transporter, permease protein  39.7 
 
 
316 aa  224  1e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.170303  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0997  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.3 
 
 
316 aa  224  2e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  5.28482e-62 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.44 
 
 
306 aa  224  2e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.87 
 
 
321 aa  224  2e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0859  oligopeptide ABC transporter permease  40.3 
 
 
316 aa  222  7e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0909  oligopeptide ABC transporter permease protein  40.3 
 
 
316 aa  222  7e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0836804  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.35 
 
 
321 aa  222  9e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2797  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.87 
 
 
319 aa  221  9.999999999999999e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.17 
 
 
321 aa  221  9.999999999999999e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.793124  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2554  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  36.31 
 
 
321 aa  219  3.9999999999999997e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2257  oligopeptide ABC transporter, permease component  36.01 
 
 
321 aa  218  7.999999999999999e-56  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1235  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.38 
 
 
333 aa  216  4e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391976  normal  0.26803 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0568  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.28 
 
 
321 aa  216  4e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1869  ABC-type transport system protein  37.06 
 
 
324 aa  212  5.999999999999999e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1620  peptide ABC transporter, permease protein  36.8 
 
 
321 aa  212  5.999999999999999e-54  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.911317 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2593  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.55 
 
 
343 aa  212  7.999999999999999e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1434  peptide ABC transporter, permease protein  35.38 
 
 
326 aa  211  9e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.393954  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.01 
 
 
325 aa  211  1e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.06 
 
 
334 aa  211  1e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1413  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.65 
 
 
332 aa  211  2e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.739242 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2276  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.95 
 
 
336 aa  209  4e-53  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000111157 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4340  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.4 
 
 
313 aa  209  6e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.951896 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0873  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.53 
 
 
320 aa  208  8e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0307537  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.8 
 
 
313 aa  208  1e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.21 
 
 
347 aa  208  1e-52  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.699223  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1766  peptide ABC transporter, permease protein  36.5 
 
 
321 aa  207  2e-52  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.147265  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0779  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.72 
 
 
339 aa  207  2e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0777268  normal  0.809759 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5256  putative ABC transporter (permease protein)  34.5 
 
 
313 aa  206  4e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.173409  normal  0.132635 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4093  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.62 
 
 
321 aa  206  5e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.71 
 
 
324 aa  204  1e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.43 
 
 
326 aa  202  5e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.75386 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0920  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.73 
 
 
343 aa  202  6e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.416644 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.5 
 
 
313 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.14 
 
 
326 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.1 
 
 
306 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.35 
 
 
331 aa  201  1.9999999999999998e-50  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00166089  hitchhiker  0.0087818 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.87 
 
 
325 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.169122  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  38.1 
 
 
306 aa  200  3e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  38.1 
 
 
306 aa  200  3e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0245  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.68 
 
 
339 aa  200  3e-50  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.76239  normal  0.869294 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1224  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.99 
 
 
313 aa  200  3e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1214  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.43 
 
 
344 aa  200  3e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0806  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.4 
 
 
334 aa  199  6e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4392  oligopeptide ABC transporter permease  38.1 
 
 
306 aa  199  7.999999999999999e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0210  oligopeptide ABC transporter, permease  35.52 
 
 
318 aa  199  7.999999999999999e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0232  oligopeptide ABC transporter permease protein  35.52 
 
 
318 aa  199  7.999999999999999e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4732  oligopeptide ABC transporter permease protein  38.1 
 
 
306 aa  199  7.999999999999999e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1275  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  37.76 
 
 
317 aa  198  9e-50  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000495045  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0249  oligopeptide ABC transporter, permease protein  35.52 
 
 
318 aa  198  9e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.57 
 
 
308 aa  198  9e-50  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1092  peptide ABC transporter, permease protein, putative  35.1 
 
 
314 aa  198  1.0000000000000001e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1012  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.14 
 
 
320 aa  198  1.0000000000000001e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0445446  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.58 
 
 
313 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.932563 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0993  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.14 
 
 
320 aa  198  1.0000000000000001e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  34.84 
 
 
333 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0419  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.63 
 
 
307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0408  peptide ABC transporter, permease protein  36.58 
 
 
319 aa  196  4.0000000000000005e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.599742  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5079  oligopeptide ABC transporter, permease protein  34.03 
 
 
318 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.823719  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.76 
 
 
317 aa  196  5.000000000000001e-49  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0267  oligopeptide ABC transporter, permease protein  34.63 
 
 
318 aa  196  6e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.54 
 
 
313 aa  195  8.000000000000001e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0910692  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0206  oligopeptide ABC transporter, permease  33.73 
 
 
318 aa  195  9e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4455  opine ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  34.42 
 
 
313 aa  195  1e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000539356 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  36.53 
 
 
313 aa  194  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0351  peptide ABC transporter, permease protein  36.58 
 
 
319 aa  194  1e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.67 
 
 
314 aa  195  1e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5358  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  34.42 
 
 
315 aa  194  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.71 
 
 
313 aa  193  3e-48  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.01 
 
 
320 aa  192  6e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000183272  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0219  oligopeptide ABC transporter permease  35.6 
 
 
307 aa  192  8e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0242  oligopeptide ABC transporter, permease protein  35.6 
 
 
307 aa  192  8e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1444  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.71 
 
 
314 aa  192  8e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.935308  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.12 
 
 
400 aa  192  9e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.71017  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4534  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.82 
 
 
336 aa  191  1e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.463935 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.11 
 
 
345 aa  191  1e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.16813  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0887  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
313 aa  191  2e-47  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>