More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5635 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_5635  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
318 aa  629  1e-179  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2188  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  86.79 
 
 
318 aa  529  1e-149  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.392  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0059  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  76.1 
 
 
318 aa  482  1e-135  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6355  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.19 
 
 
317 aa  412  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0156  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  65.09 
 
 
318 aa  410  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.383247  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6276  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.87 
 
 
317 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189193  normal  0.0388452 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.87 
 
 
317 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.738154  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6678  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.87 
 
 
317 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.367401  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.87 
 
 
317 aa  410  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.11732  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3073  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.35 
 
 
317 aa  407  1.0000000000000001e-112  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0250  peptide ABC transporter, permease protein  64.15 
 
 
318 aa  403  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5303  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.34 
 
 
316 aa  395  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.551885 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.39 
 
 
316 aa  391  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.33692 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.51 
 
 
316 aa  394  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.97 
 
 
316 aa  391  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.570191  normal  0.169203 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.2 
 
 
318 aa  386  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.418553 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4960  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.09 
 
 
317 aa  387  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138111  normal  0.0574372 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1923  ABC transporter permease  60.76 
 
 
316 aa  382  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.887437  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2944  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.1 
 
 
329 aa  382  1e-105  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5663  ABC transporter membrane spanning protein  60.13 
 
 
318 aa  382  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.47 
 
 
323 aa  368  1e-101  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.758798  normal  0.425001 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1496  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  63.45 
 
 
317 aa  369  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0592571  hitchhiker  0.00104158 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.45 
 
 
317 aa  370  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.744523 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0787  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  61.08 
 
 
317 aa  365  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3817  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.31 
 
 
318 aa  296  3e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.950676  normal  0.209619 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5074  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.45 
 
 
325 aa  290  2e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.224202  normal  0.725204 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1821  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.37 
 
 
318 aa  285  7e-76  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.054126  normal  0.742084 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2782  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.45 
 
 
315 aa  277  1e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.275588  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.2 
 
 
315 aa  275  1.0000000000000001e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.506454 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3745  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.25 
 
 
314 aa  274  2.0000000000000002e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3523  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  46.84 
 
 
321 aa  268  8e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0138063  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3167  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.84 
 
 
321 aa  268  8e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0576732 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2845  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.52 
 
 
321 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.149642  normal  0.23634 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.41 
 
 
334 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0236346 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4498  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.09 
 
 
335 aa  253  3e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.042113  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6329  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.69 
 
 
376 aa  249  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2179  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.65 
 
 
369 aa  241  9e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00925001  normal  0.561279 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2848  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.45 
 
 
314 aa  238  1e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.965219  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5082  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.53 
 
 
314 aa  236  4e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0845824 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16220  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  41.14 
 
 
318 aa  221  9.999999999999999e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.270371  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  38.46 
 
 
313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2625  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.74 
 
 
313 aa  210  3e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.079138  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.82 
 
 
313 aa  210  3e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0546452  normal  0.293815 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.42 
 
 
319 aa  209  5e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.17237 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.35 
 
 
306 aa  209  5e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal  0.137292 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.35 
 
 
306 aa  209  6e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.221048  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3352  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.35 
 
 
306 aa  208  8e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17239  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4164  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.35 
 
 
306 aa  208  8e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.191651  hitchhiker  0.00741174 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.29 
 
 
313 aa  207  2e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7327  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  34.28 
 
 
306 aa  206  4e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.08 
 
 
306 aa  204  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.856308  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0980  glutathione ABC transporter permease  34.28 
 
 
306 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.46 
 
 
314 aa  204  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.81 
 
 
306 aa  204  2e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.532863  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0951  glutathione ABC transporter permease  34.28 
 
 
306 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.258662  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1866  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  34.39 
 
 
306 aa  203  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.555152  normal  0.486498 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1001  glutathione ABC transporter permease  34.28 
 
 
306 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
306 aa  204  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0891  glutathione ABC transporter, permease protein  34.28 
 
 
306 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.976092  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3714  nickel ABC transporter permease(nikB)  38.11 
 
 
315 aa  204  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.59 
 
 
306 aa  203  3e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0918  inner membrane ABC transporter permease protein YddR  34.28 
 
 
306 aa  203  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.94 
 
 
318 aa  202  4e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.823001  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1114  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  35.99 
 
 
327 aa  202  5e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.7 
 
 
306 aa  201  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
306 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.39 
 
 
306 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.428379  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4224  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.71 
 
 
306 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.913097  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
307 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525141  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.74 
 
 
306 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  34.28 
 
 
306 aa  200  3e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.28 
 
 
306 aa  200  3e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.28 
 
 
306 aa  200  3e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  34.28 
 
 
306 aa  200  3e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  34.28 
 
 
306 aa  200  3e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  34.28 
 
 
306 aa  200  3e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  34.28 
 
 
306 aa  200  3e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
307 aa  199  5e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.237541  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0976  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  34.39 
 
 
306 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00545821  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0240  putative glutathione ABC transporter, permease protein  34.39 
 
 
306 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.02 
 
 
306 aa  199  6e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0400  putative glutathione ABC transporter, permease protein  34.39 
 
 
306 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.668867  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1357  putative glutathione ABC transporter, permease protein  34.39 
 
 
306 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.255381  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0323  ABC transporter permease protein  34.39 
 
 
306 aa  199  7e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5642  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  35.67 
 
 
316 aa  198  7.999999999999999e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0251003  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1766  putative glutathione ABC transporter, permease protein  34.39 
 
 
306 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1851  ABC transport permease  34.39 
 
 
306 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  33.96 
 
 
306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0837  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  34.08 
 
 
306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039737  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.459958  normal  0.0393248 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
311 aa  197  2.0000000000000003e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.642024 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.74 
 
 
315 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.24114  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1381  transmembrane ABC transporter protein  33.44 
 
 
307 aa  197  3e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796345  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2679  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.93 
 
 
314 aa  196  3e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0387434  normal  0.596801 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2517  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  33.96 
 
 
306 aa  197  3e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.65 
 
 
306 aa  196  3e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.628351  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.14 
 
 
313 aa  195  7e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5358  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  35.28 
 
 
315 aa  194  1e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.92 
 
 
320 aa  195  1e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0617346  normal  0.17443 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.14 
 
 
314 aa  194  2e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.207674 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>