More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4960 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_4960  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
317 aa  627  1e-179  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138111  normal  0.0574372 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5303  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.22 
 
 
316 aa  498  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.551885 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.22 
 
 
316 aa  496  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.33692 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5663  ABC transporter membrane spanning protein  74.6 
 
 
318 aa  484  1e-136  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79.47 
 
 
316 aa  487  1e-136  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.570191  normal  0.169203 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.63 
 
 
316 aa  479  1e-134  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1923  ABC transporter permease  73.42 
 
 
316 aa  472  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.887437  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0059  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.46 
 
 
318 aa  396  1e-109  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5635  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.09 
 
 
318 aa  389  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.81 
 
 
317 aa  386  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.11732  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6276  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.81 
 
 
317 aa  386  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189193  normal  0.0388452 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3073  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.88 
 
 
317 aa  383  1e-105  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.49 
 
 
317 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.738154  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6355  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.18 
 
 
317 aa  381  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6678  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.49 
 
 
317 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.367401  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2188  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.83 
 
 
318 aa  380  1e-104  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.392  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0156  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  59.81 
 
 
318 aa  376  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.383247  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0250  peptide ABC transporter, permease protein  59.81 
 
 
318 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.34 
 
 
318 aa  352  4e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.418553 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2944  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.13 
 
 
329 aa  349  3e-95  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0787  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  59.18 
 
 
317 aa  349  3e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.61 
 
 
323 aa  346  3e-94  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.758798  normal  0.425001 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60 
 
 
317 aa  343  2e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.744523 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1496  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  59.66 
 
 
317 aa  341  8e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0592571  hitchhiker  0.00104158 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5074  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.52 
 
 
325 aa  299  5e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.224202  normal  0.725204 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2782  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.74 
 
 
315 aa  298  1e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.275588  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3817  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.36 
 
 
318 aa  275  8e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.950676  normal  0.209619 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.1 
 
 
315 aa  274  2.0000000000000002e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.506454 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1821  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.53 
 
 
318 aa  265  5.999999999999999e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.054126  normal  0.742084 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3167  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.95 
 
 
321 aa  265  8.999999999999999e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0576732 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3523  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  46.95 
 
 
321 aa  265  8.999999999999999e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0138063  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2845  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.3 
 
 
321 aa  264  1e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.149642  normal  0.23634 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3745  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.55 
 
 
314 aa  264  2e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.49 
 
 
334 aa  251  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0236346 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4498  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.49 
 
 
335 aa  250  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.042113  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2179  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.34 
 
 
369 aa  250  2e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00925001  normal  0.561279 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6329  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.64 
 
 
376 aa  237  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.39 
 
 
313 aa  225  9e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5082  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.54 
 
 
314 aa  217  2e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0845824 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16220  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  38.22 
 
 
318 aa  214  1.9999999999999998e-54  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.270371  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2848  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.85 
 
 
314 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.965219  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.58 
 
 
315 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0577  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.66 
 
 
315 aa  204  2e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0557  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.82 
 
 
336 aa  203  3e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.654938  hitchhiker  0.00239439 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5642  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  35.58 
 
 
316 aa  202  5e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0251003  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.79 
 
 
319 aa  202  8e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.17237 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4200  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.7 
 
 
315 aa  198  9e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.92 
 
 
306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.35 
 
 
313 aa  196  6e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.459958  normal  0.0393248 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  35.29 
 
 
313 aa  196  6e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.88 
 
 
314 aa  196  6e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.71 
 
 
315 aa  195  8.000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.24114  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3337  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.39 
 
 
358 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0154408  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.98 
 
 
318 aa  194  2e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.823001  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7327  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  36.24 
 
 
306 aa  194  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.75 
 
 
315 aa  194  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.48 
 
 
306 aa  193  3e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5358  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  34.75 
 
 
315 aa  192  4e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
313 aa  193  4e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.91 
 
 
307 aa  192  5e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525141  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0789  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, innermembrane subunit  33.87 
 
 
336 aa  192  7e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.445357  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.16 
 
 
306 aa  192  7e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3714  nickel ABC transporter permease(nikB)  36.48 
 
 
315 aa  192  7e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.16 
 
 
306 aa  192  8e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.34 
 
 
313 aa  192  8e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  36.01 
 
 
306 aa  191  1e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.01 
 
 
306 aa  191  1e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.01 
 
 
306 aa  191  1e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  36.01 
 
 
306 aa  191  1e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.91 
 
 
307 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.237541  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  36.01 
 
 
306 aa  191  1e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  36.01 
 
 
306 aa  191  1e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.48 
 
 
313 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  36.01 
 
 
306 aa  191  1e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1001  glutathione ABC transporter permease  35.26 
 
 
306 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.54 
 
 
313 aa  191  2e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0910692  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1224  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.94 
 
 
313 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.39 
 
 
313 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.3 
 
 
313 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.932563 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0891  glutathione ABC transporter, permease protein  35.26 
 
 
306 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.976092  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  36.01 
 
 
306 aa  191  2e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2625  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
313 aa  191  2e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.079138  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1114  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  36.1 
 
 
327 aa  189  4e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4224  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.92 
 
 
306 aa  189  5e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.913097  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0951  glutathione ABC transporter permease  35.05 
 
 
306 aa  189  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.258662  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0980  glutathione ABC transporter permease  35.05 
 
 
306 aa  189  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3176  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.87 
 
 
336 aa  188  8e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000749118 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.26 
 
 
311 aa  188  8e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.642024 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0918  inner membrane ABC transporter permease protein YddR  34.94 
 
 
306 aa  189  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1866  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  36.91 
 
 
306 aa  188  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.555152  normal  0.486498 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1187  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.9 
 
 
317 aa  187  1e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.46 
 
 
313 aa  188  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18831  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0837  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  36.91 
 
 
306 aa  188  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039737  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 
315 aa  188  1e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.24032  normal  0.535319 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2517  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  35.69 
 
 
306 aa  188  1e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0976  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  37.25 
 
 
306 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00545821  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0323  ABC transporter permease protein  37.25 
 
 
306 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1357  putative glutathione ABC transporter, permease protein  37.25 
 
 
306 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.255381  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0400  putative glutathione ABC transporter, permease protein  37.25 
 
 
306 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.668867  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0240  putative glutathione ABC transporter, permease protein  37.25 
 
 
306 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>