53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS02980 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS02980  putative transmembrane protein  100 
 
 		 159 aa  321  2e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.174988  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2580  hypothetical protein  44.06 
 
 		 270 aa  143  1e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.10133  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1303  hypothetical protein  50.35 
 
 		 173 aa  142  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.529272  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29070  hypothetical protein  47.55 
 
 		 160 aa  132  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3475  hypothetical protein  44.68 
 
 		 176 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.189272  normal  0.870698 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2462  hypothetical protein  44.06 
 
 		 175 aa  127  6e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.871251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2296  hypothetical protein  43.97 
 
 		 175 aa  127  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.475849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2411  hypothetical protein  43.24 
 
 		 192 aa  125  3e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1333  hypothetical protein  38.67 
 
 		 164 aa  122  2e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.419421  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3219  hypothetical protein  42.11 
 
 		 177 aa  119  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.289131 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1990  hypothetical protein  43.75 
 
 		 169 aa  118  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0471488  normal  0.098607 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2471  hypothetical protein  43.66 
 
 		 175 aa  117  6e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.623057  normal  0.331692 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2300  signal peptide protein  42.07 
 
 		 164 aa  108  4.0000000000000004e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.590033  normal  0.0335477 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1442  hypothetical protein  42.66 
 
 		 189 aa  108  4.0000000000000004e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000142032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1441  hypothetical protein  42.66 
 
 		 179 aa  103  6e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0147619  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3887  hypothetical protein  42.86 
 
 		 264 aa  103  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4703  hypothetical protein  43.94 
 
 		 203 aa  98.2  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0262832  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2622  hypothetical protein  35.95 
 
 		 188 aa  91.3  5e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2917  hypothetical protein  34.78 
 
 		 160 aa  89.4  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.582849  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0553  hypothetical protein  32.91 
 
 		 191 aa  87.8  5e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00347  hypothetical protein  36.73 
 
 		 154 aa  86.3  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0128  type II secretory pathway, pseudopilin PulG  30.61 
 
 		 170 aa  85.5  3e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0493  hypothetical protein  33.97 
 
 		 192 aa  84.7  4e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1415  hypothetical protein  36.73 
 
 		 150 aa  84.7  5e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0753464  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1448  hypothetical protein  31.82 
 
 		 172 aa  81.3  0.000000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0595  hypothetical protein  32.68 
 
 		 168 aa  81.6  0.000000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.5318399999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0266  hypothetical protein  30.82 
 
 		 187 aa  52.4  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00510012 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1580  hypothetical protein  28.43 
 
 		 314 aa  49.3  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.528677  normal  0.0547488 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3476  type II secretion system protein G  29.69 
 
 		 128 aa  48.9  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0390478  normal  0.854758 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4704  Type II secretion system protein G  27.73 
 
 		 145 aa  48.5  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0140964  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00348  general secretion pathway GSPG-like transmembrane protein  31.4 
 
 		 128 aa  48.9  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2413  methylation  28.47 
 
 		 157 aa  48.1  0.00005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02978  putative general secretion pathway GSPG related transmembrane protein  31.36 
 
 		 172 aa  47.8  0.00006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.671308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2461  type II secretion system protein G  30.08 
 
 		 124 aa  47.4  0.00008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.508549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2470  type II secretion system protein G  28.79 
 
 		 124 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.335351  normal  0.427711 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2295  type II secretion system protein G  30.08 
 
 		 124 aa  47  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.478951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0281  hypothetical protein  29.56 
 
 		 201 aa  46.2  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.534278  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1989  hypothetical protein  28.03 
 
 		 124 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0788365  normal  0.18788 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3217  N-terminal methylation site  29.08 
 
 		 159 aa  46.2  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.280155 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3886  type II secretion system protein G  35.24 
 
 		 122 aa  45.1  0.0004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2301  putative GSPG-related protein  26.39 
 
 		 130 aa  45.1  0.0004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.152629  normal  0.0321295 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2302  GSPG-like signal peptide protein  31.82 
 
 		 172 aa  45.1  0.0004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.186261  normal  0.0333639 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1931  type II secretion system protein G  30.36 
 
 		 138 aa  44.3  0.0006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000053439  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1440  type II secretion system transmembrane protein  32.37 
 
 		 158 aa  44.3  0.0007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00799419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3885  hypothetical protein  28.28 
 
 		 161 aa  43.9  0.0009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1998  general secretion pathway protein G  29 
 
 		 140 aa  43.5  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.484444  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2997  type II secretion system protein G  28.85 
 
 		 135 aa  43.9  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000413298 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1441  type II secretion system protein G  30.4 
 
 		 129 aa  43.1  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000189967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1857  N-terminal methylation  31.25 
 
 		 140 aa  43.1  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.36825 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1460  type II secretion system protein G  29.36 
 
 		 153 aa  42  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.52288  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4705  putative secretion type II protein  30.1 
 
 		 176 aa  42  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0420147  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29080  general secretion pathway protein G  29.09 
 
 		 124 aa  41.2  0.006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2413  type II secretion system protein G  30.53 
 
 		 149 aa  40.4  0.009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.330838  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>