36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3887 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3887  hypothetical protein  100 
 
 		 264 aa  519  1e-146  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2462  hypothetical protein  46.94 
 
 		 175 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.871251  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3475  hypothetical protein  47.55 
 
 		 176 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.189272  normal  0.870698 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2580  hypothetical protein  39.71 
 
 		 270 aa  141  9.999999999999999e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.10133  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2296  hypothetical protein  46.85 
 
 		 175 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.475849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1303  hypothetical protein  46.26 
 
 		 173 aa  138  8.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.529272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2411  hypothetical protein  47.59 
 
 		 192 aa  136  4e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2471  hypothetical protein  48.25 
 
 		 175 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.623057  normal  0.331692 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29070  hypothetical protein  48.99 
 
 		 160 aa  130  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3219  hypothetical protein  44.44 
 
 		 177 aa  125  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.289131 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1441  hypothetical protein  43.45 
 
 		 179 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0147619  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1333  hypothetical protein  38.67 
 
 		 164 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.419421  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1442  hypothetical protein  46.31 
 
 		 189 aa  118  9.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000142032  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02980  putative transmembrane protein  42.86 
 
 		 159 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.174988  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1990  hypothetical protein  39.39 
 
 		 169 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0471488  normal  0.098607 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2300  signal peptide protein  42.75 
 
 		 164 aa  113  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.590033  normal  0.0335477 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0128  type II secretory pathway, pseudopilin PulG  35.95 
 
 		 170 aa  99.8  4e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2622  hypothetical protein  41.96 
 
 		 188 aa  99  7e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0595  hypothetical protein  37.41 
 
 		 168 aa  97.8  1e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.5318399999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4703  hypothetical protein  41.94 
 
 		 203 aa  95.9  6e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0262832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0553  hypothetical protein  34 
 
 		 191 aa  87  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00347  hypothetical protein  37.84 
 
 		 154 aa  87  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1448  hypothetical protein  34.67 
 
 		 172 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0493  hypothetical protein  32.12 
 
 		 192 aa  83.6  0.000000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2917  hypothetical protein  39.84 
 
 		 160 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.582849  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0266  hypothetical protein  32.18 
 
 		 187 aa  73.6  0.000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00510012 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1415  hypothetical protein  37.93 
 
 		 150 aa  73.2  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0753464  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0281  hypothetical protein  34.78 
 
 		 201 aa  71.6  0.00000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.534278  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1580  hypothetical protein  27.88 
 
 		 314 aa  53.9  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.528677  normal  0.0547488 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2582  N-terminal methylation site  34.29 
 
 		 170 aa  48.5  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1998  general secretion pathway protein G  29.93 
 
 		 140 aa  44.7  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.484444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3217  N-terminal methylation site  33.88 
 
 		 159 aa  45.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.280155 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1334  methylation  31.94 
 
 		 133 aa  44.7  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.372792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3218  general secretion pathway protein G  31.4 
 
 		 126 aa  42.7  0.006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.427151 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1095  collagen adhesion protein  29.17 
 
 		 2272 aa  42.4  0.008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4704  Type II secretion system protein G  27.73 
 
 		 145 aa  42  0.01  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0140964  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>