298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3092 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3092  hypothetical protein  100 
 
 		 289 aa  564  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0274905 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2368  hypothetical protein  89.62 
 
 		 289 aa  508  1e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.784144 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3584  putative carboxy-phosphonoenolpyruvate mutase  86.81 
 
 		 288 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3351  hypothetical protein  80.21 
 
 		 288 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.329666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4901  2,3-dimethylmalate lyase  74.19 
 
 		 288 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130526 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0251  2,3-dimethylmalate lyase  48.6 
 
 		 287 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0689  2,3-dimethylmalate lyase  52.24 
 
 		 290 aa  233  3e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4424  carboxyphosphonoenolpyruvate phosphonomutase  50.36 
 
 		 289 aa  229  3e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.422397  normal  0.503119 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1256  carboxyphosphonoenolpyruvate phosphonomutase  46.02 
 
 		 289 aa  229  4e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64440  hypothetical protein  50.75 
 
 		 287 aa  228  7e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.63123  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1389  carboxyphosphonoenolpyruvate phosphonomutase, putative  51.98 
 
 		 291 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4334  PEP phosphonomutase and related enzymes-like protein  51.98 
 
 		 289 aa  227  1e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.336989 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5152  hypothetical protein  47.69 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5594  hypothetical protein  50.37 
 
 		 344 aa  227  1e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1443  carboxyphosphonoenolpyruvate phosphonomutase  44.83 
 
 		 289 aa  226  3e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.522918  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2926  hypothetical protein  50.61 
 
 		 287 aa  226  3e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.139867  normal  0.838283 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1029  carboxyphosphonoenolpyruvate phosphonomutase  51.6 
 
 		 289 aa  225  6e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2772  2,3-dimethylmalate lyase  46.15 
 
 		 290 aa  221  8e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2052  2,3-dimethylmalate lyase  46.55 
 
 		 289 aa  219  3e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2147  2,3-dimethylmalate lyase  43.42 
 
 		 299 aa  219  5e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.947879 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20130  hypothetical protein  48.83 
 
 		 287 aa  218  7e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1614  2,3-dimethylmalate lyase  38.34 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.863287  normal  0.36405 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4291  2,3-dimethylmalate lyase  38.98 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.268229 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4474  2,3-dimethylmalate lyase  37.07 
 
 		 294 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.787404  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0071  2-methylisocitrate lyase  36.19 
 
 		 296 aa  135  8e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4025  isocitrate lyase family protein  32.72 
 
 		 284 aa  135  9e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4144  isocitrate lyase family protein  32.35 
 
 		 284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0509  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  35.79 
 
 		 289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0806  isocitrate lyase family protein  40.38 
 
 		 287 aa  133  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4051  isocitrate lyase family protein  32.84 
 
 		 287 aa  133  3e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0256  putative methylisocitrate lyase  37.88 
 
 		 288 aa  133  3.9999999999999996e-30  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.764901 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0108  methylisocitrate lyase  35.87 
 
 		 302 aa  132  6.999999999999999e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0279515  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3949  isocitrate lyase family protein  35.92 
 
 		 284 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5405  putative carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  35.83 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00321329  normal  0.260192 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1029  2,3-dimethylmalate lyase  36.61 
 
 		 287 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.114621  normal  0.155549 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1203  2,3-dimethylmalate lyase  35.83 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00337991  normal  0.996052 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7954  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  39.54 
 
 		 288 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2154  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  32.84 
 
 		 289 aa  129  4.0000000000000003e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.908949 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3579  PEP phosphonomutase  34.78 
 
 		 286 aa  129  4.0000000000000003e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00948814  hitchhiker  0.00984431 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0461  2,3-dimethylmalate lyase  43.12 
 
 		 301 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1702  methylisocitrate lyase  38.03 
 
 		 304 aa  128  9.000000000000001e-29  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0394396 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1916  isocitrate lyase family protein  40.38 
 
 		 287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0326533 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0624  2,3-dimethylmalate lyase  38.5 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1933  isocitrate lyase family protein  41.81 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2934  putative methylisocitrate lyase  31.67 
 
 		 288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5990  2,3-dimethylmalate lyase  41.36 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0792782 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0101  methylisocitrate lyase  36 
 
 		 308 aa  126  5e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.248963  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2479  methylisocitrate lyase  35.74 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0974909  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0781  methylisocitrate lyase  36.62 
 
 		 311 aa  124  2e-27  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0783  methylisocitrate lyase  31.5 
 
 		 312 aa  123  3e-27  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.649003 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0659  2,3-dimethylmalate lyase  32.28 
 
 		 322 aa  123  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.858206 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4268  2,3-dimethylmalate lyase  32.14 
 
 		 291 aa  122  8e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.485286  normal  0.877406 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0661  2,3-dimethylmalate lyase  36.59 
 
 		 310 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.428755 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4757  2,3-dimethylmalate lyase  31.44 
 
 		 287 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000491467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0689  methylisocitrate lyase  40.57 
 
 		 292 aa  120  3e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.106645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0865  2-methylisocitrate lyase  40.7 
 
 		 299 aa  119  4.9999999999999996e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.698029  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4841  2,3-dimethylmalate lyase  37.77 
 
 		 284 aa  119  6e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2513  2,3-dimethylmalate lyase  36 
 
 		 293 aa  119  6e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1054  isocitrate lyase family protein  37 
 
 		 282 aa  119  6e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.138813  normal  0.876203 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1820  2-methylisocitrate lyase  36.18 
 
 		 292 aa  119  7e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0054  2-methylisocitrate lyase  31.73 
 
 		 297 aa  119  7.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2822  2-methylisocitrate lyase  34.67 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1726  methylisocitrate lyase  35.81 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1092  carboxyvinyl-carboxyphosphonatephosphorylmutase  32.57 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.301564  normal  0.346372 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1632  2,3-dimethylmalate lyase  34.76 
 
 		 286 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.171622 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2190  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  35.81 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0052  2-methylisocitrate lyase  31.33 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3008  methylisocitrate lyase  35.35 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.62358 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2350  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  35.81 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2317  methylisocitrate lyase  31.83 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0925  2-methylisocitrate lyase  39.26 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2378  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  35.81 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.628231  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2499  2-methylisocitrate lyase  33.79 
 
 		 292 aa  117  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.741837  normal  0.047618 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2452  methylisocitrate lyase  36.87 
 
 		 302 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.344607  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2127  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  35.81 
 
 		 302 aa  116  5e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2113  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  35.81 
 
 		 302 aa  116  5e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2369  methylisocitrate lyase  35.81 
 
 		 302 aa  116  5e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09369  conserved hypothetical protein  32.93 
 
 		 454 aa  115  6e-25  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.925933  hitchhiker  0.00486144 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3767  2,3-dimethylmalate lyase  36.32 
 
 		 289 aa  115  6.9999999999999995e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2322  2-methylisocitrate lyase  35.68 
 
 		 292 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.458801  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1869  2-methylisocitrate lyase  38.64 
 
 		 292 aa  115  7.999999999999999e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.127999 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1419  2-methylisocitrate lyase  35.68 
 
 		 292 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2111  2-methylisocitrate lyase  35.68 
 
 		 292 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.12913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0363  2-methylisocitrate lyase  33.83 
 
 		 296 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2158  methylisocitrate lyase  35.81 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.081733  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2082  2,3-dimethylmalate lyase  34.33 
 
 		 286 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.218009  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1857  2-methylisocitrate lyase  34.67 
 
 		 292 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0396  methylisocitrate lyase  32.1 
 
 		 285 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0696555  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3496  methylisocitrate lyase  37.21 
 
 		 314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.146967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0397  2-methylisocitrate lyase  33.83 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03370  2-methylisocitrate lyase  34.17 
 
 		 291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3293  2-methylisocitrate lyase  33.83 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0408  2-methylisocitrate lyase  34.13 
 
 		 295 aa  113  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000002587 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0402  2-methylisocitrate lyase  34.13 
 
 		 295 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0420  2-methylisocitrate lyase  34.13 
 
 		 295 aa  113  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0232158 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0462  2-methylisocitrate lyase  34.13 
 
 		 295 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.237337  hitchhiker  0.00000000745318 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00286  2-methylisocitrate lyase  33.46 
 
 		 296 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0356  2-methylisocitrate lyase  33.46 
 
 		 296 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0400  2-methylisocitrate lyase  34.13 
 
 		 295 aa  113  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0664462  hitchhiker  0.000000000169441 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0403  2-methylisocitrate lyase  33.46 
 
 		 296 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>