More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3584 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3584  putative carboxy-phosphonoenolpyruvate mutase  100 
 
 		 288 aa  566  1e-160  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3092  hypothetical protein  86.81 
 
 		 289 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0274905 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2368  hypothetical protein  85.07 
 
 		 289 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.784144 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3351  hypothetical protein  77.08 
 
 		 288 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.329666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4901  2,3-dimethylmalate lyase  70.42 
 
 		 288 aa  394  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130526 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0689  2,3-dimethylmalate lyase  50 
 
 		 290 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0251  2,3-dimethylmalate lyase  48.1 
 
 		 287 aa  230  2e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1256  carboxyphosphonoenolpyruvate phosphonomutase  45.99 
 
 		 289 aa  229  3e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5594  hypothetical protein  48.59 
 
 		 344 aa  229  6e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64440  hypothetical protein  48.24 
 
 		 287 aa  228  8e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.63123  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1443  carboxyphosphonoenolpyruvate phosphonomutase  44.95 
 
 		 289 aa  227  2e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.522918  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4424  carboxyphosphonoenolpyruvate phosphonomutase  47.39 
 
 		 289 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.422397  normal  0.503119 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5152  hypothetical protein  45.49 
 
 		 302 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1389  carboxyphosphonoenolpyruvate phosphonomutase, putative  47.04 
 
 		 291 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2772  2,3-dimethylmalate lyase  46.48 
 
 		 290 aa  224  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4334  PEP phosphonomutase and related enzymes-like protein  47.04 
 
 		 289 aa  223  2e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.336989 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2926  hypothetical protein  50.82 
 
 		 287 aa  223  3e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.139867  normal  0.838283 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1029  carboxyphosphonoenolpyruvate phosphonomutase  46.83 
 
 		 289 aa  222  6e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20130  hypothetical protein  45.67 
 
 		 287 aa  220  1.9999999999999999e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2147  2,3-dimethylmalate lyase  44.29 
 
 		 299 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.947879 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2052  2,3-dimethylmalate lyase  44.48 
 
 		 289 aa  218  1e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1614  2,3-dimethylmalate lyase  41 
 
 		 295 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.863287  normal  0.36405 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0256  putative methylisocitrate lyase  38.07 
 
 		 288 aa  135  9e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.764901 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4291  2,3-dimethylmalate lyase  40.31 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.268229 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5405  putative carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  40.84 
 
 		 293 aa  133  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00321329  normal  0.260192 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2154  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  34.69 
 
 		 289 aa  133  3e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.908949 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1203  2,3-dimethylmalate lyase  40.84 
 
 		 293 aa  133  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00337991  normal  0.996052 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7954  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  38.55 
 
 		 288 aa  134  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1933  isocitrate lyase family protein  41.81 
 
 		 299 aa  132  6e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0509  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  36.36 
 
 		 289 aa  132  6.999999999999999e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4025  isocitrate lyase family protein  37.88 
 
 		 284 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0108  methylisocitrate lyase  35.84 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0279515  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4474  2,3-dimethylmalate lyase  36.32 
 
 		 294 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.787404  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0624  2,3-dimethylmalate lyase  37.56 
 
 		 306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0071  2-methylisocitrate lyase  33.45 
 
 		 296 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1702  methylisocitrate lyase  33.57 
 
 		 304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0394396 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4144  isocitrate lyase family protein  37.37 
 
 		 284 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4051  isocitrate lyase family protein  37.37 
 
 		 287 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0101  methylisocitrate lyase  41.33 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.248963  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3949  isocitrate lyase family protein  37.37 
 
 		 284 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2934  putative methylisocitrate lyase  32.81 
 
 		 288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0806  isocitrate lyase family protein  42.2 
 
 		 287 aa  127  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0781  methylisocitrate lyase  38.58 
 
 		 311 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0461  2,3-dimethylmalate lyase  39.31 
 
 		 301 aa  125  7e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0783  methylisocitrate lyase  35.5 
 
 		 312 aa  124  1e-27  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.649003 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1916  isocitrate lyase family protein  38.97 
 
 		 287 aa  124  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0326533 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5990  2,3-dimethylmalate lyase  39.27 
 
 		 292 aa  124  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0792782 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1029  2,3-dimethylmalate lyase  38.74 
 
 		 287 aa  125  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.114621  normal  0.155549 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4268  2,3-dimethylmalate lyase  32.03 
 
 		 291 aa  124  1e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.485286  normal  0.877406 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4841  2,3-dimethylmalate lyase  38.83 
 
 		 284 aa  123  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3579  PEP phosphonomutase  38.89 
 
 		 286 aa  122  7e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00948814  hitchhiker  0.00984431 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09369  conserved hypothetical protein  35.34 
 
 		 454 aa  121  9.999999999999999e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.925933  hitchhiker  0.00486144 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2822  2-methylisocitrate lyase  31.67 
 
 		 296 aa  120  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1054  isocitrate lyase family protein  37.17 
 
 		 282 aa  120  1.9999999999999998e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.138813  normal  0.876203 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0054  2-methylisocitrate lyase  32.31 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4757  2,3-dimethylmalate lyase  33.6 
 
 		 287 aa  120  3e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000491467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0689  methylisocitrate lyase  39.25 
 
 		 292 aa  120  3e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.106645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0659  2,3-dimethylmalate lyase  33 
 
 		 322 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.858206 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3496  methylisocitrate lyase  39.8 
 
 		 314 aa  119  7e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.146967  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0052  2-methylisocitrate lyase  31.92 
 
 		 297 aa  119  7.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2479  methylisocitrate lyase  38.31 
 
 		 304 aa  118  9.999999999999999e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0974909  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2513  2,3-dimethylmalate lyase  40.41 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1092  carboxyvinyl-carboxyphosphonatephosphorylmutase  31.27 
 
 		 293 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.301564  normal  0.346372 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1820  2-methylisocitrate lyase  40.74 
 
 		 292 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2499  2-methylisocitrate lyase  35.86 
 
 		 292 aa  116  5e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.741837  normal  0.047618 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3008  methylisocitrate lyase  30.34 
 
 		 302 aa  116  5e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.62358 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2317  methylisocitrate lyase  30.34 
 
 		 302 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3825  2-methylisocitrate lyase  30.82 
 
 		 292 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0315  2-methylisocitrate lyase  30.82 
 
 		 292 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0204  2,3-dimethylmalate lyase  40.31 
 
 		 325 aa  115  8.999999999999998e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0661  2,3-dimethylmalate lyase  35.29 
 
 		 310 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.428755 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2111  2-methylisocitrate lyase  31.29 
 
 		 292 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.12913  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2378  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  30.34 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.628231  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2190  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  30.34 
 
 		 302 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1869  2-methylisocitrate lyase  36.36 
 
 		 292 aa  115  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.127999 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2350  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  30.34 
 
 		 302 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0925  2-methylisocitrate lyase  39.88 
 
 		 292 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2452  methylisocitrate lyase  30.69 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.344607  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0396  methylisocitrate lyase  37.91 
 
 		 285 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0696555  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2127  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  30.34 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2113  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  30.34 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1632  2,3-dimethylmalate lyase  32.9 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.171622 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1726  methylisocitrate lyase  29.31 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2369  methylisocitrate lyase  30.34 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2158  methylisocitrate lyase  30.34 
 
 		 302 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.081733  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00286  2-methylisocitrate lyase  38.81 
 
 		 296 aa  112  5e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0403  2-methylisocitrate lyase  38.81 
 
 		 296 aa  112  5e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00290  hypothetical protein  38.81 
 
 		 296 aa  112  5e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0865  2-methylisocitrate lyase  35.19 
 
 		 299 aa  112  5e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.698029  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0356  2-methylisocitrate lyase  38.81 
 
 		 296 aa  112  5e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3629  2-methylisocitrate lyase  30.47 
 
 		 292 aa  112  6e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3767  2,3-dimethylmalate lyase  34.55 
 
 		 289 aa  112  7.000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0568  methylisocitrate lyase  35.77 
 
 		 298 aa  112  7.000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3362  isocitrate lyase and phosphorylmutase  36.04 
 
 		 345 aa  112  7.000000000000001e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.145198  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_40267  predicted protein  36.27 
 
 		 323 aa  112  8.000000000000001e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.158521  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1857  2-methylisocitrate lyase  38.89 
 
 		 292 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0345  2-methylisocitrate lyase  30.11 
 
 		 292 aa  112  9e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12030  methylisocitrate lyase  35.82 
 
 		 312 aa  112  9e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.55917  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1664  2-methylisocitrate lyase  39.51 
 
 		 292 aa  112  9e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1657  2,3-dimethylmalate lyase  38 
 
 		 306 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.106264  normal  0.68628 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>