More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4334 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_4334  PEP phosphonomutase and related enzymes-like protein  100 
 
 		 289 aa  591  1e-168  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.336989 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1389  carboxyphosphonoenolpyruvate phosphonomutase, putative  100 
 
 		 291 aa  592  1e-168  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4424  carboxyphosphonoenolpyruvate phosphonomutase  99.31 
 
 		 289 aa  588  1e-167  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.422397  normal  0.503119 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1029  carboxyphosphonoenolpyruvate phosphonomutase  96.89 
 
 		 289 aa  574  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2052  2,3-dimethylmalate lyase  82.35 
 
 		 289 aa  495  1e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1443  carboxyphosphonoenolpyruvate phosphonomutase  77.51 
 
 		 289 aa  471  1e-132  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.522918  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1256  carboxyphosphonoenolpyruvate phosphonomutase  77.51 
 
 		 289 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0689  2,3-dimethylmalate lyase  80.62 
 
 		 290 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5594  hypothetical protein  78.2 
 
 		 344 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64440  hypothetical protein  77.85 
 
 		 287 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.63123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2926  hypothetical protein  73.01 
 
 		 287 aa  431  1e-120  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.139867  normal  0.838283 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0251  2,3-dimethylmalate lyase  71.63 
 
 		 287 aa  419  1e-116  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20130  hypothetical protein  70.59 
 
 		 287 aa  404  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5152  hypothetical protein  59.58 
 
 		 302 aa  335  7e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2772  2,3-dimethylmalate lyase  57.44 
 
 		 290 aa  331  9e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3351  hypothetical protein  54.1 
 
 		 288 aa  238  6.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.329666  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3092  hypothetical protein  51.98 
 
 		 289 aa  227  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0274905 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3584  putative carboxy-phosphonoenolpyruvate mutase  47.04 
 
 		 288 aa  223  2e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4901  2,3-dimethylmalate lyase  45.71 
 
 		 288 aa  224  2e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130526 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2368  hypothetical protein  51.19 
 
 		 289 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.784144 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2147  2,3-dimethylmalate lyase  40.28 
 
 		 299 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.947879 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1614  2,3-dimethylmalate lyase  36.57 
 
 		 295 aa  147  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.863287  normal  0.36405 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7954  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  39.67 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2154  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  34.3 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.908949 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4025  isocitrate lyase family protein  37.14 
 
 		 284 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4144  isocitrate lyase family protein  36.73 
 
 		 284 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4474  2,3-dimethylmalate lyase  35.25 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.787404  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3949  isocitrate lyase family protein  36.73 
 
 		 284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4051  isocitrate lyase family protein  36.33 
 
 		 287 aa  132  6e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2934  putative methylisocitrate lyase  33.06 
 
 		 288 aa  132  6.999999999999999e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0864  2,3-dimethylmalate lyase  33.21 
 
 		 289 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000979692  hitchhiker  0.000000949403 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4757  2,3-dimethylmalate lyase  35.95 
 
 		 287 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000491467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5405  putative carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  33.45 
 
 		 293 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00321329  normal  0.260192 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4268  2,3-dimethylmalate lyase  34.57 
 
 		 291 aa  128  9.000000000000001e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.485286  normal  0.877406 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1203  2,3-dimethylmalate lyase  33.57 
 
 		 293 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00337991  normal  0.996052 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0101  methylisocitrate lyase  37.8 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.248963  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1054  isocitrate lyase family protein  35.21 
 
 		 282 aa  125  7e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.138813  normal  0.876203 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0783  methylisocitrate lyase  31.6 
 
 		 312 aa  125  9e-28  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.649003 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4291  2,3-dimethylmalate lyase  34.46 
 
 		 295 aa  124  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.268229 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0108  methylisocitrate lyase  35.24 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0279515  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2479  methylisocitrate lyase  36.4 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0974909  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0781  methylisocitrate lyase  32.85 
 
 		 311 aa  122  8e-27  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0624  2,3-dimethylmalate lyase  32.12 
 
 		 306 aa  122  9e-27  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0509  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  37.28 
 
 		 289 aa  121  9.999999999999999e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1933  isocitrate lyase family protein  35.96 
 
 		 299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1820  2-methylisocitrate lyase  30.32 
 
 		 292 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1419  2-methylisocitrate lyase  29.41 
 
 		 292 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1857  2-methylisocitrate lyase  31.36 
 
 		 292 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3496  methylisocitrate lyase  35.29 
 
 		 314 aa  120  3e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.146967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1702  methylisocitrate lyase  34 
 
 		 304 aa  120  3e-26  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0394396 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0256  putative methylisocitrate lyase  31.15 
 
 		 288 aa  120  3e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.764901 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3579  PEP phosphonomutase  33.33 
 
 		 286 aa  119  3.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00948814  hitchhiker  0.00984431 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1657  2,3-dimethylmalate lyase  37.5 
 
 		 306 aa  119  4.9999999999999996e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.106264  normal  0.68628 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2322  2-methylisocitrate lyase  31.36 
 
 		 292 aa  119  7e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.458801  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2822  2-methylisocitrate lyase  30.15 
 
 		 296 aa  118  9e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5990  2,3-dimethylmalate lyase  35.96 
 
 		 292 aa  118  9e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0792782 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3008  methylisocitrate lyase  32.45 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.62358 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2452  methylisocitrate lyase  32.45 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.344607  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2127  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  32.45 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2113  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  32.45 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2369  methylisocitrate lyase  32.45 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2317  methylisocitrate lyase  32.45 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1869  2-methylisocitrate lyase  30.51 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.127999 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2378  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  34.19 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.628231  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0806  isocitrate lyase family protein  32.51 
 
 		 287 aa  116  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2513  2,3-dimethylmalate lyase  33.47 
 
 		 293 aa  116  3.9999999999999997e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0396  methylisocitrate lyase  33.06 
 
 		 285 aa  116  5e-25  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0696555  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2190  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  32.45 
 
 		 302 aa  116  5e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2350  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  32.45 
 
 		 302 aa  116  5e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2158  methylisocitrate lyase  32.08 
 
 		 302 aa  115  6e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.081733  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5166  putative carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  33.47 
 
 		 292 aa  115  6e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.919323  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12030  methylisocitrate lyase  34.36 
 
 		 312 aa  115  6e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.55917  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1664  2-methylisocitrate lyase  31.78 
 
 		 292 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1110  2-methylisocitrate lyase  29.84 
 
 		 296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.452189 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1029  2,3-dimethylmalate lyase  32.54 
 
 		 287 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.114621  normal  0.155549 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0279  2,3-dimethylmalate lyase  33.33 
 
 		 274 aa  114  1.0000000000000001e-24  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.577564  normal  0.130845 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14150  methylisocitrate lyase  34.63 
 
 		 312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2111  2-methylisocitrate lyase  30.93 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.12913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4021  2-methylisocitrate lyase  30.17 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4047  2-methylisocitrate lyase  30.17 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3945  2-methylisocitrate lyase  30.17 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0461  2,3-dimethylmalate lyase  38.34 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3825  2-methylisocitrate lyase  30.58 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0315  2-methylisocitrate lyase  30.58 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2499  2-methylisocitrate lyase  30.51 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.741837  normal  0.047618 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4140  2-methylisocitrate lyase  30.17 
 
 		 292 aa  113  3e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3644  2-methylisocitrate lyase  30.17 
 
 		 292 aa  113  3e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1130  2,3-dimethylmalate lyase  33.33 
 
 		 287 aa  114  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3629  2-methylisocitrate lyase  30.58 
 
 		 292 aa  113  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1524  2,3-dimethylmalate lyase  34.6 
 
 		 301 aa  114  3e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03370  2-methylisocitrate lyase  30.08 
 
 		 291 aa  113  4.0000000000000004e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3767  2,3-dimethylmalate lyase  33.33 
 
 		 289 aa  113  4.0000000000000004e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1916  isocitrate lyase family protein  33.63 
 
 		 287 aa  112  5e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0326533 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1311  2-methylisocitrate lyase  29.07 
 
 		 296 aa  112  7.000000000000001e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0110415  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0345  2-methylisocitrate lyase  30.17 
 
 		 292 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1197  2-methylisocitrate lyase  30.31 
 
 		 297 aa  111  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1524  methylisocitrate lyase  33.76 
 
 		 301 aa  111  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000427671 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1632  2,3-dimethylmalate lyase  33.78 
 
 		 286 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.171622 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0659  2,3-dimethylmalate lyase  32.68 
 
 		 322 aa  109  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.858206 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0568  methylisocitrate lyase  35.47 
 
 		 298 aa  108  7.000000000000001e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>