More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1729 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2982  putative amidohydrolase family protein  80.77 
 
 		 389 aa  640    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0668203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1734  peptidase M20D, amidohydrolase  82.56 
 
 		 389 aa  642    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.169236  normal  0.0172136 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1729  peptidase M20D, amidohydrolase  100 
 
 		 390 aa  792    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0022862 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3565  peptidase M20D, amidohydrolase  82.82 
 
 		 390 aa  656    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2671  peptidase M20D, amidohydrolase  78.93 
 
 		 394 aa  632  1e-180  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  decreased coverage  0.00976662  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4250  amidohydrolase  77.95 
 
 		 390 aa  617  1e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.456638  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2262  peptidase M20D, amidohydrolase  77.95 
 
 		 389 aa  613  9.999999999999999e-175  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.891111  normal  0.0931897 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4586  putative amidohydrolase family protein  63.59 
 
 		 389 aa  515  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3897  amidohydrolase  61.18 
 
 		 387 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00269559 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2573  amidohydrolase  62.24 
 
 		 387 aa  499  1e-140  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0165265  normal  0.498174 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2260  putative amidohydrolase family protein  63.78 
 
 		 390 aa  498  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3609  amidohydrolase  60.67 
 
 		 387 aa  498  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.752392  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2037  M20/M25/M40 family peptidase  62.4 
 
 		 387 aa  497  1e-139  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.403946  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0901  amidohydrolase  62.4 
 
 		 387 aa  494  9.999999999999999e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1959  M20/M25/M40 family peptidase  61.89 
 
 		 387 aa  494  9.999999999999999e-139  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.980827  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2919  amidohydrolase  62.47 
 
 		 388 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.54348  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3872  hippurate hydrolase  61.38 
 
 		 387 aa  487  1e-136  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5364  putative amidohydrolase family protein  62.24 
 
 		 390 aa  486  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388806 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2919  amidohydrolase  62.92 
 
 		 388 aa  481  1e-135  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.068301  normal  0.124085 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2692  amidohydrolase  63.17 
 
 		 388 aa  481  1e-135  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4062  amidohydrolase  60.26 
 
 		 387 aa  479  1e-134  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1288  amidohydrolase  59.64 
 
 		 388 aa  473  1e-132  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0866095  normal  0.389955 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3187  amidohydrolase  61.89 
 
 		 388 aa  471  1e-132  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0033512 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4367  amidohydrolase  62.47 
 
 		 388 aa  468  1.0000000000000001e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0719  peptidase M20D, amidohydrolase  58.31 
 
 		 387 aa  468  1.0000000000000001e-131  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.093275  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2815  amidohydrolase  61.13 
 
 		 390 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.575474  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3056  amidohydrolase  61.13 
 
 		 387 aa  465  9.999999999999999e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3289  peptidase M20D, amidohydrolase  57.54 
 
 		 387 aa  462  1e-129  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.286044 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2229  amidohydrolase  59.64 
 
 		 395 aa  458  9.999999999999999e-129  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.359386  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3584  amidohydrolase  59.9 
 
 		 390 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0132191 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0245  amidohydrolase  62.4 
 
 		 388 aa  451  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.352854  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0610  amidohydrolase  58.61 
 
 		 389 aa  439  9.999999999999999e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00962709  normal  0.632979 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0718  peptidase M20D, amidohydrolase  57.03 
 
 		 390 aa  437  1e-121  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.178083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3314  amidohydrolase  56.81 
 
 		 390 aa  425  1e-118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2910  metal-dependent amidase/aminoacylase/carboxypeptidase  51.3 
 
 		 388 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2748  amidohydrolase  50.62 
 
 		 396 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1555  amidohydrolase  51.3 
 
 		 388 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.435924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3113  amidohydrolase  50.37 
 
 		 396 aa  398  1e-109  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0937  peptidase M20D, amidohydrolase  50.52 
 
 		 387 aa  395  1e-109  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.47047  normal  0.0807888 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3007  peptidase M20D, amidohydrolase  50.5 
 
 		 397 aa  394  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2111  peptidase M20D, amidohydrolase  49 
 
 		 398 aa  389  1e-107  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.959227  normal  0.0805645 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3159  peptidase M20D, amidohydrolase  50.12 
 
 		 397 aa  390  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0152  amidohydrolase  50.62 
 
 		 396 aa  389  1e-107  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.468392  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2871  putative hippurate hydrolase protein  50.12 
 
 		 396 aa  387  1e-106  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000867409  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1825  amidohydrolase  51.81 
 
 		 387 aa  388  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0704154  normal  0.023648 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1110  amidohydrolase  51.3 
 
 		 388 aa  382  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.247548  normal  0.0143187 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1519  amidohydrolase  51.16 
 
 		 390 aa  382  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2343  peptidase M20D, amidohydrolase  50.13 
 
 		 386 aa  384  1e-105  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0732987  normal  0.851404 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4664  amidohydrolase  53.96 
 
 		 388 aa  383  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0687549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2925  amidohydrolase  52.94 
 
 		 388 aa  380  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3086  peptidase M20D, amidohydrolase  55.01 
 
 		 389 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.985379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1161  amidohydrolase  50.52 
 
 		 386 aa  379  1e-104  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2955  peptidase M20D, amidohydrolase  51.04 
 
 		 387 aa  379  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0814312  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4372  hippurate hydrolase  50.79 
 
 		 379 aa  380  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.362461  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4882  amidohydrolase  48.25 
 
 		 404 aa  380  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0071  peptidase M20D, amidohydrolase  50.26 
 
 		 389 aa  377  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1813  peptidase M20D, amidohydrolase  52.06 
 
 		 388 aa  375  1e-103  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.301487  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0770  amidohydrolase  47.88 
 
 		 403 aa  373  1e-102  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.824493 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5562  amidohydrolase  50.26 
 
 		 399 aa  373  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.596197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3677  amidohydrolase  49.87 
 
 		 399 aa  372  1e-102  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3358  amidohydrolase  52.12 
 
 		 395 aa  373  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.445234  normal  0.0286495 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2687  amidohydrolase  48.51 
 
 		 397 aa  374  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.453314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1550  amidohydrolase  50.39 
 
 		 387 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.388214  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1569  amidohydrolase  50.13 
 
 		 387 aa  370  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.115888  normal  0.271355 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0935  amidohydrolase  49.74 
 
 		 415 aa  371  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1090  amidohydrolase  50.39 
 
 		 424 aa  368  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.321453  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4834  amidohydrolase  51.66 
 
 		 385 aa  369  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0546494  normal  0.384279 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56480  putative hydrolase  50.77 
 
 		 406 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0172  amidohydrolase  48.09 
 
 		 388 aa  368  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.564603 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3092  hippurate hydrolase  47.75 
 
 		 397 aa  367  1e-100  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4896  amidohydrolase  50.76 
 
 		 396 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.873901  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4797  peptidase M20D, amidohydrolase  50.39 
 
 		 387 aa  367  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.107968  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0651  amidohydrolase  46.55 
 
 		 447 aa  365  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0326492  normal  0.115252 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2611  amidohydrolase  51.03 
 
 		 391 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.234689 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3615  peptidase M20D, amidohydrolase  46.37 
 
 		 397 aa  367  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2533  peptidase M20D, amidohydrolase  49.25 
 
 		 397 aa  368  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0030908 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3484  amidohydrolase  47.88 
 
 		 398 aa  365  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00282847  hitchhiker  0.00183478 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5199  hippurate hydrolase  50.4 
 
 		 403 aa  367  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0687  amidohydrolase  50.26 
 
 		 408 aa  366  1e-100  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.422759  normal  0.057643 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4102  amidohydrolase  50.25 
 
 		 394 aa  367  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0665  amidohydrolase  50.26 
 
 		 408 aa  367  1e-100  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.382123  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26260  putative hydrolase  50.77 
 
 		 389 aa  368  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.474103  normal  0.713071 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4914  putative hydrolase  51.03 
 
 		 405 aa  364  1e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_2992  peptidase M20D, amidohydrolase  50.51 
 
 		 399 aa  364  1e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5374  amidohydrolase  50.51 
 
 		 399 aa  364  1e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1589  amidohydrolase  50.39 
 
 		 387 aa  363  2e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.855495  normal  0.041045 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0252  peptidase M20D, amidohydrolase  50.51 
 
 		 396 aa  364  2e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.24772  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4686  amidohydrolase  51.92 
 
 		 385 aa  364  2e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.694379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4317  amidohydrolase  52.17 
 
 		 385 aa  363  2e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0319433  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1941  hippurate hydolase  50 
 
 		 396 aa  363  3e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0958  hippurate hydolase  50 
 
 		 396 aa  363  3e-99  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1245  hippurate hydolase  50 
 
 		 396 aa  363  3e-99  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0689013  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2220  hippurate hydolase  50 
 
 		 396 aa  363  3e-99  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0295  metal-dependent amidase/aminoacylase/carboxypeptidase  50 
 
 		 396 aa  363  4e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1662  hypothetical protein  50 
 
 		 396 aa  363  4e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0205  amidohydrolase family protein  50 
 
 		 396 aa  363  4e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1624  amidohydrolase  50.13 
 
 		 387 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.538958  hitchhiker  0.00444937 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4721  amidohydrolase  52.16 
 
 		 396 aa  362  6e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2871  peptidase M20D, amidohydrolase  51.68 
 
 		 391 aa  362  7.0000000000000005e-99  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1649  amidohydrolase  50.13 
 
 		 387 aa  362  7.0000000000000005e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>