222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2689 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2689  coenzyme F390 synthetase-like protein  100 
 
 		 438 aa  902    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0708257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1038  hypothetical protein  27.15 
 
 		 471 aa  105  2e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.888049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3322  hypothetical protein  28.08 
 
 		 445 aa  98.2  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.985105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2010  coenzyme F390 synthetase-like protein  29.35 
 
 		 455 aa  97.4  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.484811  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2016  coenzyme F390 synthetase-like protein  27.32 
 
 		 452 aa  92  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.651292  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3669  coenzyme F390 synthetase  27.51 
 
 		 473 aa  85.9  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.887381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0627  coenzyme F390 synthetase  27.08 
 
 		 448 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3613  coenzyme F390 synthetase  27.36 
 
 		 436 aa  73.9  0.000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0420369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0910  coenzyme F390 synthetase-like protein  24.94 
 
 		 436 aa  70.5  0.00000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2870  phenylacetate-CoA ligase  26.56 
 
 		 443 aa  67  0.0000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0790  phenylacetate--CoA ligase  26.65 
 
 		 458 aa  66.2  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1613  Phenylacetate--CoA ligase  25.47 
 
 		 445 aa  66.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.297864  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1798  Phenylacetate--CoA ligase  25.82 
 
 		 427 aa  65.9  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0409  Phenylacetate--CoA ligase  25 
 
 		 447 aa  66.2  0.000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0103532 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2124  Phenylacetate--CoA ligase  23.87 
 
 		 430 aa  66.2  0.000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1469  hypothetical protein  26.8 
 
 		 431 aa  66.2  0.000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1457  phenylacetate-CoA ligase  22.81 
 
 		 428 aa  64.7  0.000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.387558 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2967  phenylacetate-CoA ligase  26.67 
 
 		 439 aa  64.3  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3048  phenylacetate-CoA ligase  24.88 
 
 		 456 aa  63.9  0.000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3222  phenylacetate--CoA ligase  25.08 
 
 		 445 aa  63.5  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1625  phenylacetate--CoA ligase  22.51 
 
 		 429 aa  63.2  0.000000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.314491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0683  phenylacetate-CoA ligase  25.97 
 
 		 444 aa  63.5  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1449  phenylacetate-CoA ligase  25.11 
 
 		 429 aa  62.8  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0561  phenylacetate--CoA ligase  24.92 
 
 		 447 aa  62.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2870  phenylacetate-CoA ligase  25.73 
 
 		 442 aa  62.8  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.17832 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0633  phenylacetate--CoA ligase  25.94 
 
 		 432 aa  63.2  0.00000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.683184  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1315  hypothetical protein  25.27 
 
 		 442 aa  62.8  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.437061  hitchhiker  0.000203578 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2792  phenylacetate--CoA ligase  24.55 
 
 		 440 aa  62  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3944  phenylacetate-CoA ligase  22.97 
 
 		 439 aa  61.2  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.8736  normal  0.632823 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3367  phenylacetate-CoA ligase  23.13 
 
 		 443 aa  61.6  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322757  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1615  Coenzyme F390 synthetase-like protein  25.5 
 
 		 461 aa  60.8  0.00000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1829  phenylacetate-CoA ligase  25.89 
 
 		 444 aa  61.2  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.914606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1546  coenzyme F390 synthetase-like protein  27.03 
 
 		 443 aa  60.8  0.00000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0013  phenylacetate--CoA ligase  25.62 
 
 		 427 aa  60.5  0.00000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0809  phenylacetate-CoA ligase  22.28 
 
 		 439 aa  60.8  0.00000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.693616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1624  phenylacetate--CoA ligase  23.56 
 
 		 433 aa  60.5  0.00000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.962242 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03810  coenzyme F390 synthetase-like protein  23.8 
 
 		 429 aa  59.7  0.00000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1325  phenylacetate--CoA ligase  24.04 
 
 		 415 aa  59.7  0.0000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.878403  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3634  phenylacetate-CoA ligase  25.64 
 
 		 444 aa  59.3  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1923  phenylacetate-CoA ligase  25 
 
 		 443 aa  59.7  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0702505  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0570  phenylacetate-CoA ligase  22.73 
 
 		 434 aa  59.7  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.419756  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2432  Phenylacetate--CoA ligase  25.76 
 
 		 428 aa  58.5  0.0000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.028462 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2123  Phenylacetate--CoA ligase  22.07 
 
 		 433 aa  58.9  0.0000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0133  Phenylacetate--CoA ligase  24.66 
 
 		 436 aa  58.5  0.0000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0426675  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0169  phenylacetate--CoA ligase  23.99 
 
 		 433 aa  58.9  0.0000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2247  phenylacetate-CoA ligase  24.37 
 
 		 437 aa  58.2  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0997438  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2257  phenylacetate-CoA ligase  24.37 
 
 		 437 aa  58.2  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.253945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1584  phenylacetate-CoA ligase  24.37 
 
 		 437 aa  58.2  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0163  Phenylacetate--CoA ligase  26.61 
 
 		 438 aa  58.2  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1485  phenylacetate-CoA ligase  24.37 
 
 		 437 aa  58.2  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1075  phenylacetate--CoA ligase  24.46 
 
 		 429 aa  58.2  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2684  phenylacetate--CoA ligase  25.52 
 
 		 460 aa  57.8  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3276  coenzyme F390 synthetase-like protein  24.4 
 
 		 417 aa  57.8  0.0000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20330  phenylacetate-CoA ligase  25.69 
 
 		 449 aa  57.8  0.0000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1015  phenylacetate-CoA ligase  25 
 
 		 439 aa  57.4  0.0000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27480  phenylacetate-CoA ligase  25 
 
 		 412 aa  57.4  0.0000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0760  phenylacetate-CoA ligase  24.43 
 
 		 438 aa  57.4  0.0000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08400  coenzyme F390 synthetase  24.71 
 
 		 447 aa  57.4  0.0000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0324519  normal  0.311069 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0972  phenylacetate-CoA ligase  26.38 
 
 		 432 aa  57  0.0000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3959  phenylacetate-CoA ligase  24.15 
 
 		 440 aa  57  0.0000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.349382  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2986  phenylacetate-CoA ligase  24.4 
 
 		 435 aa  57  0.0000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.199718  normal  0.0181609 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2322  Phenylacetate--CoA ligase  26.06 
 
 		 449 aa  57  0.0000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1236  phenylacetate-CoA ligase  24.65 
 
 		 436 aa  57  0.0000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1910  Phenylacetate--CoA ligase  24.41 
 
 		 436 aa  56.6  0.0000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000190319  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0902  phenylacetate-CoA ligase  26.77 
 
 		 439 aa  56.6  0.0000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4422  phenylacetate-CoA ligase  24.15 
 
 		 440 aa  56.6  0.0000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3839  phenylacetate-CoA ligase  24.38 
 
 		 440 aa  56.6  0.0000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0383671  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4529  phenylacetate-CoA ligase  24.38 
 
 		 440 aa  56.6  0.0000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0652745  normal  0.906833 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5775  phenylacetate-CoA ligase  24.38 
 
 		 440 aa  56.6  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1320  coenzyme F390 synthetase  24.72 
 
 		 436 aa  56.2  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2904  phenylacetate-CoA ligase  23.93 
 
 		 432 aa  56.2  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0773804  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0901  phenylacetate-CoA ligase  22.01 
 
 		 445 aa  56.2  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02550  phenylacetate-CoA ligase  24.53 
 
 		 412 aa  55.8  0.000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.856632  hitchhiker  0.000124946 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0226  coenzyme F390 synthetase  25.81 
 
 		 454 aa  55.8  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1318  phenylacetate-CoA ligase  24.07 
 
 		 440 aa  55.1  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.627542 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3140  hypothetical protein  24.1 
 
 		 447 aa  55.5  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4126  phenylacetate-CoA ligase  24.05 
 
 		 440 aa  55.8  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.351473  normal  0.162313 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_886  acyl-CoA synthetase (AMP-forming) / AMP-acid ligase  27.61 
 
 		 439 aa  55.1  0.000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6182  phenylacetate-CoA ligase  25.72 
 
 		 435 aa  55.5  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.94828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0790  phenylacetate--CoA ligase  23.86 
 
 		 433 aa  55.1  0.000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.740022  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0660  phenylacetate-CoA ligase  22.94 
 
 		 431 aa  54.7  0.000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5790  phenylacetate--CoA ligase  25.69 
 
 		 416 aa  55.1  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2486  phenylacetate-CoA ligase  23.56 
 
 		 450 aa  54.7  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0773414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0637  phenylacetate--CoA ligase  23.31 
 
 		 414 aa  54.3  0.000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0811  Phenylacetate--CoA ligase  26.34 
 
 		 442 aa  54.3  0.000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1392  phenylacetate-CoA ligase  24.21 
 
 		 441 aa  54.3  0.000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.276204  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3434  coenzyme F390 synthetase-like protein  25.93 
 
 		 467 aa  54.3  0.000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1392  coenzyme F390 synthetase  21.91 
 
 		 413 aa  53.9  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000346033  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2855  phenylacetate-CoA ligase  24.23 
 
 		 432 aa  54.3  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.343301  normal  0.707193 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13008  possible CapK protein  19.76 
 
 		 463 aa  53.9  0.000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0922559  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4801  phenylacetate-CoA ligase  22.69 
 
 		 436 aa  53.9  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.12484  normal  0.238866 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1580  AMP-binding protein  25.14 
 
 		 449 aa  53.9  0.000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1303  Phenylacetate--CoA ligase  25.38 
 
 		 437 aa  53.5  0.000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3247  phenylacetate-CoA ligase  24.47 
 
 		 444 aa  53.9  0.000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0919  putative coenzyme F390 synthetase II  31.18 
 
 		 470 aa  53.5  0.000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000099309  normal  0.0220343 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0750  phenylacetate--CoA ligase  20.15 
 
 		 429 aa  53.1  0.000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.564813  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2125  phenylacetate-CoA ligase  25.48 
 
 		 427 aa  53.1  0.000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1004  coenzyme F390 synthetase-like protein  25.23 
 
 		 442 aa  52.8  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2403  phenylacetate-CoA ligase  23.76 
 
 		 436 aa  52.4  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.670369 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2133  phenylacetate--CoA ligase  21.9 
 
 		 434 aa  52.8  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00349267  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>