More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0627 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0627  coenzyme F390 synthetase  100 
 
 		 448 aa  936    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3669  coenzyme F390 synthetase  36.38 
 
 		 473 aa  268  1e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.887381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1038  hypothetical protein  33.41 
 
 		 471 aa  217  4e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.888049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3322  hypothetical protein  33.81 
 
 		 445 aa  202  9.999999999999999e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.985105  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0042  Phenylacetate--CoA ligase  27.85 
 
 		 432 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.125903 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0207  phenylacetate-CoA ligase  27.03 
 
 		 434 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0260  phenylacetate--CoA ligase  26.49 
 
 		 434 aa  113  6e-24  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.108553  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2010  coenzyme F390 synthetase-like protein  27.86 
 
 		 455 aa  113  8.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.484811  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2016  coenzyme F390 synthetase-like protein  28.53 
 
 		 452 aa  110  5e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.651292  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1015  phenylacetate-CoA ligase  26.16 
 
 		 439 aa  109  8.000000000000001e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0559  Phenylacetate--CoA ligase  26.75 
 
 		 434 aa  109  9.000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.589341  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_886  acyl-CoA synthetase (AMP-forming) / AMP-acid ligase  26.01 
 
 		 439 aa  107  5e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2278  phenylacetate-CoA ligase  27.84 
 
 		 430 aa  107  5e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.129528  hitchhiker  0.0000241897 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3190  phenylacetate--CoA ligase  26.63 
 
 		 432 aa  107  6e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0586807  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1742  phenylacetate--CoA ligase  28 
 
 		 432 aa  106  7e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.287077 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2884  phenylacetate--CoA ligase  27.01 
 
 		 434 aa  105  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00316572  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0710  phenylacetate--CoA ligase  27.51 
 
 		 423 aa  106  1e-21  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0777272 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0169  phenylacetate--CoA ligase  26.91 
 
 		 432 aa  106  1e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.419801  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2184  phenylacetate-CoA ligase  28.22 
 
 		 433 aa  104  3e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1320  coenzyme F390 synthetase  27.76 
 
 		 436 aa  103  4e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2323  phenylacetate--CoA ligase  26.71 
 
 		 433 aa  104  4e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0790  phenylacetate--CoA ligase  26.57 
 
 		 433 aa  103  6e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.740022  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0902  phenylacetate-CoA ligase  25.95 
 
 		 439 aa  103  7e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0513  phenylacetate-CoA ligase  25.6 
 
 		 432 aa  103  9e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2124  Phenylacetate--CoA ligase  26.73 
 
 		 430 aa  102  1e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0211  phenylacetate-CoA ligase  26.85 
 
 		 434 aa  102  2e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.40287  normal  0.756152 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2432  Phenylacetate--CoA ligase  26.97 
 
 		 428 aa  101  2e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.028462 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2043  phenylacetate-CoA ligase  27.72 
 
 		 433 aa  102  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000158285 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0861  phenylacetate-CoA ligase  26.91 
 
 		 432 aa  102  2e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.354506  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0790  phenylacetate--CoA ligase  30.33 
 
 		 458 aa  100  4e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1504  Phenylacetate--CoA ligase  25.49 
 
 		 433 aa  100  4e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2124  phenylacetate--CoA ligase  24.78 
 
 		 434 aa  100  5e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1515  phenylacetate-CoA ligase  25.83 
 
 		 433 aa  100  5e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.049443  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2310  Phenylacetate--CoA ligase  28.82 
 
 		 425 aa  100  7e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1756  phenylacetate--CoA ligase  26.74 
 
 		 432 aa  99.8  8e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0669  phenylacetate-CoA ligase  25.35 
 
 		 433 aa  99.8  8e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.73594  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2870  phenylacetate-CoA ligase  26.42 
 
 		 443 aa  99.8  9e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0615  phenylacetate-CoA ligase  25.22 
 
 		 433 aa  99.8  1e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.893262  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0166  Phenylacetate--CoA ligase  26.57 
 
 		 432 aa  99  1e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2125  phenylacetate-CoA ligase  26.24 
 
 		 427 aa  99.4  1e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1729  phenylacetate-CoA ligase  25.81 
 
 		 433 aa  99  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1737  phenylacetate-CoA ligase  26.37 
 
 		 435 aa  98.6  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.102545  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1519  phenylacetate--CoA ligase  26.9 
 
 		 435 aa  98.2  2e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00322387 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1507  Phenylacetate--CoA ligase  26.05 
 
 		 433 aa  98.6  2e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0633  phenylacetate--CoA ligase  27.07 
 
 		 432 aa  99  2e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.683184  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1683  phenylacetate--CoA ligase  26.22 
 
 		 433 aa  98.6  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1160  phenylacetate--CoA ligase  25.59 
 
 		 433 aa  98.6  2e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.580282  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0811  Phenylacetate--CoA ligase  23.91 
 
 		 442 aa  97.8  4e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1825  phenylacetate-CoA ligase  25.41 
 
 		 435 aa  97.1  6e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1165  phenylacetate--CoA ligase  29.47 
 
 		 433 aa  96.7  7e-19  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1237  phenylacetate--CoA ligase  27.79 
 
 		 444 aa  96.7  8e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0163  Phenylacetate--CoA ligase  26 
 
 		 438 aa  96.7  8e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3091  phenylacetate--CoA ligase  26.41 
 
 		 437 aa  96.3  9e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000125462  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1968  phenylacetate-CoA ligase  24 
 
 		 433 aa  96.3  9e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0939  Phenylacetate--CoA ligase  26.97 
 
 		 432 aa  96.3  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0815  phenylacetate--CoA ligase  25.42 
 
 		 439 aa  95.9  1e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.180698  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13410  phenylacetate-CoA ligase  26.78 
 
 		 435 aa  95.9  1e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1669  phenylacetate--CoA ligase  25.23 
 
 		 433 aa  95.9  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0637  phenylacetate--CoA ligase  26.89 
 
 		 414 aa  95.5  2e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0749  phenylacetate--CoA ligase  25.24 
 
 		 433 aa  95.1  2e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0461279  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0750  phenylacetate--CoA ligase  26.3 
 
 		 429 aa  95.5  2e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.564813  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1321  Phenylacetate--CoA ligase  26.15 
 
 		 449 aa  95.5  2e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.710343  normal  0.230718 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0039  phenylacetate--CoA ligase  28.09 
 
 		 441 aa  95.1  2e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.728722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0910  coenzyme F390 synthetase-like protein  25.94 
 
 		 436 aa  95.1  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1360  phenylacetate-CoA ligase  26.65 
 
 		 414 aa  94.7  3e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.292224  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1590  phenylacetate--CoA ligase  25.61 
 
 		 432 aa  94.4  4e-18  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1139  Phenylacetate--CoA ligase  24.54 
 
 		 435 aa  94.4  4e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000376262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3222  phenylacetate--CoA ligase  28.4 
 
 		 445 aa  94  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1826  Phenylacetate--CoA ligase  25.51 
 
 		 430 aa  94  5e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1573  phenylacetate--CoA ligase  25.17 
 
 		 431 aa  93.6  6e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03810  coenzyme F390 synthetase-like protein  26.35 
 
 		 429 aa  93.6  7e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1422  Phenylacetate--CoA ligase  25.2 
 
 		 444 aa  93.6  7e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.393229  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2115  coenzyme F390 synthetase  27.11 
 
 		 447 aa  93.2  9e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1000  Phenylacetate--CoA ligase  26.65 
 
 		 428 aa  93.2  9e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.354493  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0571  phenylacetate--CoA ligase  27.36 
 
 		 432 aa  92.4  1e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1613  Phenylacetate--CoA ligase  28.03 
 
 		 445 aa  92  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.297864  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1075  phenylacetate--CoA ligase  26.32 
 
 		 429 aa  91.7  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1818  phenylacetate-CoA ligase  26.11 
 
 		 433 aa  91.7  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2035  Phenylacetate--CoA ligase  24.24 
 
 		 434 aa  91.3  3e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000365841 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3083  phenylacetate--CoA ligase  25.81 
 
 		 423 aa  91.3  3e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0169  phenylacetate--CoA ligase  24.12 
 
 		 433 aa  90.9  4e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1153  Phenylacetate--CoA ligase  25.94 
 
 		 434 aa  90.9  4e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.107215 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0133  Phenylacetate--CoA ligase  25.06 
 
 		 436 aa  90.9  4e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0426675  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1385  Phenylacetate--CoA ligase  25.34 
 
 		 434 aa  90.9  4e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00741433 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1569  coenzyme F390 synthetase  25.18 
 
 		 433 aa  90.5  5e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.645557  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0442  Phenylacetate--CoA ligase  25.36 
 
 		 434 aa  90.5  5e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.372138 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2192  phenylacetate-CoA ligase  24.01 
 
 		 434 aa  90.5  5e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.724395  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1754  phenylacetate--CoA ligase  25.25 
 
 		 435 aa  90.9  5e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0384873  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0437  Phenylacetate--CoA ligase  27.1 
 
 		 435 aa  90.5  6e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.288534  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1456  phenylacetate-CoA ligase  25.96 
 
 		 433 aa  90.5  6e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.386345 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1392  coenzyme F390 synthetase  23.57 
 
 		 413 aa  90.5  6e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000346033  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0075  Phenylacetate--CoA ligase  25.07 
 
 		 433 aa  90.1  7e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2792  phenylacetate--CoA ligase  25.74 
 
 		 440 aa  90.1  7e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1624  phenylacetate--CoA ligase  25.71 
 
 		 433 aa  89.7  9e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.962242 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1574  phenylacetate--CoA ligase  28.49 
 
 		 441 aa  89.7  9e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.888855  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3366  phenylacetate-CoA ligase  26.92 
 
 		 431 aa  89.4  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0950  phenylacetate-CoA ligase  25.91 
 
 		 433 aa  89.7  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000041107  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0972  phenylacetate-CoA ligase  26.51 
 
 		 432 aa  89.4  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26570  phenylacetate-CoA ligase  26.67 
 
 		 448 aa  89  1e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.123505 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0073  Phenylacetate--CoA ligase  23.86 
 
 		 433 aa  89  1e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>