More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_1850 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_1850  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
366 aa  753    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.954804  decreased coverage  0.00256216 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2155  putative spermidine/putrescine transport system substrate-binding protein  75.82 
 
 
365 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2045  extracellular solute-binding protein  45.22 
 
 
367 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.76929  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2188  extracellular solute-binding protein  44.44 
 
 
367 aa  326  5e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.414153  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1692  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  43.61 
 
 
369 aa  324  2e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3719  periplasmic polyamine-binding protein, putative  44.94 
 
 
367 aa  322  4e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0307875  normal  0.343759 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1819  extracellular solute-binding protein  45.29 
 
 
359 aa  322  4e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.523844  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2730  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  42.78 
 
 
369 aa  322  6e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1010  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  44.08 
 
 
370 aa  322  6e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.274464  normal  0.285031 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1563  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  42.78 
 
 
369 aa  322  6e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  42.78 
 
 
369 aa  322  6e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0926  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  44.08 
 
 
370 aa  322  7e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00859  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  44.08 
 
 
370 aa  322  8e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0957  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  44.08 
 
 
370 aa  322  8e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00865  hypothetical protein  44.08 
 
 
370 aa  322  8e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2742  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  44.08 
 
 
370 aa  322  8e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.602994  normal  0.252845 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2788  extracellular solute-binding protein family 1  44.08 
 
 
370 aa  321  9.999999999999999e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2477  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  44.08 
 
 
370 aa  321  9.999999999999999e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.996224  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1011  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  43.8 
 
 
371 aa  320  1.9999999999999998e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0914  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  43.8 
 
 
371 aa  320  1.9999999999999998e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0982  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  43.8 
 
 
371 aa  320  1.9999999999999998e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.156512  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0882  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  43.8 
 
 
370 aa  320  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.360261  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1030  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  43.8 
 
 
371 aa  320  1.9999999999999998e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.491177  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2575  extracellular solute-binding protein  44.38 
 
 
363 aa  320  3e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.941635  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0950  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  43.53 
 
 
371 aa  318  7.999999999999999e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1958  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  42.5 
 
 
369 aa  318  9e-86  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  42.03 
 
 
369 aa  316  5e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2195  periplasmic polyamine-binding protein, putative  45 
 
 
362 aa  315  7e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.156454  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3542  extracellular solute-binding protein  44.71 
 
 
359 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  42.25 
 
 
369 aa  315  9.999999999999999e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46220  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  43.21 
 
 
363 aa  312  5.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0209379  hitchhiker  0.00257917 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1368  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  41.96 
 
 
370 aa  311  1e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3929  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  42.94 
 
 
363 aa  311  2e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  42.25 
 
 
369 aa  309  5e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0561958 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3000  extracellular solute-binding protein  42.62 
 
 
387 aa  309  5e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00190221  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  43.65 
 
 
364 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5307  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  42.15 
 
 
365 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  42.35 
 
 
387 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  42.15 
 
 
367 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2918  extracellular solute-binding protein  42.35 
 
 
387 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000482793  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  42.15 
 
 
367 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5240  extracellular solute-binding protein  41.92 
 
 
364 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1270  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  41.96 
 
 
367 aa  305  6e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4865  extracellular solute-binding protein  42.15 
 
 
365 aa  305  7e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0283  extracellular solute-binding protein  41.37 
 
 
401 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  41.44 
 
 
365 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3989  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  40.34 
 
 
363 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15996  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1612  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  40.44 
 
 
367 aa  303  4.0000000000000003e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.875795  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5180  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  40.82 
 
 
364 aa  302  6.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5362  extracellular solute-binding protein family 1  44.44 
 
 
366 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.142467  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5405  extracellular solute-binding protein  41.6 
 
 
370 aa  301  8.000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.948456  decreased coverage  0.000259931 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1556  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  40.44 
 
 
367 aa  301  8.000000000000001e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29090  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  40.06 
 
 
363 aa  301  8.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000591806 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1094  extracellular solute-binding protein  42.62 
 
 
366 aa  301  1e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.799805  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  43.3 
 
 
366 aa  301  1e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  41.53 
 
 
366 aa  301  1e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3009  extracellular solute-binding protein  41.53 
 
 
366 aa  301  1e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274617  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5087  extracellular solute-binding protein  41 
 
 
364 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.940444  normal  0.403458 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  41.53 
 
 
366 aa  301  2e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3031  extracellular solute-binding protein  41.96 
 
 
366 aa  300  3e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000047309  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  42.19 
 
 
366 aa  299  4e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  40.61 
 
 
365 aa  298  7e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  41.26 
 
 
366 aa  298  8e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1199  extracellular solute-binding protein  41.26 
 
 
366 aa  298  1e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000384833  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3928  extracellular solute-binding protein  39.89 
 
 
367 aa  296  3e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0282  extracellular solute-binding protein  41.11 
 
 
365 aa  296  4e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.443093  normal  0.882806 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4671  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  39.42 
 
 
361 aa  295  9e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.728612  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2567  extracellular solute-binding protein  40.72 
 
 
362 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3147  periplasmic polyamine-binding protein, putative  40.44 
 
 
362 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.718398  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3845  ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein, putative  40.28 
 
 
369 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.803653  normal  0.545776 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2898  extracellular solute-binding protein  39.61 
 
 
362 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2607  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  41.32 
 
 
367 aa  293  4e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.562243  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0346  extracellular solute-binding protein  40.06 
 
 
363 aa  293  4e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4949  extracellular solute-binding protein family 1  39.51 
 
 
366 aa  292  5e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.597771  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2905  extracellular solute-binding protein  41.6 
 
 
371 aa  292  7e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0344  extracellular solute-binding protein  41.74 
 
 
365 aa  291  8e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.574749 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1501  extracellular solute-binding protein  40.72 
 
 
371 aa  291  9e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6345  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  41.71 
 
 
372 aa  291  1e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3015  extracellular solute-binding protein  41.54 
 
 
371 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.946307  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0163  extracellular solute-binding protein  40.18 
 
 
365 aa  291  1e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3043  extracellular solute-binding protein  41.6 
 
 
371 aa  291  1e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2996  extracellular solute-binding protein  41.25 
 
 
371 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.625226  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30570  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  41.32 
 
 
367 aa  291  2e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.720588 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0310  extracellular solute-binding protein  39.34 
 
 
364 aa  290  2e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4864  extracellular solute-binding protein  40.88 
 
 
364 aa  290  2e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2829  extracellular solute-binding protein  39.23 
 
 
362 aa  290  2e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2382  extracellular solute-binding protein  41.25 
 
 
371 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.721841  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3532  extracellular solute-binding protein  41.41 
 
 
367 aa  290  3e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.50188 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5404  extracellular solute-binding protein  41.16 
 
 
375 aa  290  3e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000245963 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1341  extracellular solute-binding protein family 1  39.34 
 
 
369 aa  290  4e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4388  extracellular solute-binding protein family 1  40.52 
 
 
367 aa  289  4e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.926126  normal  0.244304 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5241  extracellular solute-binding protein  40.82 
 
 
365 aa  290  4e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2708  extracellular solute-binding protein  40.24 
 
 
362 aa  288  7e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.15362  normal  0.342608 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2642  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  40.16 
 
 
366 aa  289  7e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00909614  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4019  extracellular solute-binding protein  40.23 
 
 
367 aa  288  8e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.612389 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0973  extracellular solute-binding protein  41.37 
 
 
366 aa  288  9e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429024  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2117  extracellular solute-binding protein  41.05 
 
 
365 aa  288  1e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.428561  normal  0.337405 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0132  extracellular solute-binding protein  40 
 
 
367 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.911312  normal  0.781797 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2406  putrescine-binding periplasmic protein precursor  39.53 
 
 
362 aa  288  1e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.388567  hitchhiker  0.00509094 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2677  extracellular solute-binding protein  39.5 
 
 
361 aa  287  2e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0163621 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>