55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3174 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3174  cupin 4 family protein  100 
 
 		 303 aa  635    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.386133  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3032  cupin 4  33.03 
 
 		 385 aa  128  1.0000000000000001e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0159331  hitchhiker  0.00213714 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5269  Cupin 4 family protein  31.19 
 
 		 395 aa  123  4e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.242855  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1529  Cupin 4 family protein  30.34 
 
 		 400 aa  121  9.999999999999999e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.567254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0373  hypothetical protein  26.52 
 
 		 428 aa  108  1e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.373081 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3059  cupin 4 family protein  30.91 
 
 		 298 aa  107  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.211157  normal  0.164661 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1857  hypothetical protein  30.81 
 
 		 395 aa  103  5e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.335047  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5630  cupin 4 family protein  26.87 
 
 		 404 aa  92  1e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.533226 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5250  cupin 4  26.87 
 
 		 404 aa  91.3  2e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.109199  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5339  cupin 4 family protein  26.87 
 
 		 404 aa  91.3  2e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.77653  normal  0.333851 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0394  cupin 4  27.62 
 
 		 406 aa  89  8e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3066  Cupin 4 family protein  27.35 
 
 		 452 aa  83.6  0.000000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000118517  hitchhiker  0.00228521 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0385  cupin 4  28.44 
 
 		 392 aa  81.6  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8956  Cupin 4 family protein  29.38 
 
 		 395 aa  79.3  0.00000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.695323 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2875  cupin 4 family protein  23.9 
 
 		 384 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.996313  normal  0.0729467 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0337  cupin 4 family protein  24.17 
 
 		 402 aa  76.6  0.0000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.395479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1339  Cupin 4 family protein  27.19 
 
 		 434 aa  76.3  0.0000000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.696496  normal  0.510417 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2909  Cupin 4 family protein  22.22 
 
 		 414 aa  75.9  0.0000000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2428  cupin 4 family protein  28.33 
 
 		 394 aa  72  0.00000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3279  Cupin 4 family protein  26.94 
 
 		 436 aa  71.6  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1708  hypothetical protein  30.88 
 
 		 397 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2151  cupin 4 family protein  24.12 
 
 		 496 aa  69.7  0.00000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.247247  normal  0.537762 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2302  cupin 4 family protein  29.32 
 
 		 432 aa  66.6  0.0000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0977306  hitchhiker  0.00217301 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02500  Cupin superfamily protein  25.39 
 
 		 414 aa  64.3  0.000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_15879  predicted protein  27.54 
 
 		 515 aa  60.5  0.00000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4378  cupin 4 family protein  24.21 
 
 		 403 aa  60.1  0.00000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.123622  n/a   
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_14981  predicted protein  28.66 
 
 		 351 aa  58.9  0.0000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0823  cupin region  23.14 
 
 		 301 aa  51.6  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0920  Cupin 4 family protein  33.01 
 
 		 373 aa  50.1  0.00005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2568  hypothetical protein  31.9 
 
 		 382 aa  50.1  0.00005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0502  cupin 4 family protein  36.08 
 
 		 373 aa  48.9  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_39523  predicted protein  27.27 
 
 		 235 aa  47  0.0004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0537777  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1274  Cupin 4 family protein  24.24 
 
 		 385 aa  45.8  0.0009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3269  cupin 4 family protein  26.09 
 
 		 400 aa  45.8  0.0009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00540912 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2541  cupin 4 family protein  32 
 
 		 376 aa  45.4  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2408  cupin 4 family protein  23.1 
 
 		 380 aa  44.3  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0501658  hitchhiker  0.000275258 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1072  cupin 4  31.25 
 
 		 375 aa  45.1  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.474375  normal  1 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46687  predicted protein  33.94 
 
 		 626 aa  44.7  0.002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0392  Cupin 4 family protein  34.38 
 
 		 373 aa  44.3  0.003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1557  cupin 4 family protein  33.33 
 
 		 386 aa  43.9  0.003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.215237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0491  cupin 4 family protein  34.02 
 
 		 373 aa  43.9  0.003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3029  transcription factor jumonji domain-containing protein  26.5 
 
 		 279 aa  43.5  0.004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_43870  predicted protein  29.47 
 
 		 549 aa  43.5  0.004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02373  putative enzyme with RmlC-like domain  31.48 
 
 		 388 aa  43.5  0.004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.965281  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2708  cupin 4 family protein  29.63 
 
 		 374 aa  43.5  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.112259 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2199  cupin 4 family protein  23.93 
 
 		 381 aa  43.5  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00219592  hitchhiker  0.0000043993 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2642  cupin 4 family protein  24.58 
 
 		 418 aa  43.1  0.006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2644  cupin 4  31.48 
 
 		 384 aa  43.1  0.006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45348  predicted protein  31.4 
 
 		 481 aa  42.7  0.007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1825  cupin 4  29.59 
 
 		 376 aa  42.7  0.007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1675  cupin 4 family protein  35.8 
 
 		 379 aa  42.7  0.008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0659937 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1600  cupin 4 family protein  35.8 
 
 		 379 aa  42.7  0.008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1744  cupin 4 family protein  35.8 
 
 		 379 aa  42.4  0.009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5397  cupin domain-containing protein  33.75 
 
 		 406 aa  42.4  0.009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0705727  normal  0.321828 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1108  cupin region  30 
 
 		 402 aa  42.4  0.01  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>