156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2642 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2642  cupin 4 family protein  100 
 
 		 418 aa  835    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2568  hypothetical protein  58.27 
 
 		 382 aa  419  1e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5092  cupin 4 family protein  56.27 
 
 		 376 aa  410  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.581531  normal  0.0289513 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2644  cupin 4  53.79 
 
 		 384 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1332  cupin 4 family protein  56.38 
 
 		 378 aa  395  1e-109  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0920  Cupin 4 family protein  56.12 
 
 		 373 aa  389  1e-107  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2658  cupin 4 family protein  58.14 
 
 		 393 aa  378  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0302893  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3437  Cupin 4 family protein  53.17 
 
 		 381 aa  369  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1191  cupin 4 family protein  49.75 
 
 		 413 aa  367  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.327917  normal  0.915059 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1005  cupin 4 family protein  56.12 
 
 		 373 aa  368  1e-100  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3175  cupin 4  51.77 
 
 		 408 aa  362  8e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1108  cupin region  48 
 
 		 402 aa  334  2e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1183  cupin 4 family protein  50.13 
 
 		 408 aa  334  2e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0687664  hitchhiker  0.0000384717 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5986  cupin 4  48.72 
 
 		 406 aa  329  6e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.143009  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2091  cupin 4 family protein  48.72 
 
 		 406 aa  329  6e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0444344  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2110  cupin 4 family protein  48.47 
 
 		 406 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.191653  hitchhiker  0.00823788 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1910  hypothetical protein  48.98 
 
 		 422 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507646  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2615  cupin domain-containing protein  49.23 
 
 		 395 aa  326  6e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2694  cupin superfamily protein family  49.49 
 
 		 422 aa  325  9e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.183857  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1614  hypothetical protein  46.37 
 
 		 382 aa  323  2e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000816657  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2001  cupin 4 family protein  48.07 
 
 		 406 aa  324  2e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.484534  hitchhiker  0.000000254865 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2127  cupin 4 family protein  47.81 
 
 		 407 aa  324  2e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14925  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2562  cupin domain-containing protein  49.1 
 
 		 395 aa  323  4e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.245241  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2177  hypothetical protein  48.98 
 
 		 395 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0429596  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1450  hypothetical protein  48.98 
 
 		 395 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.90536  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3141  hypothetical protein  49.23 
 
 		 407 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5397  cupin domain-containing protein  47.3 
 
 		 406 aa  318  9e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0705727  normal  0.321828 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2523  Cupin 4 family protein  46.92 
 
 		 368 aa  311  2e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000000942208  decreased coverage  0.00000000060733 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1072  cupin 4  46.68 
 
 		 375 aa  310  2.9999999999999997e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.474375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1402  cupin 4 family protein  47.99 
 
 		 370 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.18814  hitchhiker  0.000000587517 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1086  Cupin 4 family protein  45.84 
 
 		 409 aa  288  1e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1148  hypothetical protein  44.27 
 
 		 409 aa  286  4e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.186989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0850  cupin 4 family protein  44.32 
 
 		 410 aa  286  5e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0989  Cupin 4 family protein  41.93 
 
 		 410 aa  278  1e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0764478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1143  cupin region  41.16 
 
 		 415 aa  274  2.0000000000000002e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00000830013  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0990  Cupin 4 family protein  45.53 
 
 		 375 aa  271  1e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.210343 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0838  cupin 4  40.72 
 
 		 392 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000238733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0982  cupin 4  40.72 
 
 		 392 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000496862  normal  0.871926 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0585  hypothetical protein  41.16 
 
 		 377 aa  236  5.0000000000000005e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.269935  normal  0.522775 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2577  hypothetical protein  43.29 
 
 		 389 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0294442  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30100  hypothetical protein  42.95 
 
 		 389 aa  232  9e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3599  transcription factor jumonji, jmjC  42.76 
 
 		 391 aa  230  4e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.404465  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28390  clavaminate synthase-like superfamily protein  36.31 
 
 		 388 aa  225  1e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3361  hypothetical protein  41.41 
 
 		 388 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.036154  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3193  transcription factor jumonji, jmjC  41.08 
 
 		 388 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.021443 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1816  cupin 4 family protein  39.01 
 
 		 388 aa  219  7e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.612376  normal  0.222085 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2403  cupin 4 family protein  41.75 
 
 		 388 aa  219  8.999999999999998e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.969826  normal  0.0823577 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3622  cupin 4 family protein  39.01 
 
 		 388 aa  219  8.999999999999998e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4017  cupin 4 family protein  38.74 
 
 		 390 aa  216  4e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.593926  normal  0.186088 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1850  Cupin 4 family protein  42.28 
 
 		 397 aa  216  7e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.469672  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3421  cupin 4 family protein  40.27 
 
 		 388 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1765  cupin 4 family protein  34.87 
 
 		 383 aa  211  3e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0255627  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0038  Cupin 4 family protein  37.07 
 
 		 392 aa  209  6e-53  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1132  transcription factor jumonji, jmjC  32.26 
 
 		 401 aa  208  1e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1674  hypothetical protein  33.81 
 
 		 383 aa  204  3e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3269  cupin 4 family protein  34.9 
 
 		 400 aa  202  8e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00540912 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1274  Cupin 4 family protein  34.82 
 
 		 385 aa  202  9.999999999999999e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2447  cupin 4  36.15 
 
 		 397 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1874  hypothetical protein  32.88 
 
 		 395 aa  199  1.0000000000000001e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1865  hypothetical protein  32.35 
 
 		 395 aa  195  1e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1404  Cupin 4 family protein  38.75 
 
 		 397 aa  187  3e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2004  Cupin 4 family protein  34.02 
 
 		 385 aa  182  1e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.367195  hitchhiker  0.0000511749 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2000  cupin 4 family protein  32.82 
 
 		 381 aa  182  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2354  cupin 4 family protein  34.02 
 
 		 385 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2343  cupin 4 family protein  34.02 
 
 		 385 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2459  cupin 4 family protein  34.02 
 
 		 385 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.378112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02373  putative enzyme with RmlC-like domain  32.71 
 
 		 388 aa  175  9.999999999999999e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.965281  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2199  cupin 4 family protein  32.74 
 
 		 381 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00219592  hitchhiker  0.0000043993 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2628  Cupin 4 family protein  33.07 
 
 		 471 aa  171  2e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.229429  normal  0.484388 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1908  cupin 4 family protein  32.69 
 
 		 386 aa  170  5e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0958  cupin 4 family protein  31.69 
 
 		 391 aa  170  5e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0589089  hitchhiker  0.00146846 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2408  cupin 4 family protein  32.3 
 
 		 380 aa  168  1e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0501658  hitchhiker  0.000275258 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2541  cupin 4 family protein  33.77 
 
 		 376 aa  167  4e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2263  cupin 4 family protein  29.82 
 
 		 380 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1557  cupin 4 family protein  31.93 
 
 		 386 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.215237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2708  cupin 4 family protein  30.47 
 
 		 374 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.112259 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1308  cupin family protein  32.89 
 
 		 373 aa  163  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.579202  normal  0.591966 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0891  hypothetical protein  33.67 
 
 		 422 aa  163  5.0000000000000005e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.637321  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1952  hypothetical protein  28.72 
 
 		 390 aa  163  5.0000000000000005e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1330  cupin family protein  32.63 
 
 		 373 aa  162  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.233449  normal  0.341936 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1955  cupin family protein  32.63 
 
 		 373 aa  162  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.280047  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1346  cupin family protein  32.1 
 
 		 373 aa  162  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.986526 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0804  cupin 4 family protein  33.33 
 
 		 422 aa  162  2e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1641  cupin 4 family protein  32.01 
 
 		 373 aa  161  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01126  hypothetical protein  32.37 
 
 		 373 aa  160  3e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2519  Cupin 4 family protein  32.37 
 
 		 373 aa  160  3e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0666495  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1997  cupin family protein  32.37 
 
 		 373 aa  160  3e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.446284 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1306  cupin family protein  32.37 
 
 		 373 aa  160  3e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01134  hypothetical protein  32.37 
 
 		 373 aa  160  3e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1569  cupin family protein  32.37 
 
 		 373 aa  160  3e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.486119  hitchhiker  0.00000357486 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2475  cupin 4 family protein  32.37 
 
 		 373 aa  160  3e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1248  cupin family protein  32.37 
 
 		 373 aa  160  3e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1291  cupin family protein  32.37 
 
 		 373 aa  160  3e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2137  cupin family protein  32.37 
 
 		 373 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0624468 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1600  cupin 4 family protein  29.86 
 
 		 379 aa  159  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0473  Cupin 4 family protein  33.22 
 
 		 373 aa  159  1e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01200  transcription factor jumonji, JmjC  31.64 
 
 		 498 aa  159  1e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2636  hypothetical protein  30.41 
 
 		 380 aa  158  2e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0502  cupin 4 family protein  33.1 
 
 		 373 aa  158  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2474  cupin 4 family protein  29.82 
 
 		 379 aa  157  3e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.030086  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>