145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3193 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4017  cupin 4 family protein  81.44 
 
 
390 aa  656    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.593926  normal  0.186088 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3361  hypothetical protein  97.94 
 
 
388 aa  769    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.036154  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3193  transcription factor jumonji, jmjC  100 
 
 
388 aa  781    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.021443 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3599  transcription factor jumonji, jmjC  87.18 
 
 
391 aa  687    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.404465  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2403  cupin 4 family protein  81.44 
 
 
388 aa  653    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.969826  normal  0.0823577 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1816  cupin 4 family protein  81.96 
 
 
388 aa  660    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.612376  normal  0.222085 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3622  cupin 4 family protein  81.7 
 
 
388 aa  657    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3421  cupin 4 family protein  80.67 
 
 
388 aa  651    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28390  clavaminate synthase-like superfamily protein  78.35 
 
 
388 aa  630  1e-179  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30100  hypothetical protein  75.84 
 
 
389 aa  619  1e-176  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2577  hypothetical protein  75.84 
 
 
389 aa  619  1e-176  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0294442  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1765  cupin 4 family protein  50.26 
 
 
383 aa  377  1e-103  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0255627  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2447  cupin 4  48.98 
 
 
397 aa  368  1e-100  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1850  Cupin 4 family protein  48.07 
 
 
397 aa  335  9e-91  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.469672  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0038  Cupin 4 family protein  46.75 
 
 
392 aa  331  1e-89  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3269  cupin 4 family protein  45.66 
 
 
400 aa  317  2e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00540912 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1674  hypothetical protein  43.49 
 
 
383 aa  310  2.9999999999999997e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1132  transcription factor jumonji, jmjC  40.21 
 
 
401 aa  286  5e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1404  Cupin 4 family protein  45.2 
 
 
397 aa  286  5e-76  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2628  Cupin 4 family protein  43.44 
 
 
471 aa  284  2.0000000000000002e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.229429  normal  0.484388 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0804  cupin 4 family protein  45.38 
 
 
422 aa  284  2.0000000000000002e-75  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1874  hypothetical protein  41.69 
 
 
395 aa  283  3.0000000000000004e-75  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0891  hypothetical protein  45.38 
 
 
422 aa  283  3.0000000000000004e-75  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.637321  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01200  transcription factor jumonji, JmjC  44.04 
 
 
498 aa  283  4.0000000000000003e-75  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1865  hypothetical protein  40.9 
 
 
395 aa  278  1e-73  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0838  cupin 4  48.33 
 
 
392 aa  270  2e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000238733  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0982  cupin 4  48.33 
 
 
392 aa  270  2e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000496862  normal  0.871926 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1143  cupin region  42.25 
 
 
415 aa  268  8e-71  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00000830013  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1148  hypothetical protein  48.84 
 
 
409 aa  260  3e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.186989  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1910  hypothetical protein  47.4 
 
 
422 aa  254  3e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507646  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0585  hypothetical protein  43.59 
 
 
377 aa  253  4.0000000000000004e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.269935  normal  0.522775 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0960  cupin 4 family protein  39.78 
 
 
375 aa  251  2e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.786571  normal  0.101373 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1274  Cupin 4 family protein  41.76 
 
 
385 aa  251  2e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0958  cupin 4 family protein  40.11 
 
 
391 aa  247  2e-64  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0589089  hitchhiker  0.00146846 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2263  cupin 4 family protein  36.36 
 
 
380 aa  247  3e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1108  cupin region  44.14 
 
 
402 aa  246  6e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2519  Cupin 4 family protein  37.3 
 
 
373 aa  245  6.999999999999999e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0666495  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01126  hypothetical protein  37.3 
 
 
373 aa  245  9e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01134  hypothetical protein  37.3 
 
 
373 aa  245  9e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1306  cupin family protein  37.3 
 
 
373 aa  245  9e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1248  cupin family protein  37.3 
 
 
373 aa  245  9e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1291  cupin family protein  37.3 
 
 
373 aa  245  9e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2475  cupin 4 family protein  37.3 
 
 
373 aa  245  9e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1997  cupin family protein  37.3 
 
 
373 aa  245  9e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.446284 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2694  cupin superfamily protein family  46.37 
 
 
422 aa  243  3e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.183857  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1569  cupin family protein  37.03 
 
 
373 aa  244  3e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.486119  hitchhiker  0.00000357486 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2562  cupin domain-containing protein  46.37 
 
 
395 aa  243  5e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.245241  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1641  cupin 4 family protein  36.97 
 
 
373 aa  242  7e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1086  Cupin 4 family protein  44.19 
 
 
409 aa  242  7.999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2636  hypothetical protein  37.14 
 
 
380 aa  242  9e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1952  hypothetical protein  33.78 
 
 
390 aa  241  2e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2615  cupin domain-containing protein  46.02 
 
 
395 aa  241  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1614  hypothetical protein  42.49 
 
 
382 aa  239  4e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000816657  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1332  cupin 4 family protein  40.92 
 
 
378 aa  240  4e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2177  hypothetical protein  46.02 
 
 
395 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0429596  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3141  hypothetical protein  46.02 
 
 
407 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1450  hypothetical protein  46.02 
 
 
395 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.90536  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1606  cupin family protein  37.53 
 
 
373 aa  239  6.999999999999999e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1308  cupin family protein  36.22 
 
 
373 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.579202  normal  0.591966 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2137  cupin family protein  36.22 
 
 
373 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0624468 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2857  hypothetical protein  37.1 
 
 
373 aa  238  1e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1346  cupin family protein  36.22 
 
 
373 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.986526 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1402  cupin 4 family protein  47.18 
 
 
370 aa  237  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.18814  hitchhiker  0.000000587517 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1955  cupin family protein  36.22 
 
 
373 aa  238  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.280047  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1330  cupin family protein  36.22 
 
 
373 aa  238  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.233449  normal  0.341936 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2988  cupin family protein  36.7 
 
 
373 aa  237  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2110  cupin 4 family protein  43.1 
 
 
406 aa  238  2e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.191653  hitchhiker  0.00823788 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5986  cupin 4  43.1 
 
 
406 aa  237  3e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.143009  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2091  cupin 4 family protein  43.1 
 
 
406 aa  237  3e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0444344  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2644  cupin 4  45.02 
 
 
384 aa  236  4e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2236  cupin 4 family protein  36.55 
 
 
379 aa  236  4e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.817609  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1713  cupin 4 family protein  37.1 
 
 
373 aa  236  4e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3067  cupin 4 family protein  36.7 
 
 
373 aa  236  5.0000000000000005e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2568  hypothetical protein  39.79 
 
 
382 aa  236  6e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1744  cupin 4 family protein  36.44 
 
 
379 aa  236  7e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1285  Cupin 4 family protein  37.11 
 
 
373 aa  235  9e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5397  cupin domain-containing protein  43.24 
 
 
406 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0705727  normal  0.321828 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2011  cupin 4 family protein  37.07 
 
 
373 aa  234  2.0000000000000002e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0220075 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1675  cupin 4 family protein  36.27 
 
 
379 aa  233  3e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0659937 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0473  Cupin 4 family protein  37.4 
 
 
373 aa  234  3e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1183  cupin 4 family protein  43.4 
 
 
408 aa  234  3e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0687664  hitchhiker  0.0000384717 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3175  cupin 4  43.73 
 
 
408 aa  233  4.0000000000000004e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2523  Cupin 4 family protein  45 
 
 
368 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000000942208  decreased coverage  0.00000000060733 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2001  cupin 4 family protein  44.14 
 
 
406 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.484534  hitchhiker  0.000000254865 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1870  Cupin 4 family protein  36.29 
 
 
379 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000786372  hitchhiker  0.0000146435 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5092  cupin 4 family protein  39.69 
 
 
376 aa  233  4.0000000000000004e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.581531  normal  0.0289513 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1600  cupin 4 family protein  35.9 
 
 
379 aa  233  5e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0502  cupin 4 family protein  37.73 
 
 
373 aa  233  5e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2474  cupin 4 family protein  36.29 
 
 
379 aa  232  7.000000000000001e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.030086  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1937  Cupin 4 family protein  37.87 
 
 
373 aa  232  8.000000000000001e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2594  cupin 4 family protein  36.29 
 
 
379 aa  232  8.000000000000001e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.46128  normal  0.0566469 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2068  Cupin 4 family protein  37.33 
 
 
373 aa  231  1e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1825  cupin 4  37.53 
 
 
376 aa  231  2e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1144  cupin 4  36.34 
 
 
390 aa  231  2e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.929566  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1864  Cupin 4 family protein  37.6 
 
 
373 aa  231  2e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2481  cupin 4 family protein  36.29 
 
 
379 aa  231  2e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0491  cupin 4 family protein  36.97 
 
 
373 aa  230  3e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2541  cupin 4 family protein  34.57 
 
 
376 aa  230  4e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2149  Cupin 4 family protein  37.87 
 
 
373 aa  229  6e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194102  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2127  cupin 4 family protein  43.6 
 
 
407 aa  229  6e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14925  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>