143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0585 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0585  hypothetical protein  100 
 
 		 377 aa  764    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.269935  normal  0.522775 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0838  cupin 4  57.03 
 
 		 392 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000238733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0982  cupin 4  57.03 
 
 		 392 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000496862  normal  0.871926 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1143  cupin region  54.57 
 
 		 415 aa  403  1e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00000830013  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2001  cupin 4 family protein  48.14 
 
 		 406 aa  335  9e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.484534  hitchhiker  0.000000254865 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5986  cupin 4  47.75 
 
 		 406 aa  333  3e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.143009  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2091  cupin 4 family protein  47.75 
 
 		 406 aa  333  3e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0444344  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5397  cupin domain-containing protein  47.48 
 
 		 406 aa  333  4e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0705727  normal  0.321828 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2110  cupin 4 family protein  47.07 
 
 		 406 aa  332  5e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.191653  hitchhiker  0.00823788 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2127  cupin 4 family protein  48.01 
 
 		 407 aa  332  6e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14925  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1614  hypothetical protein  45.99 
 
 		 382 aa  330  3e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000816657  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1183  cupin 4 family protein  47.61 
 
 		 408 aa  325  6e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0687664  hitchhiker  0.0000384717 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1148  hypothetical protein  47.52 
 
 		 409 aa  325  8.000000000000001e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.186989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1108  cupin region  47.48 
 
 		 402 aa  323  3e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1086  Cupin 4 family protein  48.83 
 
 		 409 aa  320  3.9999999999999996e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2562  cupin domain-containing protein  48.68 
 
 		 395 aa  319  5e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.245241  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2694  cupin superfamily protein family  48.41 
 
 		 422 aa  317  2e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.183857  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2615  cupin domain-containing protein  48.41 
 
 		 395 aa  316  4e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2523  Cupin 4 family protein  45.33 
 
 		 368 aa  316  5e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000000942208  decreased coverage  0.00000000060733 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1072  cupin 4  47.31 
 
 		 375 aa  315  9.999999999999999e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.474375  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1910  hypothetical protein  47.35 
 
 		 422 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507646  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2177  hypothetical protein  48.15 
 
 		 395 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0429596  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1450  hypothetical protein  48.15 
 
 		 395 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.90536  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3141  hypothetical protein  48.15 
 
 		 407 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0990  Cupin 4 family protein  47.99 
 
 		 375 aa  305  6e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.210343 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1402  cupin 4 family protein  45.48 
 
 		 370 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.18814  hitchhiker  0.000000587517 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1332  cupin 4 family protein  43.65 
 
 		 378 aa  283  5.000000000000001e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3175  cupin 4  43.75 
 
 		 408 aa  281  1e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5092  cupin 4 family protein  41.78 
 
 		 376 aa  280  4e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.581531  normal  0.0289513 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0920  Cupin 4 family protein  43.75 
 
 		 373 aa  276  5e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0850  cupin 4 family protein  41.36 
 
 		 410 aa  275  1.0000000000000001e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2447  cupin 4  45.43 
 
 		 397 aa  271  1e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1191  cupin 4 family protein  40.54 
 
 		 413 aa  271  2e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.327917  normal  0.915059 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2403  cupin 4 family protein  48.42 
 
 		 388 aa  270  4e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.969826  normal  0.0823577 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2644  cupin 4  43.39 
 
 		 384 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30100  hypothetical protein  42.32 
 
 		 389 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2577  hypothetical protein  43.11 
 
 		 389 aa  265  1e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0294442  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1765  cupin 4 family protein  42.19 
 
 		 383 aa  263  3e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0255627  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0989  Cupin 4 family protein  39.58 
 
 		 410 aa  263  4.999999999999999e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0764478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1005  cupin 4 family protein  43.75 
 
 		 373 aa  261  1e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2658  cupin 4 family protein  43.31 
 
 		 393 aa  261  1e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0302893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2568  hypothetical protein  43.54 
 
 		 382 aa  260  3e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1816  cupin 4 family protein  46.32 
 
 		 388 aa  260  3e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.612376  normal  0.222085 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3622  cupin 4 family protein  45.96 
 
 		 388 aa  259  4e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4017  cupin 4 family protein  45.96 
 
 		 390 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.593926  normal  0.186088 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1850  Cupin 4 family protein  43.2 
 
 		 397 aa  258  1e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.469672  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3421  cupin 4 family protein  45.61 
 
 		 388 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28390  clavaminate synthase-like superfamily protein  43.63 
 
 		 388 aa  256  4e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0038  Cupin 4 family protein  42.17 
 
 		 392 aa  256  6e-67  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3437  Cupin 4 family protein  42.18 
 
 		 381 aa  256  6e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3193  transcription factor jumonji, jmjC  43.59 
 
 		 388 aa  253  3e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.021443 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3361  hypothetical protein  43.27 
 
 		 388 aa  249  5e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.036154  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3599  transcription factor jumonji, jmjC  46.59 
 
 		 391 aa  249  7e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.404465  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1404  Cupin 4 family protein  43.29 
 
 		 397 aa  245  9.999999999999999e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01200  transcription factor jumonji, JmjC  41.18 
 
 		 498 aa  242  7e-63  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1274  Cupin 4 family protein  44.19 
 
 		 385 aa  241  2e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1674  hypothetical protein  37.5 
 
 		 383 aa  240  2.9999999999999997e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2642  cupin 4 family protein  41.16 
 
 		 418 aa  236  4e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2628  Cupin 4 family protein  39.04 
 
 		 471 aa  234  2.0000000000000002e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.229429  normal  0.484388 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1132  transcription factor jumonji, jmjC  42.91 
 
 		 401 aa  222  8e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3269  cupin 4 family protein  38.69 
 
 		 400 aa  218  1e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00540912 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0804  cupin 4 family protein  37.87 
 
 		 422 aa  216  4e-55  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1874  hypothetical protein  33.51 
 
 		 395 aa  216  5e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0891  hypothetical protein  37.87 
 
 		 422 aa  216  5.9999999999999996e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.637321  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2000  cupin 4 family protein  35.9 
 
 		 381 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1865  hypothetical protein  33.25 
 
 		 395 aa  212  9e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2408  cupin 4 family protein  34.62 
 
 		 380 aa  207  2e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0501658  hitchhiker  0.000275258 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2708  cupin 4 family protein  34.93 
 
 		 374 aa  202  7e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.112259 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2199  cupin 4 family protein  34.88 
 
 		 381 aa  199  9e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00219592  hitchhiker  0.0000043993 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2354  cupin 4 family protein  33.68 
 
 		 385 aa  192  6e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2343  cupin 4 family protein  33.68 
 
 		 385 aa  192  9e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2459  cupin 4 family protein  33.68 
 
 		 385 aa  192  9e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.378112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1825  cupin 4  32.86 
 
 		 376 aa  191  1e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1908  cupin 4 family protein  33.99 
 
 		 386 aa  191  2e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1606  cupin family protein  34.06 
 
 		 373 aa  191  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2004  Cupin 4 family protein  33.16 
 
 		 385 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.367195  hitchhiker  0.0000511749 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0502  cupin 4 family protein  34.38 
 
 		 373 aa  191  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2541  cupin 4 family protein  34.17 
 
 		 376 aa  191  2e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1713  cupin 4 family protein  34.06 
 
 		 373 aa  190  4e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2857  hypothetical protein  34.06 
 
 		 373 aa  189  5e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1285  Cupin 4 family protein  36.36 
 
 		 373 aa  189  8e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2236  cupin 4 family protein  32.77 
 
 		 379 aa  189  8e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.817609  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1600  cupin 4 family protein  32.49 
 
 		 379 aa  189  9e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1675  cupin 4 family protein  32.77 
 
 		 379 aa  189  9e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0659937 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0960  cupin 4 family protein  35.22 
 
 		 375 aa  187  2e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.786571  normal  0.101373 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2011  cupin 4 family protein  33.44 
 
 		 373 aa  187  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0220075 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1744  cupin 4 family protein  32.49 
 
 		 379 aa  186  6e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2474  cupin 4 family protein  33.06 
 
 		 379 aa  186  6e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.030086  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1952  hypothetical protein  34.18 
 
 		 390 aa  185  9e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2636  hypothetical protein  31.92 
 
 		 380 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1247  hypothetical protein  32.91 
 
 		 390 aa  185  1.0000000000000001e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000169648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0491  cupin 4 family protein  35.42 
 
 		 373 aa  185  1.0000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2988  cupin family protein  35.11 
 
 		 373 aa  185  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3067  cupin 4 family protein  35.11 
 
 		 373 aa  185  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1346  cupin family protein  33.44 
 
 		 373 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.986526 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2137  cupin family protein  33.44 
 
 		 373 aa  184  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0624468 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1870  Cupin 4 family protein  32.5 
 
 		 379 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000786372  hitchhiker  0.0000146435 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1308  cupin family protein  33.44 
 
 		 373 aa  183  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.579202  normal  0.591966 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1955  cupin family protein  33.44 
 
 		 373 aa  183  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.280047  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1330  cupin family protein  33.44 
 
 		 373 aa  183  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.233449  normal  0.341936 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>