152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1557 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1557  cupin 4 family protein  100 
 
 		 386 aa  794    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.215237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2708  cupin 4 family protein  67.02 
 
 		 374 aa  530  1e-149  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.112259 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2263  cupin 4 family protein  60.99 
 
 		 380 aa  485  1e-136  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2636  hypothetical protein  59.69 
 
 		 380 aa  482  1e-135  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1600  cupin 4 family protein  59.69 
 
 		 379 aa  482  1e-135  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1675  cupin 4 family protein  59.42 
 
 		 379 aa  483  1e-135  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0659937 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1744  cupin 4 family protein  59.16 
 
 		 379 aa  483  1e-135  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1870  Cupin 4 family protein  58.38 
 
 		 379 aa  474  1e-132  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000786372  hitchhiker  0.0000146435 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2481  cupin 4 family protein  58.38 
 
 		 379 aa  472  1e-132  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2594  cupin 4 family protein  58.38 
 
 		 379 aa  472  1e-132  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.46128  normal  0.0566469 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2236  cupin 4 family protein  57.59 
 
 		 379 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.817609  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2474  cupin 4 family protein  57.85 
 
 		 379 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.030086  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2541  cupin 4 family protein  57.7 
 
 		 376 aa  461  1e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1825  cupin 4  57.07 
 
 		 376 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2065  cupin 4  55.76 
 
 		 372 aa  437  1e-121  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.439804  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2149  Cupin 4 family protein  42.82 
 
 		 373 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194102  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1864  Cupin 4 family protein  42.56 
 
 		 373 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2137  cupin family protein  42.41 
 
 		 373 aa  311  9e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0624468 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1346  cupin family protein  42.15 
 
 		 373 aa  310  2e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.986526 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1330  cupin family protein  42.15 
 
 		 373 aa  309  6.999999999999999e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.233449  normal  0.341936 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1955  cupin family protein  42.15 
 
 		 373 aa  309  6.999999999999999e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.280047  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1308  cupin family protein  41.88 
 
 		 373 aa  307  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.579202  normal  0.591966 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2519  Cupin 4 family protein  41.62 
 
 		 373 aa  306  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0666495  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1569  cupin family protein  41.62 
 
 		 373 aa  306  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.486119  hitchhiker  0.00000357486 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01126  hypothetical protein  41.62 
 
 		 373 aa  306  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1306  cupin family protein  41.62 
 
 		 373 aa  306  5.0000000000000004e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01134  hypothetical protein  41.62 
 
 		 373 aa  306  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1248  cupin family protein  41.62 
 
 		 373 aa  306  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1291  cupin family protein  41.62 
 
 		 373 aa  306  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1997  cupin family protein  41.62 
 
 		 373 aa  306  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.446284 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2475  cupin 4 family protein  41.62 
 
 		 373 aa  306  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2068  Cupin 4 family protein  42.38 
 
 		 373 aa  303  3.0000000000000004e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2011  cupin 4 family protein  41.1 
 
 		 373 aa  303  3.0000000000000004e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0220075 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1641  cupin 4 family protein  40.31 
 
 		 373 aa  300  3e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1937  Cupin 4 family protein  45.23 
 
 		 373 aa  300  3e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1285  Cupin 4 family protein  43.01 
 
 		 373 aa  296  4e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0491  cupin 4 family protein  42.86 
 
 		 373 aa  296  6e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0960  cupin 4 family protein  40.87 
 
 		 375 aa  295  8e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.786571  normal  0.101373 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0392  Cupin 4 family protein  42.49 
 
 		 373 aa  295  8e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0473  Cupin 4 family protein  42.34 
 
 		 373 aa  295  1e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2988  cupin family protein  41.19 
 
 		 373 aa  294  2e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0502  cupin 4 family protein  42.49 
 
 		 373 aa  293  3e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1713  cupin 4 family protein  40.58 
 
 		 373 aa  293  3e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1606  cupin family protein  40.31 
 
 		 373 aa  293  4e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3067  cupin 4 family protein  41.19 
 
 		 373 aa  293  4e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2857  hypothetical protein  40.31 
 
 		 373 aa  292  7e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1408  Cupin 4 family protein  40.41 
 
 		 374 aa  285  9e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2133  hypothetical protein  40.98 
 
 		 383 aa  281  9e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.764598  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2199  cupin 4 family protein  40.74 
 
 		 381 aa  279  5e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00219592  hitchhiker  0.0000043993 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1952  hypothetical protein  36.6 
 
 		 390 aa  272  8.000000000000001e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1908  cupin 4 family protein  44.72 
 
 		 386 aa  269  8e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2408  cupin 4 family protein  39.53 
 
 		 380 aa  263  3e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0501658  hitchhiker  0.000275258 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2000  cupin 4 family protein  43.65 
 
 		 381 aa  262  8.999999999999999e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2004  Cupin 4 family protein  40.1 
 
 		 385 aa  261  2e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.367195  hitchhiker  0.0000511749 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2354  cupin 4 family protein  39.84 
 
 		 385 aa  259  4e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2343  cupin 4 family protein  39.84 
 
 		 385 aa  259  8e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2459  cupin 4 family protein  39.84 
 
 		 385 aa  259  8e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.378112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2383  cupin 4  40.55 
 
 		 389 aa  249  8e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02373  putative enzyme with RmlC-like domain  39.22 
 
 		 388 aa  248  2e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.965281  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30100  hypothetical protein  43.17 
 
 		 389 aa  238  1e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3421  cupin 4 family protein  41.3 
 
 		 388 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2577  hypothetical protein  42.55 
 
 		 389 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0294442  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3622  cupin 4 family protein  40.68 
 
 		 388 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2447  cupin 4  39.45 
 
 		 397 aa  229  4e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1816  cupin 4 family protein  40.37 
 
 		 388 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.612376  normal  0.222085 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4017  cupin 4 family protein  40.37 
 
 		 390 aa  229  8e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.593926  normal  0.186088 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0038  Cupin 4 family protein  37.91 
 
 		 392 aa  228  1e-58  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3269  cupin 4 family protein  38.51 
 
 		 400 aa  227  3e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00540912 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3361  hypothetical protein  40 
 
 		 388 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.036154  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3193  transcription factor jumonji, jmjC  39.69 
 
 		 388 aa  226  7e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.021443 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2403  cupin 4 family protein  39.01 
 
 		 388 aa  225  9e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.969826  normal  0.0823577 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3599  transcription factor jumonji, jmjC  39.81 
 
 		 391 aa  222  8e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.404465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2628  Cupin 4 family protein  35.92 
 
 		 471 aa  221  1.9999999999999999e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.229429  normal  0.484388 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1850  Cupin 4 family protein  36.04 
 
 		 397 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.469672  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1404  Cupin 4 family protein  39.32 
 
 		 397 aa  219  7.999999999999999e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28390  clavaminate synthase-like superfamily protein  38.04 
 
 		 388 aa  218  1e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01200  transcription factor jumonji, JmjC  35.21 
 
 		 498 aa  213  7e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1765  cupin 4 family protein  36.5 
 
 		 383 aa  210  3e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0255627  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1143  cupin region  34.56 
 
 		 415 aa  202  6e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00000830013  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0804  cupin 4 family protein  34.25 
 
 		 422 aa  202  8e-51  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0891  hypothetical protein  33.98 
 
 		 422 aa  199  9e-50  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.637321  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1674  hypothetical protein  34.94 
 
 		 383 aa  198  1.0000000000000001e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0838  cupin 4  40.96 
 
 		 392 aa  197  3e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000238733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0982  cupin 4  40.96 
 
 		 392 aa  197  3e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000496862  normal  0.871926 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2568  hypothetical protein  36.93 
 
 		 382 aa  195  1e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1274  Cupin 4 family protein  38.79 
 
 		 385 aa  191  2e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1332  cupin 4 family protein  34.72 
 
 		 378 aa  189  8e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1132  transcription factor jumonji, jmjC  34.59 
 
 		 401 aa  187  2e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1191  cupin 4 family protein  32.12 
 
 		 413 aa  186  5e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.327917  normal  0.915059 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1874  hypothetical protein  44.7 
 
 		 395 aa  184  3e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1910  hypothetical protein  40.31 
 
 		 422 aa  184  3e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507646  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0920  Cupin 4 family protein  33.24 
 
 		 373 aa  183  4.0000000000000006e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1086  Cupin 4 family protein  34.82 
 
 		 409 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1865  hypothetical protein  44.24 
 
 		 395 aa  182  7e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2615  cupin domain-containing protein  40.46 
 
 		 395 aa  182  7e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1148  hypothetical protein  37.5 
 
 		 409 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.186989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2694  cupin superfamily protein family  39.92 
 
 		 422 aa  179  8e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.183857  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3175  cupin 4  39.67 
 
 		 408 aa  178  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0990  Cupin 4 family protein  34.55 
 
 		 375 aa  178  2e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.210343 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0585  hypothetical protein  39.37 
 
 		 377 aa  177  3e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.269935  normal  0.522775 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>