150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_2001 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007434  BURPS1710b_2694  cupin superfamily protein family  77.04 
 
 
422 aa  634    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.183857  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5397  cupin domain-containing protein  92.35 
 
 
406 aa  740    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0705727  normal  0.321828 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5986  cupin 4  92.84 
 
 
406 aa  761    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.143009  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2127  cupin 4 family protein  99.02 
 
 
407 aa  789    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14925  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2091  cupin 4 family protein  92.84 
 
 
406 aa  761    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0444344  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2001  cupin 4 family protein  100 
 
 
406 aa  822    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.484534  hitchhiker  0.000000254865 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2110  cupin 4 family protein  93.58 
 
 
406 aa  749    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.191653  hitchhiker  0.00823788 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1183  cupin 4 family protein  90.37 
 
 
408 aa  723    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0687664  hitchhiker  0.0000384717 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2177  hypothetical protein  79.33 
 
 
395 aa  630  1e-180  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0429596  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2562  cupin domain-containing protein  79.33 
 
 
395 aa  632  1e-180  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.245241  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2615  cupin domain-containing protein  79.33 
 
 
395 aa  633  1e-180  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1450  hypothetical protein  79.33 
 
 
395 aa  630  1e-180  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.90536  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3141  hypothetical protein  76.79 
 
 
407 aa  630  1e-179  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1910  hypothetical protein  74.81 
 
 
422 aa  626  1e-178  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507646  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1614  hypothetical protein  69.03 
 
 
382 aa  556  1e-157  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000816657  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2523  Cupin 4 family protein  70.49 
 
 
368 aa  545  1e-154  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000000942208  decreased coverage  0.00000000060733 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1402  cupin 4 family protein  70.92 
 
 
370 aa  525  1e-148  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.18814  hitchhiker  0.000000587517 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1108  cupin region  53.44 
 
 
402 aa  402  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1072  cupin 4  52.94 
 
 
375 aa  382  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.474375  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1148  hypothetical protein  51.55 
 
 
409 aa  375  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.186989  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1086  Cupin 4 family protein  51.53 
 
 
409 aa  367  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2568  hypothetical protein  53.75 
 
 
382 aa  364  1e-99  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1332  cupin 4 family protein  52.36 
 
 
378 aa  360  2e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2644  cupin 4  52.6 
 
 
384 aa  359  4e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1191  cupin 4 family protein  49.12 
 
 
413 aa  356  5e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.327917  normal  0.915059 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3437  Cupin 4 family protein  53.81 
 
 
381 aa  352  5e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0990  Cupin 4 family protein  51.47 
 
 
375 aa  349  5e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.210343 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5092  cupin 4 family protein  47.92 
 
 
376 aa  345  1e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.581531  normal  0.0289513 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0920  Cupin 4 family protein  51.17 
 
 
373 aa  339  5e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0585  hypothetical protein  48.14 
 
 
377 aa  335  7e-91  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.269935  normal  0.522775 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2658  cupin 4 family protein  49.36 
 
 
393 aa  335  1e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0302893  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0838  cupin 4  46.81 
 
 
392 aa  333  4e-90  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000238733  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0982  cupin 4  46.81 
 
 
392 aa  333  4e-90  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000496862  normal  0.871926 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1143  cupin region  47.33 
 
 
415 aa  332  9e-90  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00000830013  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3175  cupin 4  50.51 
 
 
408 aa  328  1.0000000000000001e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2642  cupin 4 family protein  48.21 
 
 
418 aa  328  1.0000000000000001e-88  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1005  cupin 4 family protein  50.91 
 
 
373 aa  317  2e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0850  cupin 4 family protein  43.69 
 
 
410 aa  299  7e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0989  Cupin 4 family protein  40.69 
 
 
410 aa  281  2e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0764478  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2577  hypothetical protein  46.37 
 
 
389 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0294442  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30100  hypothetical protein  46.02 
 
 
389 aa  251  1e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2403  cupin 4 family protein  47.22 
 
 
388 aa  249  7e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.969826  normal  0.0823577 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0038  Cupin 4 family protein  41.78 
 
 
392 aa  249  8e-65  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28390  clavaminate synthase-like superfamily protein  43.26 
 
 
388 aa  244  1.9999999999999999e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3599  transcription factor jumonji, jmjC  45.86 
 
 
391 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.404465  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1765  cupin 4 family protein  37.69 
 
 
383 aa  237  3e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0255627  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3622  cupin 4 family protein  45.49 
 
 
388 aa  236  7e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3421  cupin 4 family protein  45.49 
 
 
388 aa  235  8e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4017  cupin 4 family protein  45.14 
 
 
390 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.593926  normal  0.186088 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1816  cupin 4 family protein  45.14 
 
 
388 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.612376  normal  0.222085 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1850  Cupin 4 family protein  42.06 
 
 
397 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.469672  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3193  transcription factor jumonji, jmjC  44.14 
 
 
388 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.021443 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3361  hypothetical protein  41.51 
 
 
388 aa  232  8.000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.036154  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2447  cupin 4  41.49 
 
 
397 aa  222  8e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1674  hypothetical protein  37.9 
 
 
383 aa  218  1e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2628  Cupin 4 family protein  39.62 
 
 
471 aa  214  1.9999999999999998e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.229429  normal  0.484388 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1874  hypothetical protein  33.76 
 
 
395 aa  212  1e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1865  hypothetical protein  33.76 
 
 
395 aa  210  3e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1274  Cupin 4 family protein  42.09 
 
 
385 aa  210  4e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1404  Cupin 4 family protein  35.77 
 
 
397 aa  209  7e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01200  transcription factor jumonji, JmjC  39.31 
 
 
498 aa  205  1e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1641  cupin 4 family protein  34.86 
 
 
373 aa  202  7e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1132  transcription factor jumonji, jmjC  34.03 
 
 
401 aa  202  8e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2011  cupin 4 family protein  36.02 
 
 
373 aa  201  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0220075 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0891  hypothetical protein  38.91 
 
 
422 aa  200  3e-50  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.637321  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1330  cupin family protein  34.24 
 
 
373 aa  200  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.233449  normal  0.341936 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1346  cupin family protein  34.24 
 
 
373 aa  199  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.986526 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1955  cupin family protein  34.24 
 
 
373 aa  200  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.280047  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1308  cupin family protein  34.24 
 
 
373 aa  199  7e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.579202  normal  0.591966 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0804  cupin 4 family protein  38.59 
 
 
422 aa  199  7.999999999999999e-50  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1864  Cupin 4 family protein  36.84 
 
 
373 aa  199  9e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0491  cupin 4 family protein  35.47 
 
 
373 aa  199  9e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2137  cupin family protein  33.97 
 
 
373 aa  198  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0624468 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2519  Cupin 4 family protein  33.97 
 
 
373 aa  197  3e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0666495  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1569  cupin family protein  33.97 
 
 
373 aa  197  3e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.486119  hitchhiker  0.00000357486 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01126  hypothetical protein  33.97 
 
 
373 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1306  cupin family protein  33.97 
 
 
373 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01134  hypothetical protein  33.97 
 
 
373 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1248  cupin family protein  33.97 
 
 
373 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1291  cupin family protein  33.97 
 
 
373 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2475  cupin 4 family protein  33.97 
 
 
373 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1997  cupin family protein  33.97 
 
 
373 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.446284 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3269  cupin 4 family protein  43.33 
 
 
400 aa  196  8.000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00540912 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2149  Cupin 4 family protein  36.22 
 
 
373 aa  195  1e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194102  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1606  cupin family protein  34.47 
 
 
373 aa  194  3e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2068  Cupin 4 family protein  36.34 
 
 
373 aa  192  1e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2857  hypothetical protein  34.47 
 
 
373 aa  192  1e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1713  cupin 4 family protein  34.47 
 
 
373 aa  192  1e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1937  Cupin 4 family protein  36.42 
 
 
373 aa  191  2e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2708  cupin 4 family protein  34.14 
 
 
374 aa  190  4e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.112259 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0392  Cupin 4 family protein  35.71 
 
 
373 aa  190  4e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2988  cupin family protein  34.52 
 
 
373 aa  190  4e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3067  cupin 4 family protein  34.95 
 
 
373 aa  190  5e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1285  Cupin 4 family protein  34.86 
 
 
373 aa  189  1e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0502  cupin 4 family protein  35.47 
 
 
373 aa  188  1e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2000  cupin 4 family protein  32.73 
 
 
381 aa  186  6e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0473  Cupin 4 family protein  35.71 
 
 
373 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1408  Cupin 4 family protein  33.94 
 
 
374 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1908  cupin 4 family protein  32.82 
 
 
386 aa  181  2e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2343  cupin 4 family protein  32.04 
 
 
385 aa  178  2e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>