More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1033 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_0516  DNA mismatch repair protein MutS  46.08 
 
 		 886 aa  764    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.544146  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0842  DNA mismatch repair protein MutS  45.13 
 
 		 860 aa  744    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.899937  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0777  DNA mismatch repair protein MutS  43.84 
 
 		 870 aa  709    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.235285  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1219  DNA mismatch repair protein MutS  41.13 
 
 		 858 aa  647    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.34292  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1822  DNA mismatch repair protein MutS  43.12 
 
 		 871 aa  691    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0116284  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3341  DNA mismatch repair protein MutS  41.3 
 
 		 858 aa  639    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.285192  unclonable  0.0000000411572 
 
 
-
 
NC_002950  PG0095  DNA mismatch repair protein MutS  41.52 
 
 		 891 aa  681    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0480084 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1599  DNA mismatch repair protein MutS  67.82 
 
 		 875 aa  1211    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0576  DNA mismatch repair protein MutS  41.14 
 
 		 854 aa  636    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0274453  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1064  DNA mismatch repair protein MutS  45.84 
 
 		 870 aa  714    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0767  DNA mismatch repair protein MutS  46.59 
 
 		 863 aa  761    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1126  DNA mismatch repair protein MutS  42.5 
 
 		 881 aa  676    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0124737  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1753  DNA mismatch repair protein MutS  40.66 
 
 		 837 aa  642    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.581518  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1542  DNA mismatch repair protein MutS  50.17 
 
 		 898 aa  804    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.883963  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1697  DNA mismatch repair protein MutS  44.28 
 
 		 873 aa  702    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.189946  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3431  DNA mismatch repair protein MutS  43.09 
 
 		 856 aa  653    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3270  DNA mismatch repair protein MutS  42.62 
 
 		 856 aa  657    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.820026  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2381  DNA mismatch repair protein MutS  44.36 
 
 		 932 aa  706    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05155  putative DNA mismatch repair protein MutS  44.38 
 
 		 869 aa  729    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1709  DNA mismatch repair protein MutS  72.63 
 
 		 871 aa  1308    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1381  DNA mismatch repair protein MutS  42.74 
 
 		 862 aa  656    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1033  DNA mismatch repair protein MutS  100 
 
 		 872 aa  1789    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.256802  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1900  DNA mismatch repair protein MutS  46.26 
 
 		 868 aa  776    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.419193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2748  DNA mismatch repair protein MutS  43.44 
 
 		 856 aa  667    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2107  DNA mismatch repair protein MutS  42.97 
 
 		 882 aa  642    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0317076 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2386  DNA mismatch repair protein MutS  42.81 
 
 		 872 aa  686    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.143678  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1495  DNA mismatch repair protein MutS  40.13 
 
 		 900 aa  637    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0986  DNA mismatch repair protein MutS  42.36 
 
 		 871 aa  645    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1045  DNA mismatch repair protein MutS  43.27 
 
 		 854 aa  655    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.493253 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3186  DNA mismatch repair protein MutS  43.89 
 
 		 854 aa  651    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0251089 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2247  DNA mismatch repair protein MutS  43.91 
 
 		 882 aa  668    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.136567  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2125  DNA mismatch repair protein MutS  44.68 
 
 		 897 aa  664    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0565829  normal  0.043993 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1510  DNA mismatch repair protein MutS  43.76 
 
 		 870 aa  704    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101093  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2495  DNA mismatch repair protein MutS  43.31 
 
 		 869 aa  702    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3118  DNA mismatch repair protein MutS  42.86 
 
 		 856 aa  658    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1317  DNA mismatch repair protein MutS  77.31 
 
 		 873 aa  1377    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0784135  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2087  DNA mismatch repair protein MutS  40.73 
 
 		 874 aa  652    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.104539  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1424  DNA mismatch repair protein MutS  44.69 
 
 		 872 aa  722    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000138373  normal  0.619301 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1194  DNA mismatch repair protein MutS  42.21 
 
 		 859 aa  667    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1611  DNA mismatch repair protein MutS  41.27 
 
 		 867 aa  663    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.749504  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2743  DNA mismatch repair protein MutS  40.68 
 
 		 868 aa  649    Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1246  DNA mismatch repair protein MutS  42.74 
 
 		 856 aa  657    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000830859 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1113  DNA mismatch repair protein MutS  42.44 
 
 		 863 aa  641    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000302948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1145  DNA mismatch repair protein MutS  42.55 
 
 		 872 aa  693    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1698  DNA mismatch repair protein MutS  44.36 
 
 		 882 aa  669    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1496  DNA mismatch repair protein MutS  42.37 
 
 		 869 aa  699    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.241092  hitchhiker  0.0000395311 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1077  DNA mismatch repair protein MutS  41.95 
 
 		 853 aa  660    Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3383  DNA mismatch repair protein MutS  40.69 
 
 		 856 aa  643    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.130934  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1500  DNA mismatch repair protein MutS  41.71 
 
 		 863 aa  683    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1214  DNA mismatch repair protein MutS  41.68 
 
 		 855 aa  666    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1887  DNA mismatch repair protein MutS  42.41 
 
 		 868 aa  669    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00463381  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3422  DNA mismatch repair protein MutS  41.36 
 
 		 880 aa  646    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0998408  normal  0.0667766 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002517  DNA mismatch repair protein MutS  40.84 
 
 		 853 aa  656    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.919799  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0837  DNA mismatch repair protein MutS  67.78 
 
 		 878 aa  1188    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.624644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1723  DNA mismatch repair protein MutS  45.54 
 
 		 855 aa  737    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1207  DNA mismatch repair protein MutS  41.8 
 
 		 862 aa  662    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1704  DNA mismatch repair protein MutS  41.22 
 
 		 887 aa  661    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.470624  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2157  DNA mismatch repair protein MutS  44.14 
 
 		 882 aa  667    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.404203  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0879  DNA mismatch repair protein MutS  42.13 
 
 		 859 aa  639    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1883  DNA mismatch repair protein MutS  45.46 
 
 		 858 aa  738    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.245146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2697  DNA mismatch repair protein MutS  41.48 
 
 		 882 aa  662    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.60859  normal  0.57313 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1896  DNA mismatch repair protein MutS  76.56 
 
 		 872 aa  1377    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0824451  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0632  DNA mismatch repair protein MutS  40.92 
 
 		 855 aa  646    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0530533  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1478  DNA mismatch repair protein MutS  43.54 
 
 		 828 aa  652    Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2983  DNA mismatch repair protein MutS  44.52 
 
 		 864 aa  726    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.773158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0147  DNA mismatch repair protein MutS  45.33 
 
 		 856 aa  754    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.692226  normal  0.372979 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1358  DNA mismatch repair protein MutS  43.23 
 
 		 910 aa  652    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.476923  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1171  DNA mismatch repair protein MutS  43.1 
 
 		 910 aa  651    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1002  DNA mismatch repair protein  41.13 
 
 		 858 aa  657    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11670  DNA mismatch repair protein MutS  44.29 
 
 		 896 aa  696    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.199521  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1124  DNA mismatch repair protein MutS  42.73 
 
 		 861 aa  661    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1195  DNA mismatch repair protein MutS  42.73 
 
 		 861 aa  660    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1485  DNA mismatch repair protein MutS  41.1 
 
 		 878 aa  646    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1061  DNA mismatch repair protein MutS  42 
 
 		 861 aa  662    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0974  DNA mismatch repair protein  42.89 
 
 		 859 aa  696    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1299  DNA mismatch repair protein MutS  40.84 
 
 		 859 aa  640    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.537227  hitchhiker  0.00000000408163 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4057  DNA mismatch repair protein MutS  40.88 
 
 		 891 aa  682    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.101447  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03515  DNA mismatch repair protein MutS  40.49 
 
 		 853 aa  643    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3127  DNA mismatch repair protein MutS  42.74 
 
 		 856 aa  660    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.407005  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3734  DNA mismatch repair protein MutS  40.2 
 
 		 883 aa  640    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.648477  decreased coverage  0.000000000582755 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0063  DNA mismatch repair protein MutS  41.23 
 
 		 862 aa  651    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1477  DNA mismatch repair protein MutS  43.17 
 
 		 857 aa  659    Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.480331  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0730  DNA mismatch repair protein MutS  44.87 
 
 		 889 aa  697    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.687248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1449  DNA mismatch repair protein MutS  41.81 
 
 		 868 aa  654    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000177149  normal  0.302427 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1125  DNA mismatch repair protein MutS  42.61 
 
 		 861 aa  659    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1950  DNA mismatch repair protein MutS  42.59 
 
 		 872 aa  634  1e-180  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.998424  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0935  DNA mismatch repair protein MutS  42.76 
 
 		 874 aa  635  1e-180  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.547997 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03081  DNA mismatch repair protein(MutS)  40.84 
 
 		 863 aa  629  1e-179  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3098  DNA mismatch repair protein MutS  40.57 
 
 		 855 aa  630  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.603568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0919  DNA mismatch repair protein MutS  41.08 
 
 		 863 aa  631  1e-179  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3030  DNA mismatch repair protein MutS  40.57 
 
 		 855 aa  630  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0621  DNA mismatch repair protein MutS  40.23 
 
 		 859 aa  631  1e-179  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.947929  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0553  DNA mismatch repair protein MutS  42.58 
 
 		 882 aa  629  1e-179  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1029  DNA mismatch repair protein MutS  41.47 
 
 		 858 aa  629  1e-179  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0324603  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3114  DNA mismatch repair protein MutS  40.46 
 
 		 855 aa  628  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0090493 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1594  DNA mismatch repair protein MutS  39.63 
 
 		 871 aa  627  1e-178  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0845017  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1202  DNA mismatch repair protein MutS  40.21 
 
 		 860 aa  629  1e-178  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000170445  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1256  DNA mismatch repair protein MutS  40.88 
 
 		 887 aa  627  1e-178  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.280018  hitchhiker  0.00178613 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3059  DNA mismatch repair protein MutS  40.46 
 
 		 855 aa  628  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.725135 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0833  DNA mismatch repair protein MutS  39.88 
 
 		 851 aa  625  1e-178  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0278286 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>