91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2352 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2352  FmdB family regulatory protein  100 
 
 		 83 aa  173  6e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1427  FmdB family regulatory protein  58.75 
 
 		 80 aa  106  8.000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1459  hypothetical protein  57.69 
 
 		 78 aa  97.1  7e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00501931 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0261  hypothetical protein  43.42 
 
 		 77 aa  78.2  0.00000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1219  regulatory protein, FmdB family  46.58 
 
 		 76 aa  71.6  0.000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000778963 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1501  hypothetical protein  46.58 
 
 		 76 aa  71.6  0.000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2706  FmdB family regulatory protein  43.06 
 
 		 79 aa  68.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.589032 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7750  FmdB family regulatory protein  47.44 
 
 		 80 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.572116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5314  regulatory protein, FmdB family  43.48 
 
 		 75 aa  62.4  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3238  hypothetical protein  38.75 
 
 		 80 aa  59.3  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.882851  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0420  hypothetical protein  39.73 
 
 		 75 aa  58.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4303  FmdB family regulatory protein  40 
 
 		 75 aa  58.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.224092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4413  hypothetical protein  37.84 
 
 		 75 aa  57.8  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.945619  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2310  regulatory protein, FmdB family  41.77 
 
 		 78 aa  57.4  0.00000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0545212 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4703  hypothetical protein  37.84 
 
 		 75 aa  56.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0778  regulatory protein, FmdB family  51.16 
 
 		 71 aa  53.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0746  hypothetical protein  53.49 
 
 		 70 aa  52  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0644  hypothetical protein  55.81 
 
 		 70 aa  51.6  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.29609  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0512  regulatory protein, FmdB family  49.09 
 
 		 94 aa  50.1  0.000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0301  hypothetical protein  36.25 
 
 		 108 aa  48.9  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.298186  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0583  regulatory protein, FmdB family  55 
 
 		 78 aa  49.3  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301653 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2748  cytochrome c family protein, putative  30.85 
 
 		 181 aa  48.1  0.00004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1009  hypothetical protein  44.19 
 
 		 73 aa  48.1  0.00004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0112421  normal  0.0977193 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1286  regulatory protein, FmdB family  50 
 
 		 76 aa  48.1  0.00004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497457  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2386  hypothetical protein  52.38 
 
 		 83 aa  47.4  0.00007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.954945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3239  regulatory protein, FmdB family  37.04 
 
 		 129 aa  47  0.00009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.688496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1403  regulatory protein, FmdB family  47.73 
 
 		 85 aa  46.2  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2229  FmdB family regulatory protein  38.24 
 
 		 113 aa  45.4  0.0002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4252  hypothetical protein  33.33 
 
 		 76 aa  45.8  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.79426  normal  0.685229 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4161  FmdB family regulatory protein  33.33 
 
 		 125 aa  45.8  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00024614  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1544  regulatory protein, FmdB family  44.9 
 
 		 72 aa  45.8  0.0002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00857595  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1777  hypothetical protein  47.62 
 
 		 92 aa  45.4  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2620  hypothetical protein  56.1 
 
 		 75 aa  45.4  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0785  FmdB family regulatory protein  45.24 
 
 		 120 aa  45.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1274  FmdB family regulatory protein  50 
 
 		 85 aa  45.1  0.0004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0912  hypothetical protein  35.71 
 
 		 78 aa  44.3  0.0005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  2.32009e-16  decreased coverage  0.0000000881745 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0864  hypothetical protein  47.62 
 
 		 121 aa  44.3  0.0006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.115967 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0229  FmdB family regulatory protein  35.82 
 
 		 99 aa  44.3  0.0006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2576  cytochrome c family protein, putative  28.72 
 
 		 162 aa  43.9  0.0007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00231924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1775  FmdB family regulatory protein  38.46 
 
 		 69 aa  43.9  0.0008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3407  FmdB family regulatory protein  35.8 
 
 		 142 aa  43.9  0.0008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.200356  normal  0.535647 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0558  hypothetical protein  45.24 
 
 		 112 aa  43.5  0.0009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2457  FmdB family regulatory protein  45.24 
 
 		 77 aa  43.5  0.0009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.165864 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0920  FmdB family regulatory protein  36.73 
 
 		 65 aa  42.7  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000112194  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0524  regulatory protein, FmdB family  43.9 
 
 		 80 aa  43.1  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1521  FmdB family regulatory protein  34.57 
 
 		 141 aa  42.7  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.10251 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2625  regulatory protein, FmdB family  50 
 
 		 75 aa  43.1  0.001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.874466  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2324  hypothetical protein  45.24 
 
 		 113 aa  43.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0689  hypothetical protein  45.24 
 
 		 113 aa  43.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.471349  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0673  hypothetical protein  45.24 
 
 		 113 aa  43.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.295597  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2404  hypothetical protein  45.24 
 
 		 113 aa  43.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1304  FmdB family regulatory protein  47.92 
 
 		 68 aa  43.5  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00793383  normal  0.147825 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0721  FmdB family regulatory protein  43.48 
 
 		 164 aa  43.5  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.538439  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2754  hypothetical protein  45.24 
 
 		 113 aa  43.1  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.82151  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0850  regulatory protein  45.24 
 
 		 113 aa  43.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.172615  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4124  regulatory protein, FmdB family  45.24 
 
 		 112 aa  42.7  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0599881  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4412  hypothetical protein  39.29 
 
 		 73 aa  42.7  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0167731  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0572  FmdB family regulatory protein  45.24 
 
 		 107 aa  42.4  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.13841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5455  FmdB family regulatory protein  45.24 
 
 		 105 aa  42.4  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0773  regulatory protein, FmdB family  48.84 
 
 		 84 aa  42.4  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0872  FmdB family regulatory protein  45.24 
 
 		 105 aa  42  0.003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.616078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1843  hypothetical protein  37.14 
 
 		 85 aa  42  0.003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00987876  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2115  FmdB transcriptional regulator  45.24 
 
 		 117 aa  42  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.633311  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2036  hypothetical protein  42.86 
 
 		 95 aa  42  0.003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000459423  normal  0.717478 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2727  FmdB family regulatory protein  45.24 
 
 		 117 aa  42  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0305194  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6054  hypothetical protein  45.24 
 
 		 115 aa  42  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2088  regulatory protein, FmdB family  44.44 
 
 		 79 aa  41.6  0.003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0379  FmdB family regulatory protein  45.24 
 
 		 114 aa  42  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.42078 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0801  regulatory protein, FmdB family  45.24 
 
 		 90 aa  42  0.003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2754  FmdB family regulatory protein  45.24 
 
 		 117 aa  42  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0326543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3639  FmdB family regulatory protein  45.24 
 
 		 105 aa  42  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1324  FmdB family regulatory protein  45.24 
 
 		 114 aa  41.2  0.004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00811436 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1142  regulatory protein, FmdB family  40 
 
 		 95 aa  41.2  0.004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0354  regulatory protein, FmdB family  45.24 
 
 		 113 aa  41.6  0.004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.379758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0601  type I antifreeze protein  47.62 
 
 		 97 aa  41.2  0.004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0687  regulatory protein, FmdB family  51.22 
 
 		 80 aa  41.2  0.005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.406646  normal  0.324103 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0339  regulatory protein, FmdB family  45.24 
 
 		 113 aa  41.2  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1068  hypothetical protein  46.51 
 
 		 128 aa  40.8  0.006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.36361 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2661  hypothetical protein  43.75 
 
 		 82 aa  40.8  0.006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0509  regulatory protein, FmdB family  44.44 
 
 		 73 aa  40.4  0.007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000024131  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4206  FmdB family regulatory protein  41.82 
 
 		 73 aa  40.8  0.007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.384212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1745  FmdB family regulatory protein  41.67 
 
 		 91 aa  40.8  0.007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.195874  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0428  hypothetical protein  41.67 
 
 		 91 aa  40.8  0.007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.575896  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1241  FmdB family regulatory protein  41.82 
 
 		 73 aa  40.8  0.007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.292209  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1212  hypothetical protein  41.82 
 
 		 73 aa  40.8  0.007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2778  FmdB family regulatory protein  42.86 
 
 		 111 aa  40.4  0.008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0594  FmdB family regulatory protein  46.34 
 
 		 91 aa  40.4  0.008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2645  FmdB family regulatory protein  42.86 
 
 		 111 aa  40.4  0.008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.596631  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1995  FmdB family regulatory protein  35.09 
 
 		 83 aa  40.4  0.008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.013154  normal  0.285006 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4003  FmdB family regulatory protein  40 
 
 		 73 aa  40.4  0.008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0464  hypothetical protein  42.86 
 
 		 112 aa  40  0.01  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>