33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1427 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1427  FmdB family regulatory protein  100 
 
 		 80 aa  166  1e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2352  FmdB family regulatory protein  58.75 
 
 		 83 aa  106  8.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1459  hypothetical protein  52.56 
 
 		 78 aa  85.5  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00501931 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1219  regulatory protein, FmdB family  45.21 
 
 		 76 aa  73.9  0.0000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000778963 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1501  hypothetical protein  45.21 
 
 		 76 aa  73.9  0.0000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2706  FmdB family regulatory protein  48.61 
 
 		 79 aa  72.8  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.589032 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5314  regulatory protein, FmdB family  47.3 
 
 		 75 aa  70.5  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0261  hypothetical protein  40.79 
 
 		 77 aa  70.5  0.000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0420  hypothetical protein  46.58 
 
 		 75 aa  67.8  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7750  FmdB family regulatory protein  51.28 
 
 		 80 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.572116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4703  hypothetical protein  44.59 
 
 		 75 aa  64.7  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4303  FmdB family regulatory protein  46.67 
 
 		 75 aa  64.7  0.0000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.224092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4413  hypothetical protein  43.24 
 
 		 75 aa  64.3  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.945619  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2310  regulatory protein, FmdB family  45.83 
 
 		 78 aa  61.2  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0545212 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3238  hypothetical protein  40.28 
 
 		 80 aa  59.7  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.882851  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4252  hypothetical protein  37.33 
 
 		 76 aa  52.8  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.79426  normal  0.685229 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3239  regulatory protein, FmdB family  45.65 
 
 		 129 aa  47.4  0.00007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.688496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3407  FmdB family regulatory protein  43.48 
 
 		 142 aa  44.7  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.200356  normal  0.535647 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4161  FmdB family regulatory protein  43.48 
 
 		 125 aa  43.9  0.0008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00024614  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1521  FmdB family regulatory protein  41.3 
 
 		 141 aa  43.9  0.0008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.10251 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0778  regulatory protein, FmdB family  46.51 
 
 		 71 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0524  regulatory protein, FmdB family  36.59 
 
 		 80 aa  43.5  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2576  cytochrome c family protein, putative  41.3 
 
 		 162 aa  42.4  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00231924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1995  FmdB family regulatory protein  36.84 
 
 		 83 aa  42.4  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.013154  normal  0.285006 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0746  hypothetical protein  44.19 
 
 		 70 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0512  regulatory protein, FmdB family  33.8 
 
 		 94 aa  41.2  0.004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0721  FmdB family regulatory protein  43.48 
 
 		 164 aa  41.6  0.004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.538439  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0301  hypothetical protein  35.94 
 
 		 108 aa  41.6  0.004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.298186  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1496  regulatory protein, FmdB family  48.57 
 
 		 82 aa  41.2  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00000000164684  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1843  hypothetical protein  41.82 
 
 		 85 aa  41.2  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00987876  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0644  hypothetical protein  42.55 
 
 		 70 aa  41.2  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.29609  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2720  regulatory protein, FmdB family  48.57 
 
 		 82 aa  40.8  0.007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0583  regulatory protein, FmdB family  42.5 
 
 		 78 aa  40.4  0.008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301653 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>