170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1496 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1496  regulatory protein, FmdB family  100 
 
 		 82 aa  164  4e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00000000164684  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2720  regulatory protein, FmdB family  93.9 
 
 		 82 aa  129  1.0000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1168  FmdB family regulatory protein  80.49 
 
 		 82 aa  129  1.0000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000232466  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0863  hypothetical protein  74.7 
 
 		 83 aa  123  8.000000000000001e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.574225  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1163  hypothetical protein  69.51 
 
 		 83 aa  122  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  3.62411e-16  hitchhiker  0.00947496 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0509  regulatory protein, FmdB family  65.75 
 
 		 73 aa  103  6e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000024131  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2539  hypothetical protein  56.1 
 
 		 85 aa  94.7  4e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.36204e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4588  regulatory protein, FmdB family  54.1 
 
 		 120 aa  77  0.00000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.691856  normal  0.396421 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1038  FmdB family regulatory protein  52.24 
 
 		 90 aa  76.6  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000617496  unclonable  0.00000827491 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1777  hypothetical protein  54.84 
 
 		 92 aa  75.1  0.0000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0034  type I antifreeze protein  54.1 
 
 		 99 aa  75.5  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.080792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3010  hypothetical protein  49.21 
 
 		 97 aa  72.8  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.794189  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0548  FmdB family regulatory protein  46.34 
 
 		 88 aa  72  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000145953  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1142  regulatory protein, FmdB family  46.43 
 
 		 95 aa  71.2  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0427  FmdB family regulatory protein  43.06 
 
 		 99 aa  70.9  0.000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.953461  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1432  hypothetical protein  47.69 
 
 		 104 aa  70.1  0.000000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1552  hypothetical protein  47.69 
 
 		 104 aa  70.1  0.000000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1561  hypothetical protein  46.97 
 
 		 104 aa  70.1  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.266221  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36740  regulatory protein, FmdB family  47.73 
 
 		 88 aa  70.1  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2782  FmdB family regulatory protein  55.17 
 
 		 63 aa  69.3  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155022  normal  0.0575706 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1467  regulatory protein, FmdB family  50.85 
 
 		 138 aa  68.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2303  regulatory protein, FmdB family  46.03 
 
 		 109 aa  67.4  0.00000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0327558  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2391  regulatory protein, FmdB family  46.03 
 
 		 109 aa  67.4  0.00000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.873408  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3101  regulatory protein, FmdB family  52.63 
 
 		 83 aa  67  0.00000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.174433  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0301  hypothetical protein  48.53 
 
 		 108 aa  66.6  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.298186  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0512  regulatory protein, FmdB family  53.7 
 
 		 94 aa  66.6  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0056  regulatory protein, FmdB family  46.91 
 
 		 85 aa  66.2  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00717185  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2465  regulatory protein, FmdB family  49.21 
 
 		 106 aa  66.2  0.0000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0532528  hitchhiker  0.00128388 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0055  hypothetical protein  46.91 
 
 		 85 aa  66.2  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130554  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0785  FmdB family regulatory protein  51.47 
 
 		 120 aa  65.9  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6054  hypothetical protein  43.84 
 
 		 115 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0601  type I antifreeze protein  59.26 
 
 		 97 aa  65.1  0.0000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1172  regulatory protein, FmdB family  50 
 
 		 87 aa  65.5  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.884251  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0636  hypothetical protein  45 
 
 		 83 aa  64.7  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000108864  normal  0.992354 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0376  hypothetical protein  42.86 
 
 		 109 aa  64.3  0.0000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.271939 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0673  hypothetical protein  43.59 
 
 		 113 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.295597  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1241  FmdB family regulatory protein  48.28 
 
 		 73 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.292209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4003  FmdB family regulatory protein  50 
 
 		 73 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0850  regulatory protein  43.59 
 
 		 113 aa  63.9  0.0000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.172615  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1324  FmdB family regulatory protein  45.45 
 
 		 114 aa  63.5  0.0000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00811436 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0908  regulatory protein, FmdB family  49.06 
 
 		 96 aa  63.2  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0558  hypothetical protein  43.48 
 
 		 112 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0864  hypothetical protein  37.35 
 
 		 121 aa  63.2  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.115967 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0229  FmdB family regulatory protein  46.55 
 
 		 99 aa  63.2  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2754  hypothetical protein  41.98 
 
 		 113 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.82151  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2324  hypothetical protein  41.98 
 
 		 113 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0689  hypothetical protein  41.98 
 
 		 113 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.471349  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2404  hypothetical protein  41.98 
 
 		 113 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0428  hypothetical protein  39.13 
 
 		 91 aa  63.2  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.575896  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1745  FmdB family regulatory protein  39.13 
 
 		 91 aa  63.2  0.000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.195874  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4206  FmdB family regulatory protein  48.28 
 
 		 73 aa  62.8  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.384212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0379  FmdB family regulatory protein  39.76 
 
 		 114 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.42078 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1212  hypothetical protein  48.28 
 
 		 73 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4124  regulatory protein, FmdB family  48.53 
 
 		 112 aa  62.4  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0599881  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0912  hypothetical protein  44.78 
 
 		 78 aa  62  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  2.32009e-16  decreased coverage  0.0000000881745 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2115  FmdB transcriptional regulator  42.03 
 
 		 117 aa  62  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.633311  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2778  FmdB family regulatory protein  42.65 
 
 		 111 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2727  FmdB family regulatory protein  42.03 
 
 		 117 aa  62  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0305194  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0161  FmdB family regulatory protein  47.17 
 
 		 102 aa  61.6  0.000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.740481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2754  FmdB family regulatory protein  42.03 
 
 		 117 aa  62  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0326543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2645  FmdB family regulatory protein  42.65 
 
 		 111 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.596631  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3272  regulatory protein, FmdB family  42.86 
 
 		 90 aa  61.6  0.000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.248123  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0196  hypothetical protein  40.91 
 
 		 91 aa  61.6  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0838449  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2386  hypothetical protein  41.98 
 
 		 83 aa  61.2  0.000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.954945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2555  FmdB family regulatory protein  42.86 
 
 		 85 aa  61.2  0.000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0169359  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0219  regulatory protein, FmdB family  41.38 
 
 		 91 aa  61.2  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.530805  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0208  regulatory protein, FmdB family  41.38 
 
 		 91 aa  61.2  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0464  hypothetical protein  43.33 
 
 		 112 aa  60.8  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0437  hypothetical protein  44.07 
 
 		 157 aa  60.8  0.000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0488  regulatory protein, FmdB family  49.06 
 
 		 107 aa  60.8  0.000000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.813132  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0354  regulatory protein, FmdB family  48.15 
 
 		 113 aa  60.5  0.000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.379758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0686  FmdB family regulatory protein  43.48 
 
 		 128 aa  60.5  0.000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.249873 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0902  regulatory protein, FmdB family  45.45 
 
 		 111 aa  60.5  0.000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.269923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0094  regulatory protein, FmdB family  48.39 
 
 		 113 aa  60.5  0.000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1843  hypothetical protein  41.56 
 
 		 85 aa  60.5  0.000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00987876  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2229  FmdB family regulatory protein  50 
 
 		 113 aa  60.5  0.000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0339  regulatory protein, FmdB family  48.15 
 
 		 113 aa  60.5  0.000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1295  hypothetical protein  45 
 
 		 113 aa  60.1  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.30554  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4045  hypothetical protein  40.85 
 
 		 133 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.859174  normal  0.576471 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0801  regulatory protein, FmdB family  45 
 
 		 90 aa  60.1  0.00000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0872  FmdB family regulatory protein  45 
 
 		 105 aa  59.7  0.00000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.616078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3694  putative regulatory protein, FmdB family  45.45 
 
 		 118 aa  60.1  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.0000506128  normal  0.846133 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0654  regulatory protein, FmdB family  40.85 
 
 		 125 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.257627  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32690  putative regulatory protein, FmdB family  49.06 
 
 		 112 aa  59.3  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.914233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4412  hypothetical protein  50 
 
 		 73 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0167731  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1970  hypothetical protein  40.26 
 
 		 81 aa  59.3  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8652  putative regulatory protein, FmdB family  45.28 
 
 		 115 aa  58.9  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3639  FmdB family regulatory protein  50 
 
 		 105 aa  59.3  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5455  FmdB family regulatory protein  44.26 
 
 		 105 aa  58.9  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0572  FmdB family regulatory protein  45 
 
 		 107 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.13841  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3191  FmdB family regulatory protein  47.17 
 
 		 91 aa  59.3  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2392  regulatory protein, FmdB family  51.19 
 
 		 85 aa  58.5  0.00000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0742  FmdB family regulatory protein  43.4 
 
 		 132 aa  58.5  0.00000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.105899  normal  0.441026 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0834  regulatory protein, FmdB family  41.82 
 
 		 117 aa  58.2  0.00000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.166433  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0626  regulatory protein, FmdB family  47.17 
 
 		 101 aa  57.8  0.00000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16440  putative regulatory protein, FmdB family  47.17 
 
 		 92 aa  57.8  0.00000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.324116  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3106  FmdB family regulatory protein  41.82 
 
 		 108 aa  57.8  0.00000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000220195  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1411  regulatory protein, FmdB family  43.4 
 
 		 126 aa  57.4  0.00000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2661  hypothetical protein  44.78 
 
 		 82 aa  57  0.00000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4042  hypothetical protein  43.4 
 
 		 125 aa  56.2  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>