174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4412 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4412  hypothetical protein  100 
 
 		 73 aa  153  7e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0167731  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4003  FmdB family regulatory protein  86.3 
 
 		 73 aa  135  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4206  FmdB family regulatory protein  83.56 
 
 		 73 aa  134  5e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.384212  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1212  hypothetical protein  82.19 
 
 		 73 aa  133  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1241  FmdB family regulatory protein  82.19 
 
 		 73 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.292209  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36740  regulatory protein, FmdB family  80.56 
 
 		 88 aa  129  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1777  hypothetical protein  72.86 
 
 		 92 aa  108  3e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0229  FmdB family regulatory protein  62.69 
 
 		 99 aa  103  8e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1843  hypothetical protein  60.29 
 
 		 85 aa  101  3e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00987876  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1142  regulatory protein, FmdB family  63.77 
 
 		 95 aa  101  4e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2229  FmdB family regulatory protein  59.7 
 
 		 113 aa  97.4  6e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0912  hypothetical protein  60.29 
 
 		 78 aa  97.1  7e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  2.32009e-16  decreased coverage  0.0000000881745 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0301  hypothetical protein  54.29 
 
 		 108 aa  96.3  1e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.298186  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0464  hypothetical protein  61.29 
 
 		 112 aa  92  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0512  regulatory protein, FmdB family  56.58 
 
 		 94 aa  89.7  1e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0428  hypothetical protein  57.63 
 
 		 91 aa  88.2  4e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.575896  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1745  FmdB family regulatory protein  57.63 
 
 		 91 aa  88.2  4e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.195874  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0339  regulatory protein, FmdB family  62.71 
 
 		 113 aa  87.4  5e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0354  regulatory protein, FmdB family  62.71 
 
 		 113 aa  87.8  5e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.379758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01549  putative regulatory protein, FmdB family  53.25 
 
 		 97 aa  87  9e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0864  hypothetical protein  57.63 
 
 		 121 aa  86.3  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.115967 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5455  FmdB family regulatory protein  56.92 
 
 		 105 aa  86.7  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0801  regulatory protein, FmdB family  60.34 
 
 		 90 aa  84.3  5e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0872  FmdB family regulatory protein  60.34 
 
 		 105 aa  84.3  5e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.616078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2782  FmdB family regulatory protein  58.73 
 
 		 63 aa  84.3  5e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155022  normal  0.0575706 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3639  FmdB family regulatory protein  59.32 
 
 		 105 aa  83.6  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1324  FmdB family regulatory protein  56.45 
 
 		 114 aa  83.2  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00811436 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1295  hypothetical protein  59.02 
 
 		 113 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.30554  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2386  hypothetical protein  55.93 
 
 		 83 aa  82  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.954945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1068  hypothetical protein  57.14 
 
 		 128 aa  82.8  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.36361 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1172  regulatory protein, FmdB family  60.32 
 
 		 87 aa  82  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.884251  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4124  regulatory protein, FmdB family  53.85 
 
 		 112 aa  81.6  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0599881  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4011  FmdB family regulatory protein  58.33 
 
 		 108 aa  82  0.000000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000161768 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0055  hypothetical protein  57.14 
 
 		 85 aa  81.3  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130554  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0056  regulatory protein, FmdB family  57.14 
 
 		 85 aa  81.3  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00717185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0636  hypothetical protein  58.73 
 
 		 83 aa  80.9  0.000000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000108864  normal  0.992354 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0850  regulatory protein  48 
 
 		 113 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.172615  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0673  hypothetical protein  48 
 
 		 113 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.295597  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0437  hypothetical protein  58.33 
 
 		 157 aa  79.3  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0601  type I antifreeze protein  55 
 
 		 97 aa  79  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0376  hypothetical protein  52.94 
 
 		 109 aa  79  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.271939 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0379  FmdB family regulatory protein  54.1 
 
 		 114 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.42078 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2754  hypothetical protein  49.25 
 
 		 113 aa  78.2  0.00000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.82151  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2324  hypothetical protein  49.25 
 
 		 113 aa  78.2  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0689  hypothetical protein  49.25 
 
 		 113 aa  78.2  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.471349  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2404  hypothetical protein  49.25 
 
 		 113 aa  78.2  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0785  FmdB family regulatory protein  54.1 
 
 		 120 aa  77.4  0.00000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0558  hypothetical protein  50 
 
 		 112 aa  77  0.00000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1432  hypothetical protein  50.85 
 
 		 104 aa  76.6  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1552  hypothetical protein  50.85 
 
 		 104 aa  76.6  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2115  FmdB transcriptional regulator  50 
 
 		 117 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.633311  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2727  FmdB family regulatory protein  50 
 
 		 117 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0305194  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0572  FmdB family regulatory protein  50 
 
 		 107 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.13841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2754  FmdB family regulatory protein  50 
 
 		 117 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0326543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6054  hypothetical protein  50 
 
 		 115 aa  75.5  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2778  FmdB family regulatory protein  50 
 
 		 111 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2645  FmdB family regulatory protein  50 
 
 		 111 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.596631  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0654  regulatory protein, FmdB family  50.82 
 
 		 125 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.257627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0440  hypothetical protein  50 
 
 		 86 aa  73.9  0.0000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1970  hypothetical protein  46.58 
 
 		 81 aa  72.4  0.000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0686  FmdB family regulatory protein  46.97 
 
 		 128 aa  72.4  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.249873 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4045  hypothetical protein  49.18 
 
 		 133 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.859174  normal  0.576471 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0742  FmdB family regulatory protein  50 
 
 		 132 aa  71.2  0.000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.105899  normal  0.441026 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6324  regulatory protein, FmdB family  47.89 
 
 		 108 aa  70.5  0.000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.165247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0204  regulatory protein, FmdB family  51.67 
 
 		 81 aa  70.1  0.000000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0297929 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1038  FmdB family regulatory protein  51.72 
 
 		 90 aa  69.7  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000617496  unclonable  0.00000827491 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2798  regulatory protein, FmdB family  48.39 
 
 		 88 aa  69.7  0.00000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.821801  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0161  FmdB family regulatory protein  48.39 
 
 		 102 aa  68.9  0.00000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.740481  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1163  hypothetical protein  46.27 
 
 		 83 aa  68.6  0.00000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  3.62411e-16  hitchhiker  0.00947496 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0548  FmdB family regulatory protein  52.38 
 
 		 88 aa  68.2  0.00000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000145953  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1168  FmdB family regulatory protein  50.77 
 
 		 82 aa  66.2  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000232466  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2555  FmdB family regulatory protein  47.46 
 
 		 85 aa  65.5  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0169359  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2036  hypothetical protein  49.15 
 
 		 95 aa  63.9  0.0000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000459423  normal  0.717478 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2392  regulatory protein, FmdB family  47.46 
 
 		 85 aa  63.5  0.0000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4042  hypothetical protein  43.48 
 
 		 125 aa  63.2  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0863  hypothetical protein  45.9 
 
 		 83 aa  62.8  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.574225  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0034  type I antifreeze protein  44.83 
 
 		 99 aa  61.2  0.000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.080792  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0108  regulatory protein, FmdB family  49.12 
 
 		 142 aa  61.2  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0629373  normal  0.10638 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0908  regulatory protein, FmdB family  46.43 
 
 		 96 aa  60.8  0.000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8652  putative regulatory protein, FmdB family  45.61 
 
 		 115 aa  60.8  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32690  putative regulatory protein, FmdB family  50 
 
 		 112 aa  60.8  0.000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.914233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0371  hypothetical protein  49.12 
 
 		 95 aa  60.5  0.000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4645  regulatory protein, FmdB family  42.62 
 
 		 119 aa  60.5  0.000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2815  regulatory protein, FmdB family  47.37 
 
 		 86 aa  60.5  0.000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.640652  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3191  FmdB family regulatory protein  48.15 
 
 		 91 aa  60.1  0.000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0195  regulatory protein, FmdB family  44.07 
 
 		 81 aa  59.7  0.00000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0787  FmdB family regulatory protein  41.94 
 
 		 93 aa  60.1  0.00000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0509  regulatory protein, FmdB family  44.83 
 
 		 73 aa  60.1  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000024131  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0488  regulatory protein, FmdB family  38.81 
 
 		 107 aa  59.7  0.00000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.813132  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3272  regulatory protein, FmdB family  43.33 
 
 		 90 aa  58.9  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.248123  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1727  regulatory protein, FmdB family  37.5 
 
 		 85 aa  58.5  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0359754  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2573  regulatory protein, FmdB family  42.11 
 
 		 86 aa  58.5  0.00000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000135331 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1970  regulatory protein, FmdB family  45.61 
 
 		 67 aa  58.5  0.00000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4089  regulatory protein, FmdB family  45.61 
 
 		 120 aa  58.9  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.702052 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3821  FmdB family regulatory protein  45 
 
 		 89 aa  58.2  0.00000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.268528  normal  0.226192 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2539  hypothetical protein  42.86 
 
 		 85 aa  57.8  0.00000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.36204e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16440  putative regulatory protein, FmdB family  43.86 
 
 		 92 aa  57.8  0.00000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.324116  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0626  regulatory protein, FmdB family  43.86 
 
 		 101 aa  57.8  0.00000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5267  regulatory protein, FmdB family  40 
 
 		 118 aa  57.4  0.00000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.471797 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1561  hypothetical protein  35.71 
 
 		 104 aa  56.6  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.266221  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>