158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1295 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1295  hypothetical protein  100 
 
 		 113 aa  220  6e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.30554  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0379  FmdB family regulatory protein  66.3 
 
 		 114 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.42078 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0785  FmdB family regulatory protein  83.08 
 
 		 120 aa  119  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0654  regulatory protein, FmdB family  61.05 
 
 		 125 aa  118  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.257627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1068  hypothetical protein  52.34 
 
 		 128 aa  118  3e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.36361 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0558  hypothetical protein  66.67 
 
 		 112 aa  117  3.9999999999999996e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0376  hypothetical protein  61.4 
 
 		 109 aa  117  3.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.271939 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0464  hypothetical protein  75 
 
 		 112 aa  117  4.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0673  hypothetical protein  75.34 
 
 		 113 aa  117  7e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.295597  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0850  regulatory protein  75.34 
 
 		 113 aa  117  7.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.172615  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2754  hypothetical protein  75.34 
 
 		 113 aa  116  7.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.82151  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2324  hypothetical protein  75.34 
 
 		 113 aa  116  7.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0689  hypothetical protein  75.34 
 
 		 113 aa  116  7.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.471349  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2404  hypothetical protein  75.34 
 
 		 113 aa  116  7.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2115  FmdB transcriptional regulator  78.79 
 
 		 117 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.633311  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2727  FmdB family regulatory protein  78.79 
 
 		 117 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0305194  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2754  FmdB family regulatory protein  78.79 
 
 		 117 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0326543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0339  regulatory protein, FmdB family  62.83 
 
 		 113 aa  115  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0354  regulatory protein, FmdB family  61.95 
 
 		 113 aa  115  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.379758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4045  hypothetical protein  68.42 
 
 		 133 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.859174  normal  0.576471 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0864  hypothetical protein  65.12 
 
 		 121 aa  114  5e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.115967 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6054  hypothetical protein  68.92 
 
 		 115 aa  113  6.9999999999999995e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0572  FmdB family regulatory protein  79.03 
 
 		 107 aa  113  7.999999999999999e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.13841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2778  FmdB family regulatory protein  74.24 
 
 		 111 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2645  FmdB family regulatory protein  74.24 
 
 		 111 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.596631  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1324  FmdB family regulatory protein  70.67 
 
 		 114 aa  111  4.0000000000000004e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00811436 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4011  FmdB family regulatory protein  56.64 
 
 		 108 aa  108  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000161768 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4124  regulatory protein, FmdB family  81.97 
 
 		 112 aa  108  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0599881  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1172  regulatory protein, FmdB family  66.67 
 
 		 87 aa  107  4.0000000000000004e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.884251  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5455  FmdB family regulatory protein  80.95 
 
 		 105 aa  106  8.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0872  FmdB family regulatory protein  83.33 
 
 		 105 aa  105  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.616078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0801  regulatory protein, FmdB family  83.33 
 
 		 90 aa  105  3e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0636  hypothetical protein  70.97 
 
 		 83 aa  102  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000108864  normal  0.992354 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3639  FmdB family regulatory protein  79.66 
 
 		 105 aa  102  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0440  hypothetical protein  74.6 
 
 		 86 aa  100  5e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0437  hypothetical protein  62.28 
 
 		 157 aa  100  7e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0601  type I antifreeze protein  53.61 
 
 		 97 aa  96.3  1e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1777  hypothetical protein  51.14 
 
 		 92 aa  93.6  8e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0229  FmdB family regulatory protein  60.66 
 
 		 99 aa  91.3  4e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0056  regulatory protein, FmdB family  54.79 
 
 		 85 aa  88.2  3e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00717185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0055  hypothetical protein  54.79 
 
 		 85 aa  88.2  3e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130554  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0301  hypothetical protein  37.04 
 
 		 108 aa  86.3  1e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.298186  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4412  hypothetical protein  59.68 
 
 		 73 aa  84  6e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0167731  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0512  regulatory protein, FmdB family  59.32 
 
 		 94 aa  83.2  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36740  regulatory protein, FmdB family  51.9 
 
 		 88 aa  83.2  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2386  hypothetical protein  52.7 
 
 		 83 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.954945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0428  hypothetical protein  50.85 
 
 		 91 aa  82  0.000000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.575896  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2782  FmdB family regulatory protein  60.66 
 
 		 63 aa  82  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155022  normal  0.0575706 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1745  FmdB family regulatory protein  50.85 
 
 		 91 aa  82  0.000000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.195874  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0912  hypothetical protein  57.38 
 
 		 78 aa  81.6  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  2.32009e-16  decreased coverage  0.0000000881745 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1241  FmdB family regulatory protein  59.68 
 
 		 73 aa  81.6  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.292209  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1212  hypothetical protein  58.06 
 
 		 73 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1843  hypothetical protein  55.74 
 
 		 85 aa  79.7  0.00000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00987876  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4206  FmdB family regulatory protein  58.06 
 
 		 73 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.384212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4003  FmdB family regulatory protein  59.68 
 
 		 73 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1142  regulatory protein, FmdB family  46.07 
 
 		 95 aa  79  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2229  FmdB family regulatory protein  54.1 
 
 		 113 aa  78.6  0.00000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1432  hypothetical protein  41.56 
 
 		 104 aa  77.4  0.00000000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1552  hypothetical protein  41.56 
 
 		 104 aa  77.4  0.00000000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01549  putative regulatory protein, FmdB family  55.93 
 
 		 97 aa  77.4  0.00000000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1970  hypothetical protein  53.62 
 
 		 81 aa  73.6  0.0000000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0195  regulatory protein, FmdB family  50.85 
 
 		 81 aa  72.4  0.000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0204  regulatory protein, FmdB family  43.24 
 
 		 81 aa  68.6  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0297929 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2555  FmdB family regulatory protein  46.84 
 
 		 85 aa  69.3  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0169359  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2798  regulatory protein, FmdB family  48.39 
 
 		 88 aa  68.6  0.00000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.821801  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2036  hypothetical protein  50.85 
 
 		 95 aa  68.2  0.00000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000459423  normal  0.717478 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2392  regulatory protein, FmdB family  50.82 
 
 		 85 aa  67.4  0.00000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1038  FmdB family regulatory protein  37.21 
 
 		 90 aa  67  0.00000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000617496  unclonable  0.00000827491 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0161  FmdB family regulatory protein  41.89 
 
 		 102 aa  65.1  0.0000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.740481  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16440  putative regulatory protein, FmdB family  50.88 
 
 		 92 aa  65.1  0.0000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.324116  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6324  regulatory protein, FmdB family  37.74 
 
 		 108 aa  64.7  0.0000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.165247  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0548  FmdB family regulatory protein  45.16 
 
 		 88 aa  64.7  0.0000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000145953  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2391  regulatory protein, FmdB family  46.55 
 
 		 109 aa  64.3  0.0000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.873408  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2303  regulatory protein, FmdB family  46.55 
 
 		 109 aa  64.3  0.0000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0327558  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0863  hypothetical protein  42.5 
 
 		 83 aa  63.9  0.0000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.574225  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1561  hypothetical protein  40.54 
 
 		 104 aa  63.5  0.0000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.266221  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1168  FmdB family regulatory protein  42.5 
 
 		 82 aa  63.2  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000232466  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3272  regulatory protein, FmdB family  39.33 
 
 		 90 aa  63.2  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.248123  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2815  regulatory protein, FmdB family  48.33 
 
 		 86 aa  62  0.000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.640652  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2573  regulatory protein, FmdB family  47.37 
 
 		 86 aa  61.6  0.000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000135331 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0902  regulatory protein, FmdB family  50.88 
 
 		 111 aa  61.6  0.000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.269923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0686  FmdB family regulatory protein  42.19 
 
 		 128 aa  62  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.249873 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2539  hypothetical protein  38.37 
 
 		 85 aa  61.6  0.000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.36204e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1163  hypothetical protein  37.33 
 
 		 83 aa  61.2  0.000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  3.62411e-16  hitchhiker  0.00947496 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0034  type I antifreeze protein  38.38 
 
 		 99 aa  61.6  0.000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.080792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0742  FmdB family regulatory protein  40.28 
 
 		 132 aa  61.6  0.000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.105899  normal  0.441026 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5267  regulatory protein, FmdB family  36.61 
 
 		 118 aa  61.2  0.000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.471797 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0509  regulatory protein, FmdB family  44.16 
 
 		 73 aa  60.8  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000024131  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0787  FmdB family regulatory protein  46.88 
 
 		 93 aa  60.8  0.000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4042  hypothetical protein  39.51 
 
 		 125 aa  60.8  0.000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8652  putative regulatory protein, FmdB family  47.37 
 
 		 115 aa  60.5  0.000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0196  hypothetical protein  49.25 
 
 		 91 aa  59.7  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0838449  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0208  regulatory protein, FmdB family  49.25 
 
 		 91 aa  60.1  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0219  regulatory protein, FmdB family  49.25 
 
 		 91 aa  60.1  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.530805  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3821  FmdB family regulatory protein  39.24 
 
 		 89 aa  59.3  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.268528  normal  0.226192 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0108  regulatory protein, FmdB family  47.37 
 
 		 142 aa  58.5  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0629373  normal  0.10638 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0213  FmdB family regulatory protein  41.28 
 
 		 98 aa  58.5  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.119501 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3010  hypothetical protein  45.45 
 
 		 97 aa  57.8  0.00000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.794189  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2625  regulatory protein, FmdB family  36.62 
 
 		 75 aa  57.4  0.00000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.874466  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2866  FmdB family regulatory protein  42.11 
 
 		 81 aa  57  0.00000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>