27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4413 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_4413  hypothetical protein  100 
 
 		 75 aa  154  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.945619  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5314  regulatory protein, FmdB family  83.78 
 
 		 75 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4703  hypothetical protein  85.14 
 
 		 75 aa  123  9e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0420  hypothetical protein  69.33 
 
 		 75 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4252  hypothetical protein  73.97 
 
 		 76 aa  99  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.79426  normal  0.685229 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4303  FmdB family regulatory protein  61.64 
 
 		 75 aa  92  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.224092  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0261  hypothetical protein  54.79 
 
 		 77 aa  85.1  3e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1459  hypothetical protein  51.35 
 
 		 78 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00501931 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1501  hypothetical protein  58.9 
 
 		 76 aa  79.3  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1219  regulatory protein, FmdB family  58.9 
 
 		 76 aa  79.3  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000778963 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3238  hypothetical protein  48 
 
 		 80 aa  79  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.882851  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2706  FmdB family regulatory protein  44.44 
 
 		 79 aa  67.8  0.00000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.589032 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1427  FmdB family regulatory protein  43.24 
 
 		 80 aa  64.3  0.0000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2310  regulatory protein, FmdB family  45.83 
 
 		 78 aa  59.3  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0545212 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2352  FmdB family regulatory protein  37.84 
 
 		 83 aa  57.8  0.00000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7750  FmdB family regulatory protein  45.33 
 
 		 80 aa  51.6  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.572116  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2720  regulatory protein, FmdB family  51.16 
 
 		 82 aa  45.4  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1496  regulatory protein, FmdB family  51.16 
 
 		 82 aa  45.1  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00000000164684  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0034  type I antifreeze protein  48.89 
 
 		 99 aa  43.5  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.080792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1163  hypothetical protein  46.51 
 
 		 83 aa  42.7  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  3.62411e-16  hitchhiker  0.00947496 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2577  regulatory protein, FmdB family  47.83 
 
 		 66 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.923683  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0594  FmdB family regulatory protein  45.45 
 
 		 91 aa  42  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2673  regulatory protein, FmdB family  47.83 
 
 		 66 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0890211  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2576  cytochrome c family protein, putative  45.65 
 
 		 162 aa  41.2  0.004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00231924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2620  hypothetical protein  46.34 
 
 		 75 aa  40.8  0.006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0509  regulatory protein, FmdB family  44.44 
 
 		 73 aa  40.4  0.009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000024131  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0512  regulatory protein, FmdB family  42.86 
 
 		 94 aa  40.4  0.009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>