More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1113 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_1113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
264 aa  540  1e-153  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3788  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  82.2 
 
 
264 aa  441  1e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_70  hypothetical protein  38.76 
 
 
249 aa  177  2e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.55 
 
 
253 aa  100  2e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.196322  normal  0.805943 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07435  putative short-chain dehydrogenase/reductase  28.79 
 
 
269 aa  90.9  2e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.492431  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.46 
 
 
261 aa  89.7  4e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.274647 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.59 
 
 
259 aa  89  7e-17  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.0333473 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.25 
 
 
260 aa  89  8e-17  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.91 
 
 
260 aa  87.4  2e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2609  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.23 
 
 
250 aa  87  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.328906 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13563  short chain dehydrogenase  28.63 
 
 
260 aa  86.7  3e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000000268632 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.9 
 
 
261 aa  86.7  4e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3777  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.49 
 
 
262 aa  84.7  0.000000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.61 
 
 
263 aa  84.3  0.000000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.544381  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.41 
 
 
260 aa  83.2  0.000000000000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0924  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.02 
 
 
260 aa  82  0.000000000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25 
 
 
261 aa  82  0.000000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.29 
 
 
262 aa  80.9  0.00000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.02 
 
 
261 aa  80.1  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.88 
 
 
248 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.68 
 
 
239 aa  79  0.00000000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2072  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25 
 
 
259 aa  79  0.00000000000008  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4056  short chain dehydrogenase  27.8 
 
 
257 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.2 
 
 
263 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000362562 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0928  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.24 
 
 
263 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0669  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.24 
 
 
247 aa  77.8  0.0000000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.154574  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.07 
 
 
263 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0549693 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.2 
 
 
255 aa  77.4  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0149136  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.65 
 
 
262 aa  77.8  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.44 
 
 
261 aa  77  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00435006  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3449  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.07 
 
 
263 aa  76.6  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.978544 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1530  short chain dehydrogenase  26.67 
 
 
263 aa  76.6  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2043  short chain dehydrogenase  29.39 
 
 
254 aa  77  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.681724 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.09 
 
 
261 aa  76.6  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237096  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.88 
 
 
245 aa  76.6  0.0000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.35981 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1110  short chain dehydrogenase  27.73 
 
 
265 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0177225  normal  0.229286 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4563  short chain dehydrogenase  27.73 
 
 
265 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00447639  hitchhiker  0.00143466 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.81 
 
 
266 aa  76.3  0.0000000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2272  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.88 
 
 
253 aa  75.5  0.0000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.851754  normal  0.710684 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2908  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.39 
 
 
264 aa  75.5  0.0000000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.933978  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  25.28 
 
 
259 aa  75.5  0.0000000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2079  short chain dehydrogenase  26.74 
 
 
255 aa  75.1  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.39 
 
 
247 aa  75.1  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4745  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.92 
 
 
254 aa  75.1  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.146753  normal  0.0678899 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0883  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.38 
 
 
264 aa  75.1  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.03 
 
 
273 aa  74.7  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.19021  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3989  short chain dehydrogenase  26.95 
 
 
265 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.826773  normal  0.0182099 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4043  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.15 
 
 
254 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.69 
 
 
254 aa  74.7  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0597888  normal  0.281853 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3595  tropinone reductase  26.92 
 
 
258 aa  73.9  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.855153  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0092  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.79 
 
 
261 aa  73.6  0.000000000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.658304  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0664  cylG protein  26.44 
 
 
240 aa  73.2  0.000000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5228  short chain dehydrogenase  25.98 
 
 
261 aa  73.6  0.000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.940368  normal  0.168178 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.19 
 
 
262 aa  73.2  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.209308  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0925  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.14 
 
 
251 aa  72.8  0.000000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.568448  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4098  short chain dehydrogenase  27.34 
 
 
265 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.474708 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1422  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.35 
 
 
253 aa  72.8  0.000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.182902  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.57 
 
 
253 aa  72.8  0.000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.627467 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4500  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  25.67 
 
 
258 aa  72.4  0.000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0782266 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3588  hypothetical protein  27.14 
 
 
254 aa  72.4  0.000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00208776  normal  0.410255 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.77 
 
 
254 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0937136  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.08 
 
 
252 aa  72  0.000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.805943 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1715  short chain dehydrogenase  27.52 
 
 
255 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1058  short chain dehydrogenase  27.52 
 
 
255 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.177877  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4734  short chain dehydrogenase  25.4 
 
 
261 aa  71.2  0.00000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.332046  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0215  short chain dehydrogenase  27.52 
 
 
255 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.713684  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0047  short chain dehydrogenase  27.52 
 
 
257 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2264  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.92 
 
 
255 aa  72  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.136651  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.97 
 
 
249 aa  71.2  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.25 
 
 
254 aa  71.2  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.206772  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17790  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  28.29 
 
 
288 aa  72  0.00000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.40467 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4646  short chain dehydrogenase  25.4 
 
 
261 aa  71.2  0.00000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1215  short chain dehydrogenase  27.52 
 
 
257 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7068  SDR family dehydrogenase/reductase  28.2 
 
 
257 aa  71.6  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.894165 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.63 
 
 
264 aa  71.2  0.00000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.314701  normal  0.825727 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2355  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  27.48 
 
 
288 aa  71.6  0.00000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5029  short chain dehydrogenase  25.4 
 
 
261 aa  71.2  0.00000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.30549  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0370  short chain dehydrogenase  27.52 
 
 
257 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40900  putative short-chain dehydrogenase  28.41 
 
 
253 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4704  short chain dehydrogenase  26.56 
 
 
265 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000843868  normal  0.155835 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5205  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.41 
 
 
294 aa  70.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00959428  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4328  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.46 
 
 
294 aa  71.2  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3570  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.73 
 
 
259 aa  70.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00199675 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1997  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  26.64 
 
 
259 aa  70.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2000  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  26.64 
 
 
259 aa  70.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.19 
 
 
257 aa  70.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1628  short chain dehydrogenase  27.52 
 
 
255 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.908902  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3705  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.44 
 
 
255 aa  71.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.551214  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3663  short chain dehydrogenase  26.56 
 
 
265 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5596  short chain dehydrogenase  26.56 
 
 
265 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.329102 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5098  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.67 
 
 
255 aa  71.2  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1151  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  25.48 
 
 
234 aa  70.1  0.00000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.256582 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0421  short chain dehydrogenase  27.13 
 
 
257 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1323  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.5 
 
 
254 aa  70.1  0.00000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.77 
 
 
253 aa  69.7  0.00000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0374  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  26.56 
 
 
244 aa  69.7  0.00000000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.333975  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.64 
 
 
262 aa  70.1  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.704953 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.67 
 
 
250 aa  70.1  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.2 
 
 
263 aa  69.7  0.00000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.299439 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4238  short chain dehydrogenase  28.02 
 
 
268 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>