More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3075 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_3075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
262 aa  532  1e-150  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.209308  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.79 
 
 
262 aa  368  1e-101  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.704953 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07435  putative short-chain dehydrogenase/reductase  58.4 
 
 
269 aa  317  1e-85  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.492431  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.63 
 
 
261 aa  295  7e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1391  NAD/NADP dependent oxidoreductase  40.08 
 
 
261 aa  186  3e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.98 
 
 
262 aa  178  9e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.16 
 
 
263 aa  169  3e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.36 
 
 
261 aa  167  1e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
267 aa  168  1e-40  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 
261 aa  165  5.9999999999999996e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00435006  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 
261 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1090  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.23 
 
 
262 aa  162  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.538623 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.98 
 
 
261 aa  162  6e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.274647 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3570  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.26 
 
 
259 aa  161  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00199675 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 
237 aa  159  3e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.08 
 
 
260 aa  160  3e-38  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.47 
 
 
263 aa  159  5e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.12 
 
 
259 aa  159  6e-38  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.0333473 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3177  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.08 
 
 
258 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.567568 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
260 aa  157  2e-37  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2186  dehydrogenase/reductase oxidoreductase protein  36.96 
 
 
263 aa  156  3e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.158551  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2024  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.69 
 
 
258 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.298877  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1811  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
259 aa  156  4e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.930185  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.26 
 
 
262 aa  156  4e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.22 
 
 
266 aa  155  5.0000000000000005e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2505  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.19 
 
 
262 aa  155  6e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.80685  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
245 aa  155  7e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.35981 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.53 
 
 
260 aa  155  8e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.389039  normal  0.0700115 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3777  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
262 aa  155  9e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2540  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.31 
 
 
258 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.68 
 
 
259 aa  154  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.154867  normal  0.0871554 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
261 aa  154  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.23 
 
 
261 aa  153  2e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.199007  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.23 
 
 
262 aa  152  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.163833  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.24 
 
 
259 aa  152  5e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.861645  normal  0.226141 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.21 
 
 
259 aa  152  7e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3257  putative 3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  33.07 
 
 
259 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0566153  normal  0.418945 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.77 
 
 
260 aa  151  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1985  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.38 
 
 
261 aa  151  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.274604 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.24 
 
 
259 aa  151  1e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.460679  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
247 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.417621 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16730  glucose/ribitol dehydrogenase family protein  34.85 
 
 
262 aa  151  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.681173  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03629  oxidoreductase  36.33 
 
 
258 aa  150  2e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2208  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
259 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.336154  normal  0.942948 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
259 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1983  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.63 
 
 
263 aa  149  5e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2383  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.63 
 
 
263 aa  149  6e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.378112  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.75 
 
 
264 aa  149  6e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0866404 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2538  Short-chain dehydrogenase/reductase  34.75 
 
 
259 aa  149  6e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5619  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
277 aa  148  7e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0753007  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4328  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
294 aa  148  8e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.63 
 
 
263 aa  148  1.0000000000000001e-34  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.544381  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
255 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0149136  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1821  short chain dehydrogenase  32.7 
 
 
264 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.174023  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.9 
 
 
260 aa  144  1e-33  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.68 
 
 
259 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.400056 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0589  putative short-chain dehydrogenase/reductase  34.98 
 
 
259 aa  144  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.398549  normal  0.212573 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.36 
 
 
259 aa  144  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.93 
 
 
271 aa  144  1e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2349  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
260 aa  144  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.482868  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
259 aa  144  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.560822  normal  0.0105475 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.3 
 
 
259 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.3 
 
 
285 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0641216  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.1 
 
 
259 aa  142  5e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.511281  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.41 
 
 
237 aa  141  9e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.09 
 
 
264 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0092  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.658304  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3053  oxidoreductase  36.43 
 
 
260 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.42458  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6446  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.58 
 
 
259 aa  140  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00522333  unclonable  4.08177e-18 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.95 
 
 
259 aa  139  4.999999999999999e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1722  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
259 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.736401  normal  0.528714 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1210  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.07 
 
 
260 aa  139  4.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.475284  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0986  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.68 
 
 
278 aa  139  6e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0130  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.68 
 
 
259 aa  139  6e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000437524  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2072  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
259 aa  138  7e-32  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.88 
 
 
261 aa  138  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00433657 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1339  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
259 aa  137  2e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0406347 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0311  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
262 aa  137  2e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.71 
 
 
260 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.47 
 
 
269 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1080  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.07 
 
 
276 aa  135  9e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1017  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.3 
 
 
325 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6492  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.97 
 
 
270 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1256  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.47 
 
 
264 aa  133  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.93 
 
 
263 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.622858  normal  0.939609 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2744  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.47 
 
 
276 aa  133  3e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3440  putative short chain dehydrogenase  38.34 
 
 
261 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.15 
 
 
247 aa  132  6.999999999999999e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000108862  hitchhiker  0.000102827 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.23 
 
 
261 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.283398  normal  0.300878 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
265 aa  131  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.602708  normal  0.800249 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.44 
 
 
248 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0734499  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.95 
 
 
260 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3085  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.82 
 
 
261 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.696622  normal  0.57076 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.11 
 
 
260 aa  129  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.54 
 
 
253 aa  130  3e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.196322  normal  0.805943 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.3 
 
 
259 aa  130  3e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.245647 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.3 
 
 
261 aa  129  4.0000000000000003e-29  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.82 
 
 
254 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.84 
 
 
266 aa  129  4.0000000000000003e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.197141 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3195  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.08 
 
 
264 aa  129  6e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.857266  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>