More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1803 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
259 aa  518  1e-146  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.560822  normal  0.0105475 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1339  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.83 
 
 
259 aa  401  1e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0406347 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1207  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.9 
 
 
259 aa  395  1e-109  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2538  Short-chain dehydrogenase/reductase  74.52 
 
 
259 aa  382  1e-105  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.13 
 
 
264 aa  380  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0866404 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1985  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.13 
 
 
261 aa  376  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.274604 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2349  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70 
 
 
260 aa  368  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.482868  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.46 
 
 
259 aa  301  6.000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.154867  normal  0.0871554 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5619  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.07 
 
 
277 aa  298  6e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0753007  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3257  putative 3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  58.69 
 
 
259 aa  297  1e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0566153  normal  0.418945 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.46 
 
 
259 aa  296  2e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.400056 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.07 
 
 
285 aa  295  5e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0641216  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.07 
 
 
259 aa  295  5e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.07 
 
 
259 aa  294  8e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2208  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.07 
 
 
259 aa  294  8e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.336154  normal  0.942948 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.18 
 
 
259 aa  285  4e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.861645  normal  0.226141 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0986  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.92 
 
 
278 aa  285  8e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2505  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.63 
 
 
262 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.80685  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2383  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.41 
 
 
263 aa  280  1e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.378112  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1983  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.03 
 
 
263 aa  279  3e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2186  dehydrogenase/reductase oxidoreductase protein  57.58 
 
 
263 aa  278  8e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.158551  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.85 
 
 
264 aa  271  7e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1017  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  57.14 
 
 
325 aa  270  2e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3177  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.59 
 
 
258 aa  265  5e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.567568 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.51 
 
 
263 aa  264  8.999999999999999e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.76 
 
 
265 aa  263  1e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.602708  normal  0.800249 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1210  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  54.62 
 
 
260 aa  263  2e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.475284  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3195  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.3 
 
 
264 aa  263  2e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.857266  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16730  glucose/ribitol dehydrogenase family protein  55.47 
 
 
262 aa  262  3e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.681173  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2540  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  57.59 
 
 
258 aa  261  6e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3053  oxidoreductase  57.69 
 
 
260 aa  260  2e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.42458  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.08 
 
 
260 aa  260  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.17 
 
 
259 aa  260  2e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.460679  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2744  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.9 
 
 
276 aa  259  4e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2024  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.11 
 
 
258 aa  259  4e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.298877  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1882  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  57.92 
 
 
259 aa  258  6e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0800306  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.77 
 
 
260 aa  258  6e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0361  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  57.92 
 
 
259 aa  258  6e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0730868  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1243  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  57.92 
 
 
259 aa  258  6e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00809972  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1234  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  57.92 
 
 
259 aa  258  6e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0789  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  57.92 
 
 
259 aa  258  6e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0355352  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1078  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  57.92 
 
 
259 aa  258  6e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.296983  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1388  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  57.92 
 
 
259 aa  257  1e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.86 
 
 
260 aa  257  1e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.285403  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1722  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.6 
 
 
259 aa  258  1e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.736401  normal  0.528714 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.82 
 
 
259 aa  256  3e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.57 
 
 
259 aa  255  5e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.511281  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1256  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.37 
 
 
264 aa  254  1.0000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3876  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.37 
 
 
264 aa  253  2.0000000000000002e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1080  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.03 
 
 
276 aa  248  8e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03629  oxidoreductase  50.78 
 
 
258 aa  245  4.9999999999999997e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.62 
 
 
260 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.23 
 
 
260 aa  237  1e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.56 
 
 
238 aa  235  4e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.1335 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0130  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.06 
 
 
259 aa  223  2e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000437524  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1811  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.66 
 
 
259 aa  221  9.999999999999999e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.930185  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.67 
 
 
259 aa  217  2e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.245647 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3777  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.53 
 
 
262 aa  216  4e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.95 
 
 
247 aa  215  5e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.417621 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.06 
 
 
259 aa  211  7e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 
259 aa  199  3e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0589  putative short-chain dehydrogenase/reductase  43.75 
 
 
259 aa  194  8.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.398549  normal  0.212573 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1090  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 
262 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.538623 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.56 
 
 
248 aa  185  6e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0734499  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
261 aa  181  8.000000000000001e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00435006  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
262 aa  180  2e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3570  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.64 
 
 
259 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00199675 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 
261 aa  176  5e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1391  NAD/NADP dependent oxidoreductase  40.31 
 
 
261 aa  175  6e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 
261 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.02 
 
 
262 aa  169  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.163833  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.84 
 
 
237 aa  168  9e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.63 
 
 
263 aa  168  9e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.69 
 
 
237 aa  167  1e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 
261 aa  165  8e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.199007  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.97 
 
 
257 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0315057  normal  0.582541 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
261 aa  164  1.0000000000000001e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.274647 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.19 
 
 
263 aa  163  3e-39  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.544381  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.3 
 
 
262 aa  162  4.0000000000000004e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.02 
 
 
261 aa  162  4.0000000000000004e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00433657 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1821  short chain dehydrogenase  34.87 
 
 
264 aa  159  6e-38  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.174023  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
260 aa  158  6e-38  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.08 
 
 
267 aa  157  1e-37  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.41 
 
 
260 aa  157  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.389039  normal  0.0700115 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.62 
 
 
260 aa  154  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.85 
 
 
266 aa  153  2e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
245 aa  153  2.9999999999999998e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.35981 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0311  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.58 
 
 
262 aa  151  1e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
261 aa  149  4e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.9 
 
 
260 aa  148  7e-35  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
260 aa  148  7e-35  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
261 aa  148  8e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3419  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
261 aa  146  4.0000000000000006e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.82 
 
 
262 aa  145  6e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.704953 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07435  putative short-chain dehydrogenase/reductase  32.56 
 
 
269 aa  145  8.000000000000001e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.492431  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
259 aa  144  9e-34  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.0333473 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.88 
 
 
262 aa  143  2e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.64 
 
 
271 aa  143  4e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0679  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.39 
 
 
228 aa  142  5e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
261 aa  142  5e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>