More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6431 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008392  Bamb_6431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
247 aa  497  1e-140  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.417621 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.78 
 
 
259 aa  239  4e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1017  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  50 
 
 
325 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5619  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
277 aa  230  1e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0753007  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0986  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.83 
 
 
278 aa  231  1e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0789  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  50 
 
 
259 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0355352  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0361  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  50 
 
 
259 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0730868  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1882  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  50 
 
 
259 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0800306  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1388  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  50 
 
 
259 aa  229  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1234  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  50 
 
 
259 aa  230  2e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1243  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  50 
 
 
259 aa  230  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00809972  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1078  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  50 
 
 
259 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.296983  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
259 aa  228  9e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.400056 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2383  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.42 
 
 
263 aa  227  1e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.378112  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1983  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.03 
 
 
263 aa  226  2e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.41 
 
 
259 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
285 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0641216  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.01 
 
 
259 aa  225  5.0000000000000005e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.861645  normal  0.226141 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.44 
 
 
259 aa  225  5.0000000000000005e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2208  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.44 
 
 
259 aa  225  5.0000000000000005e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.336154  normal  0.942948 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.47 
 
 
259 aa  224  1e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.511281  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1210  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  46.95 
 
 
260 aa  224  1e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.475284  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03629  oxidoreductase  48.02 
 
 
258 aa  224  1e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.62 
 
 
260 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.81 
 
 
260 aa  222  4e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.64 
 
 
259 aa  221  8e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.154867  normal  0.0871554 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.08 
 
 
259 aa  221  9.999999999999999e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.41 
 
 
260 aa  220  9.999999999999999e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.285403  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.3 
 
 
263 aa  220  1.9999999999999999e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.35 
 
 
264 aa  220  1.9999999999999999e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2186  dehydrogenase/reductase oxidoreductase protein  48.85 
 
 
263 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.158551  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3257  putative 3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  46.64 
 
 
259 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0566153  normal  0.418945 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3876  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.29 
 
 
264 aa  218  7.999999999999999e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1722  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.01 
 
 
259 aa  217  2e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.736401  normal  0.528714 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2505  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.48 
 
 
262 aa  216  4e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.80685  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0130  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.85 
 
 
259 aa  216  4e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000437524  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.95 
 
 
259 aa  215  5e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.560822  normal  0.0105475 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3195  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.51 
 
 
264 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.857266  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1339  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.8 
 
 
259 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0406347 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3177  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.25 
 
 
258 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.567568 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2540  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  46.25 
 
 
258 aa  211  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2024  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.25 
 
 
258 aa  211  7e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.298877  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16730  glucose/ribitol dehydrogenase family protein  47.27 
 
 
262 aa  210  2e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.681173  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.36 
 
 
259 aa  209  4e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.460679  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.08 
 
 
259 aa  207  1e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.245647 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1256  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.63 
 
 
264 aa  206  3e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3053  oxidoreductase  49.21 
 
 
260 aa  204  8e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.42458  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.89 
 
 
260 aa  204  1e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1985  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.88 
 
 
261 aa  203  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.274604 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2349  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.35 
 
 
260 aa  202  4e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.482868  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.66 
 
 
260 aa  202  5e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1207  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.79 
 
 
259 aa  202  6e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2744  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.81 
 
 
276 aa  202  6e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.97 
 
 
265 aa  201  9.999999999999999e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.602708  normal  0.800249 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1080  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.75 
 
 
276 aa  198  6e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1811  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.24 
 
 
259 aa  196  2.0000000000000003e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.930185  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.49 
 
 
264 aa  195  6e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0866404 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2538  Short-chain dehydrogenase/reductase  47.49 
 
 
259 aa  194  8.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0589  putative short-chain dehydrogenase/reductase  48.22 
 
 
259 aa  190  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.398549  normal  0.212573 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.02 
 
 
262 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.08 
 
 
259 aa  186  3e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3777  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.05 
 
 
262 aa  185  6e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.31 
 
 
263 aa  182  3e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.46 
 
 
237 aa  177  1e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.51 
 
 
248 aa  177  2e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0734499  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.46 
 
 
237 aa  175  6e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
261 aa  172  3.9999999999999995e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.36 
 
 
267 aa  171  1e-41  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
261 aa  168  7e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.274647 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
261 aa  167  1e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.32 
 
 
245 aa  167  1e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.35981 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.16 
 
 
261 aa  165  5.9999999999999996e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00435006  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3570  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.06 
 
 
259 aa  165  6.9999999999999995e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00199675 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.77 
 
 
261 aa  163  3e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1391  NAD/NADP dependent oxidoreductase  39.46 
 
 
261 aa  162  5.0000000000000005e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.23 
 
 
263 aa  159  3e-38  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.544381  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.86 
 
 
238 aa  159  5e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.1335 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.61 
 
 
262 aa  155  8e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.51 
 
 
266 aa  153  2e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07435  putative short-chain dehydrogenase/reductase  34.23 
 
 
269 aa  152  5.9999999999999996e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.492431  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6446  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
259 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00522333  unclonable  4.08177e-18 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.48 
 
 
261 aa  150  1e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.199007  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.19 
 
 
262 aa  149  3e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.704953 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1090  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
262 aa  149  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.538623 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0311  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.82 
 
 
262 aa  149  4e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.64 
 
 
261 aa  148  9e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.15 
 
 
257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0315057  normal  0.582541 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 
262 aa  144  1e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
259 aa  144  1e-33  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.0333473 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.64 
 
 
261 aa  144  2e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1821  short chain dehydrogenase  32.03 
 
 
264 aa  144  2e-33  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.174023  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
260 aa  143  2e-33  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
261 aa  142  3e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00433657 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.92 
 
 
269 aa  142  5e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
262 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.209308  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0825  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
262 aa  139  6e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1392  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.02 
 
 
261 aa  138  8.999999999999999e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.47 
 
 
263 aa  137  1e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.288132 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0092  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.31 
 
 
261 aa  137  2e-31  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.658304  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2072  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.08 
 
 
259 aa  137  2e-31  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>