More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3177 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_3177  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
258 aa  520  1e-147  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.567568 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2540  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  98.45 
 
 
258 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2024  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  92.25 
 
 
258 aa  477  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.298877  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16730  glucose/ribitol dehydrogenase family protein  73.28 
 
 
262 aa  389  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.681173  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.2 
 
 
263 aa  362  3e-99  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2208  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.32 
 
 
259 aa  345  5e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.336154  normal  0.942948 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.32 
 
 
259 aa  345  5e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.03 
 
 
259 aa  341  8e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.154867  normal  0.0871554 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.82 
 
 
259 aa  340  1e-92  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5619  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.41 
 
 
277 aa  338  4e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0753007  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3257  putative 3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  65.27 
 
 
259 aa  338  4e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0566153  normal  0.418945 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.41 
 
 
259 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.400056 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.03 
 
 
259 aa  335  2.9999999999999997e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.79 
 
 
285 aa  335  3.9999999999999995e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0641216  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0986  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.56 
 
 
278 aa  330  1e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.9 
 
 
260 aa  330  2e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3876  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.54 
 
 
264 aa  330  2e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3053  oxidoreductase  67.68 
 
 
260 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.42458  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.65 
 
 
259 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.861645  normal  0.226141 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3195  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.4 
 
 
264 aa  325  4.0000000000000003e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.857266  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2744  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.01 
 
 
276 aa  321  6e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1017  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  65.65 
 
 
325 aa  321  8e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03629  oxidoreductase  63.98 
 
 
258 aa  321  8e-87  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1210  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  63.36 
 
 
260 aa  321  9.000000000000001e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.475284  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1722  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.41 
 
 
259 aa  320  9.999999999999999e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.736401  normal  0.528714 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.98 
 
 
260 aa  315  6e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.16 
 
 
265 aa  314  9e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.602708  normal  0.800249 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1243  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  65.65 
 
 
259 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00809972  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1234  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  65.65 
 
 
259 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1882  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  65.65 
 
 
259 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0800306  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1388  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  65.65 
 
 
259 aa  313  9.999999999999999e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.67 
 
 
264 aa  314  9.999999999999999e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1078  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  65.65 
 
 
259 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.296983  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0789  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  65.65 
 
 
259 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0355352  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0361  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  65.65 
 
 
259 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0730868  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1256  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.75 
 
 
264 aa  310  2e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.22 
 
 
260 aa  309  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2186  dehydrogenase/reductase oxidoreductase protein  61.65 
 
 
263 aa  307  1.0000000000000001e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.158551  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2383  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.15 
 
 
263 aa  303  1.0000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.378112  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1080  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.35 
 
 
276 aa  304  1.0000000000000001e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1983  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.02 
 
 
263 aa  302  4.0000000000000003e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2505  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.89 
 
 
262 aa  301  6.000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.80685  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.84 
 
 
260 aa  298  8e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.73 
 
 
259 aa  277  1e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.511281  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1339  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59 
 
 
259 aa  275  5e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0406347 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.2 
 
 
259 aa  272  4.0000000000000004e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.460679  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1811  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.82 
 
 
259 aa  268  5e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.930185  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.96 
 
 
259 aa  266  2e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.245647 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.59 
 
 
259 aa  265  5e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.560822  normal  0.0105475 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.78 
 
 
260 aa  261  6e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.285403  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.41 
 
 
238 aa  261  8e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.1335 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1985  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.08 
 
 
261 aa  257  1e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.274604 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1207  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.56 
 
 
259 aa  254  7e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.08 
 
 
264 aa  251  6e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0866404 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0130  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.38 
 
 
259 aa  250  1e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000437524  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2538  Short-chain dehydrogenase/reductase  54.69 
 
 
259 aa  250  2e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2349  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.28 
 
 
260 aa  249  4e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.482868  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.29 
 
 
259 aa  247  1e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0589  putative short-chain dehydrogenase/reductase  51.91 
 
 
259 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.398549  normal  0.212573 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.23 
 
 
259 aa  218  8.999999999999998e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.25 
 
 
247 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.417621 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
248 aa  172  5.999999999999999e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0734499  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.95 
 
 
262 aa  170  2e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
261 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00435006  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3777  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.39 
 
 
262 aa  162  5.0000000000000005e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.31 
 
 
267 aa  158  8e-38  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.68 
 
 
261 aa  156  3e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
261 aa  156  4e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.31 
 
 
263 aa  155  6e-37  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.544381  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3570  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
259 aa  155  6e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00199675 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1391  NAD/NADP dependent oxidoreductase  38.31 
 
 
261 aa  154  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.31 
 
 
262 aa  154  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.704953 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
261 aa  152  7e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.274647 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.08 
 
 
262 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.209308  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.47 
 
 
263 aa  147  2.0000000000000003e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.92 
 
 
237 aa  146  4.0000000000000006e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 
237 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.6 
 
 
261 aa  145  9e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.72 
 
 
259 aa  144  1e-33  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.0333473 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.26 
 
 
261 aa  143  2e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
266 aa  143  3e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.16 
 
 
262 aa  142  4e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
260 aa  142  4e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.389039  normal  0.0700115 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.94 
 
 
260 aa  142  5e-33  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.16 
 
 
260 aa  141  9e-33  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.46 
 
 
262 aa  139  3e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
260 aa  138  1e-31  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
245 aa  137  1e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.35981 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1090  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.16 
 
 
262 aa  137  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.538623 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0311  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.83 
 
 
262 aa  137  2e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0825  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
262 aa  137  2e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07435  putative short-chain dehydrogenase/reductase  33.98 
 
 
269 aa  136  4e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.492431  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.17 
 
 
260 aa  136  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
261 aa  135  9e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.199007  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
261 aa  135  9e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4328  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.07 
 
 
294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4076  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.7 
 
 
264 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.142044  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3610  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.18 
 
 
262 aa  132  6e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
257 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0315057  normal  0.582541 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6446  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.88 
 
 
259 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00522333  unclonable  4.08177e-18 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>