146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2892 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_2892  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
134 aa  263  7e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000482573 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0452  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.19 
 
 
134 aa  72.4  0.000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0324206  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  25.42 
 
 
133 aa  67.8  0.00000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1846  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.06 
 
 
134 aa  64.7  0.0000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0440  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.2 
 
 
140 aa  63.5  0.0000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.108397  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0568  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.77 
 
 
130 aa  60.8  0.000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1618  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
136 aa  60.5  0.000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272583  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  29.06 
 
 
135 aa  60.5  0.000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.35 
 
 
135 aa  60.1  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4239  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.79 
 
 
134 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  24.22 
 
 
136 aa  59.3  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4167  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.83 
 
 
134 aa  59.3  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4373  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.83 
 
 
134 aa  58.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2277  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.91 
 
 
139 aa  58.5  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0227736  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1436  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.39 
 
 
133 aa  58.5  0.00000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2128  hypothetical protein  35.54 
 
 
124 aa  58.2  0.00000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0468443  normal  0.393208 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.81 
 
 
136 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1847  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.53 
 
 
130 aa  57.8  0.00000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.730316  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0560  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.52 
 
 
137 aa  57.8  0.00000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.326497 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4087  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.54 
 
 
143 aa  57.4  0.00000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0244495  normal  0.590384 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.33 
 
 
136 aa  56.2  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0355  branched-chain amino acid aminotransferase I  24.79 
 
 
134 aa  55.5  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00931363  normal  0.438435 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.89 
 
 
134 aa  55.1  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000935089  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0453  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.59 
 
 
134 aa  54.3  0.0000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00775346  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0902  TonB system transport protein ExbD3  24.79 
 
 
134 aa  53.9  0.0000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02811  Biopolymer transport protein  27.43 
 
 
132 aa  53.9  0.0000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0477065  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2642  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.16 
 
 
147 aa  53.1  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.333418  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0114  TonB system transport protein ExbD2  24.58 
 
 
134 aa  53.1  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1563  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.24 
 
 
135 aa  53.5  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0846  ExbD2-like biopolymer transport protein  24.58 
 
 
143 aa  52.4  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.424366  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000845  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25 
 
 
134 aa  52  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  24 
 
 
136 aa  52.8  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0352  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.79 
 
 
145 aa  52.8  0.000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.01 
 
 
133 aa  52.4  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.01 
 
 
134 aa  52.4  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  0.0000457301 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0285  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.81 
 
 
149 aa  52  0.000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0388  biopolymer transport protein  24.79 
 
 
145 aa  52.8  0.000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3571  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.85 
 
 
141 aa  52.8  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161015  decreased coverage  0.00354496 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0915  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.56 
 
 
140 aa  52  0.000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.574244  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0351  hypothetical protein  31.78 
 
 
131 aa  52  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.919937  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.01 
 
 
134 aa  51.2  0.000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0927503  normal  0.0158805 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0438  biopolymer ExbD/TolR family transporter  28.95 
 
 
137 aa  50.8  0.000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.744335  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.84 
 
 
135 aa  50.8  0.000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00140985 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.01 
 
 
134 aa  50.8  0.000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06757  hypothetical protein  24.79 
 
 
134 aa  50.4  0.000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1634  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.74 
 
 
143 aa  50.4  0.000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0335583  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2565  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.03 
 
 
141 aa  50.1  0.000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0403619  hitchhiker  0.00490818 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  25.66 
 
 
135 aa  50.4  0.000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2091  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.59 
 
 
140 aa  49.3  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0833564  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0313  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25 
 
 
158 aa  49.7  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2806  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.81 
 
 
142 aa  49.3  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0047121  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0455  biopolymer transport protein (ExbD2)  25 
 
 
134 aa  48.5  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0057258  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2948  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.2 
 
 
142 aa  48.1  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2304  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.41 
 
 
141 aa  48.1  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0677093  normal  0.134165 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.05 
 
 
140 aa  48.1  0.00004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1555  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.41 
 
 
141 aa  48.1  0.00004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.304522  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.09 
 
 
142 aa  47.8  0.00005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0584856  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.12 
 
 
134 aa  47.4  0.00006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4061  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.47 
 
 
149 aa  47.4  0.00006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.603451  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2151  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28 
 
 
140 aa  47.4  0.00006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0691787  normal  0.335965 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1397  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.45 
 
 
140 aa  47.8  0.00006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00589  biopolymer transport protein  24.79 
 
 
154 aa  47.8  0.00006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.265658  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.58 
 
 
141 aa  47.4  0.00007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1924  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.4 
 
 
144 aa  47.4  0.00007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.645056  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.23 
 
 
140 aa  47  0.00008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2301  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.33 
 
 
133 aa  47  0.00008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3846  biopolymer transport protein ExbD/TolR family  24.26 
 
 
143 aa  47  0.00009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.661546  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.62 
 
 
142 aa  47  0.00009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2484  putative biopolymer transport exbD-related transmembrane protein  26.23 
 
 
147 aa  47  0.00009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0200822  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  21.55 
 
 
134 aa  46.6  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.8 
 
 
141 aa  46.6  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30 
 
 
137 aa  46.6  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  21.24 
 
 
134 aa  46.6  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00147196  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001859  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.45 
 
 
116 aa  46.2  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.64 
 
 
132 aa  46.6  0.0001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2529  biopolymer transport EXBD-like transmembrane protein  26.28 
 
 
143 aa  46.2  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.161438  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4541  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.6 
 
 
142 aa  45.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3640  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.19 
 
 
150 aa  45.8  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0150  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.4 
 
 
149 aa  45.8  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000194485  hitchhiker  0.00605756 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1257  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.12 
 
 
134 aa  46.2  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.529196  hitchhiker  0.000136221 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0234  TonB system transport protein ExbD  28.44 
 
 
177 aa  45.8  0.0002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.617554 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2715  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  21.24 
 
 
134 aa  45.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0091845  hitchhiker  0.0000000699577 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4069  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.5 
 
 
135 aa  45.4  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.6 
 
 
144 aa  45.1  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0347505  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0506  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.45 
 
 
148 aa  45.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.492419 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1643  biopolymer transport protein ExbD/TolR  21.24 
 
 
134 aa  45.4  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.158333  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  21.24 
 
 
134 aa  45.4  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3760  TonB system transport protein ExbD  28.81 
 
 
139 aa  45.4  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1665  biopolymer transport protein ExbD/TolR  21.24 
 
 
134 aa  45.4  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.283534  normal  0.123341 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0872  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.83 
 
 
133 aa  44.7  0.0004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4892  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.69 
 
 
144 aa  44.7  0.0004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.310639 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1190  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.93 
 
 
137 aa  44.7  0.0004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.693897  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  20.35 
 
 
134 aa  44.7  0.0005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  0.000000463213 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  20.35 
 
 
134 aa  44.7  0.0005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  20.35 
 
 
134 aa  44.7  0.0005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  0.00000106541 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  20.35 
 
 
134 aa  44.3  0.0005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2484  putative TonB system transport protein ExbD2  21.74 
 
 
137 aa  44.3  0.0006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000778685  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1525  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.8 
 
 
144 aa  43.9  0.0007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0168753  normal  0.844163 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.54 
 
 
140 aa  43.9  0.0008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1227  tolR protein  29.03 
 
 
146 aa  43.5  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>