83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0568 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0568  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 		 130 aa  249  7e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4087  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.15 
 
 		 143 aa  58.5  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0244495  normal  0.590384 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0452  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.43 
 
 		 134 aa  57.8  0.00000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0324206  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0440  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.07 
 
 		 140 aa  56.6  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.108397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2277  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.23 
 
 		 139 aa  54.7  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0227736  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0219  putative transport-related membrane protein  31.25 
 
 		 145 aa  53.9  0.0000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.748949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0478  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.56 
 
 		 146 aa  53.9  0.0000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0184  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.09 
 
 		 136 aa  53.5  0.0000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.340668  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1846  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.06 
 
 		 134 aa  52.8  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.25 
 
 		 137 aa  52  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4239  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.91 
 
 		 134 aa  50.8  0.000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.5 
 
 		 132 aa  50.4  0.000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4373  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.06 
 
 		 134 aa  49.3  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2892  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.77 
 
 		 134 aa  48.5  0.00003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000482573 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4167  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.06 
 
 		 134 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.37 
 
 		 140 aa  48.1  0.00004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.63 
 
 		 135 aa  47.8  0.00005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140985 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.77 
 
 		 158 aa  47.8  0.00005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1440  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30 
 
 		 136 aa  47.4  0.00007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1619  protein TolR  29.17 
 
 		 153 aa  47.4  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.1444  normal  0.157176 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2408  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30 
 
 		 136 aa  47  0.00008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.692692  normal  0.803966 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1899  protein TolR  29.17 
 
 		 153 aa  47  0.00009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.937922 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1617  protein TolR  29.17 
 
 		 153 aa  47  0.00009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.776263  hitchhiker  0.0037279 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1525  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.23 
 
 		 144 aa  46.2  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0168753  normal  0.844163 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0352  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.39 
 
 		 145 aa  46.2  0.0002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0388  biopolymer transport protein  24.39 
 
 		 145 aa  46.2  0.0002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2301  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.07 
 
 		 133 aa  45.4  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0632  biopolymer transport protein ExbD, putative  30.4 
 
 		 139 aa  45.4  0.0003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.362389 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0325  TonB system transport protein ExbD1  28.93 
 
 		 138 aa  45.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000982985  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1436  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.06 
 
 		 133 aa  45.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.88 
 
 		 141 aa  44.7  0.0004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0711  putative biopolymer transport protein  30.89 
 
 		 140 aa  44.7  0.0005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0310861 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001353  biopolymer transport protein ExbD1  26.62 
 
 		 137 aa  44.3  0.0006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000434471  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1851  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.38 
 
 		 145 aa  44.3  0.0006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0560  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.2 
 
 		 137 aa  43.9  0.0008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.326497 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1397  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.4 
 
 		 140 aa  43.5  0.0008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0589  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.78 
 
 		 177 aa  43.9  0.0008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.768385  normal  0.646896 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0634  hypothetical protein  37.74 
 
 		 177 aa  43.9  0.0008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1866  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.25 
 
 		 142 aa  43.5  0.0009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.838345 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2941  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.53 
 
 		 140 aa  42.7  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000159512  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1634  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.83 
 
 		 143 aa  43.5  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0335583  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2733  protein TolR  28.46 
 
 		 145 aa  42.7  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0139663  hitchhiker  0.0000179602 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  27.27 
 
 		 135 aa  42.7  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  0.00000182227 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0915  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.17 
 
 		 140 aa  43.5  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.574244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00589  biopolymer transport protein  26.02 
 
 		 154 aa  43.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.265658  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2088  tolR protein  28.24 
 
 		 145 aa  43.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00030908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0840  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.06 
 
 		 137 aa  43.5  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0352738 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2179  hypothetical protein  25.41 
 
 		 146 aa  42.4  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.81 
 
 		 138 aa  42.7  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.69 
 
 		 136 aa  42.4  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1613  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.14 
 
 		 142 aa  42.7  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.921592  normal  0.194939 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  26.56 
 
 		 136 aa  42.4  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0453  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.09 
 
 		 134 aa  42.4  0.002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00775346  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3216  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.35 
 
 		 141 aa  42  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300081  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0285  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.58 
 
 		 149 aa  41.6  0.003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05242  biopolymer transport protein  27.27 
 
 		 137 aa  42  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1587  protein TolR  28.93 
 
 		 138 aa  42  0.003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.437138  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3074  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.4 
 
 		 136 aa  42  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00262954  normal  0.170197 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3313  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.17 
 
 		 135 aa  42  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.93238  normal  0.758523 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1587  hypothetical protein  40 
 
 		 177 aa  42  0.003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0166263 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1227  tolR protein  27.48 
 
 		 146 aa  42  0.003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2540  protein TolR  28.46 
 
 		 144 aa  41.2  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000662541  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.84 
 
 		 136 aa  41.6  0.004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0573  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28 
 
 		 139 aa  41.6  0.004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.234389  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1744  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.46 
 
 		 144 aa  41.2  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000276409  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1740  biopolymer transport TolR  28.46 
 
 		 144 aa  41.2  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000388711  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0571  hypothetical protein  38.1 
 
 		 177 aa  40.8  0.005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.487342 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0185  ferric siderophore transport system,innermembrane protein E  33.88 
 
 		 131 aa  41.2  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.224438  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.12 
 
 		 128 aa  40.8  0.006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.122502  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0604  hypothetical protein  48.65 
 
 		 177 aa  40.8  0.006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0997  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.06 
 
 		 141 aa  40.8  0.006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.975721 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1427  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.18 
 
 		 218 aa  40.8  0.007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0011  biopolymer transport ExbD1 protein  24.39 
 
 		 139 aa  40.4  0.007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.08 
 
 		 166 aa  40.8  0.007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2262  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.33 
 
 		 141 aa  40.4  0.008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.144392  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25500  hypothetical protein  24.59 
 
 		 146 aa  40.4  0.008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.236019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0355  branched-chain amino acid aminotransferase I  30.43 
 
 		 134 aa  40.4  0.008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00931363  normal  0.438435 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0010  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.2 
 
 		 141 aa  40.4  0.008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041719 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2229  inner membrane protein  32.17 
 
 		 141 aa  40.4  0.009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.243191  normal  0.205918 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4624  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.17 
 
 		 137 aa  40.4  0.009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000994253 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1855  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.69 
 
 		 144 aa  40  0.01  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126112  normal  0.766522 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2145  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.4 
 
 		 167 aa  40  0.01  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1460  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.15 
 
 		 142 aa  40  0.01  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00381179  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>