146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4050 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_4050  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  100 
 
 
135 aa  254  2e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.207243  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41060  hypothetical protein  51.33 
 
 
153 aa  107  8.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.222653  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1583  S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  49.6 
 
 
147 aa  97.8  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647128  normal  0.610133 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0484  hypothetical protein  47.93 
 
 
161 aa  95.5  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0241  S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  50 
 
 
175 aa  87.8  5e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2645  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase family protein  38.71 
 
 
149 aa  85.5  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.670589  normal  0.023044 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1579  hypothetical protein  44.88 
 
 
153 aa  84.3  5e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0909  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  38.79 
 
 
157 aa  83.6  8e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.651251  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0739  hypothetical protein  43.88 
 
 
144 aa  82.8  0.000000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00000109316  decreased coverage  0.00117402 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4292  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  42.19 
 
 
158 aa  81.3  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155454  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1884  putative protein-S-isoprenylcysteine methyltransferase  50 
 
 
147 aa  80.9  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4186  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  44.96 
 
 
158 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.537222 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4951  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  39.29 
 
 
158 aa  77.4  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.565064  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46610  hypothetical protein  40.95 
 
 
157 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000109558  hitchhiker  0.00000145614 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2751  hypothetical protein  41.96 
 
 
175 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0716915  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2935  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  38.24 
 
 
160 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02122  hypothetical protein  39.37 
 
 
137 aa  72  0.000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3074  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  39.37 
 
 
148 aa  72  0.000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3338  hypothetical protein  40 
 
 
154 aa  70.5  0.000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1232  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase family protein  37.5 
 
 
158 aa  69.3  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.054338 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3366  S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  39.84 
 
 
153 aa  68.2  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1260  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  40 
 
 
159 aa  67.4  0.00000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3564  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  44.44 
 
 
147 aa  67  0.00000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1559  hypothetical protein  33.58 
 
 
161 aa  65.5  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2201  hypothetical protein  36.15 
 
 
147 aa  65.9  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.735697  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3140  putative protein-S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  43.48 
 
 
152 aa  65.1  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0549373  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2487  putative protein-S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  43.48 
 
 
152 aa  64.7  0.0000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.159987  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2821  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase family protein  39.18 
 
 
139 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0685  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  39.78 
 
 
147 aa  63.2  0.000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2990  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  39.67 
 
 
226 aa  62.8  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1777  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  40.21 
 
 
151 aa  61.2  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2616  Transmembrane protein  32.43 
 
 
158 aa  61.2  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0186317  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0255  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase family protein  33.33 
 
 
153 aa  60.5  0.000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0358  S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  37.29 
 
 
147 aa  60.8  0.000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3315  hypothetical protein  32.35 
 
 
159 aa  58.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0211298 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1881  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  35.96 
 
 
219 aa  58.2  0.00000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2035  hypothetical protein  35.54 
 
 
141 aa  57.8  0.00000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.984439  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1384  putative protein-S-isoprenylcysteine methyltransferase-like  35.71 
 
 
133 aa  57.4  0.00000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00401101  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0318  hypothetical protein  35.29 
 
 
168 aa  57.4  0.00000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0673382  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3464  hypothetical protein  37.78 
 
 
155 aa  56.2  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000408607 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0213  S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  34.85 
 
 
198 aa  55.5  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1321  Putative protein-S-isoprenylcysteine methyltransferase-like  36.36 
 
 
285 aa  55.5  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.6164  normal  0.122165 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0636  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  30.7 
 
 
187 aa  55.5  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000367771  unclonable  0.0000000000992166 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2216  hypothetical protein  37.96 
 
 
189 aa  55.1  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.660461  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1871  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  37.96 
 
 
189 aa  55.1  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0919541  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2179  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  33.33 
 
 
219 aa  55.5  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0864264 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1856  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  34.75 
 
 
219 aa  55.5  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.144827 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1249  membrane protein  30.99 
 
 
155 aa  55.1  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.171454  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1432  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  32.14 
 
 
187 aa  55.1  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2544  S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  34.62 
 
 
242 aa  55.1  0.0000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.5509  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0781  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  31.19 
 
 
189 aa  53.9  0.0000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.225749  normal  0.571315 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1952  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  28.44 
 
 
191 aa  53.9  0.0000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.771752 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2022  hypothetical protein  35.34 
 
 
219 aa  52.8  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.166485  normal  0.296374 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5331  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  34.91 
 
 
219 aa  53.5  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0424  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  38.4 
 
 
218 aa  53.5  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3105  hypothetical protein  34.83 
 
 
163 aa  52.4  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.065717 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4789  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  33.93 
 
 
219 aa  52.4  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0819  hypothetical protein  36.29 
 
 
155 aa  52.8  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000140938  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02064  hypothetical protein  34.41 
 
 
153 aa  52.4  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3233  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  25 
 
 
201 aa  52  0.000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000276448  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3255  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  30.97 
 
 
209 aa  51.6  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1004  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  29.91 
 
 
202 aa  52  0.000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  decreased coverage  0.00191791  normal  0.0260384 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4519  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  35.16 
 
 
222 aa  51.2  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.105752  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0763  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  33.93 
 
 
188 aa  51.2  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0782  putative protein-S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  36.56 
 
 
157 aa  50.8  0.000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0012  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  33.96 
 
 
219 aa  50.8  0.000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3527  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  37.04 
 
 
217 aa  50.8  0.000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.528255  normal  0.428685 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4175  hypothetical protein  36.78 
 
 
165 aa  50.8  0.000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.378681 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1255  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  33.7 
 
 
216 aa  50.4  0.000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.828102  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0208  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  33.64 
 
 
219 aa  50.4  0.000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.427112 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0810  Putative protein-S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  34.26 
 
 
150 aa  50.1  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003725  putative protein-S-isoprenylcysteine methyltransferase  31.86 
 
 
126 aa  50.1  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000164684  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3804  hypothetical protein  39.24 
 
 
208 aa  49.3  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0419  putative integral membrane protein  31.5 
 
 
365 aa  48.9  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6308  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  31.2 
 
 
214 aa  49.3  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0557  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  32.41 
 
 
189 aa  48.1  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.704301  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3272  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  32.41 
 
 
189 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.116299  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5096  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  32.41 
 
 
189 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.887346  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2214  hypothetical protein  42.11 
 
 
166 aa  47.8  0.00005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5186  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  32.41 
 
 
189 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.012103  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2871  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  32.2 
 
 
195 aa  47.8  0.00005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0257  hypothetical protein  33.33 
 
 
194 aa  47.4  0.00006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3520  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  31.25 
 
 
196 aa  47.8  0.00006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.492872  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0233  hypothetical protein  33.33 
 
 
194 aa  47.4  0.00006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1466  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  30.43 
 
 
222 aa  47  0.00009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2418  hypothetical protein  31.53 
 
 
167 aa  47  0.0001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00337114  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1176  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  32.61 
 
 
216 aa  46.6  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.16042  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0537  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  31.52 
 
 
233 aa  46.6  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.386143 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0410  hypothetical protein  39.47 
 
 
170 aa  46.6  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.746594  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2758  hypothetical protein  36.84 
 
 
160 aa  46.2  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0060401  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2780  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  35.51 
 
 
199 aa  46.6  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0802217  hitchhiker  0.0000249152 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5033  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  32.73 
 
 
189 aa  46.2  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.46797  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4508  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  32.73 
 
 
189 aa  46.2  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.142776  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0074  hypothetical protein  30.28 
 
 
253 aa  45.8  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.535249 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0028  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  30.09 
 
 
219 aa  45.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1081  S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  31.3 
 
 
206 aa  45.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0024  hypothetical protein  34.91 
 
 
238 aa  45.1  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0786  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  34.55 
 
 
221 aa  45.1  0.0004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1643  lipid A phosphate methyltransferase  33.78 
 
 
254 aa  45.1  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00799898  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1429  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase family protein  34.91 
 
 
241 aa  45.1  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>