100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0484 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0484  hypothetical protein  100 
 
 		 161 aa  319  8e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41060  hypothetical protein  45.32 
 
 		 153 aa  104  5e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.222653  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4292  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  37.82 
 
 		 158 aa  87  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02122  hypothetical protein  41.44 
 
 		 137 aa  83.2  0.000000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4050  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  49.46 
 
 		 135 aa  79.7  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.207243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0909  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  36.81 
 
 		 157 aa  78.2  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.651251  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2751  hypothetical protein  39 
 
 		 175 aa  77.8  0.00000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0716915  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1260  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  41.44 
 
 		 159 aa  75.1  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4951  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  38.74 
 
 		 158 aa  75.5  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.565064  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46610  hypothetical protein  41.49 
 
 		 157 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000109558  hitchhiker  0.00000145614 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1559  hypothetical protein  32.68 
 
 		 161 aa  73.2  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1579  hypothetical protein  36.18 
 
 		 153 aa  71.6  0.000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0739  hypothetical protein  38.78 
 
 		 144 aa  70.1  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00000109316  decreased coverage  0.00117402 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2201  hypothetical protein  37.07 
 
 		 147 aa  70.1  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.735697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4186  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  41.24 
 
 		 158 aa  70.1  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.537222 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2616  Transmembrane protein  34.23 
 
 		 158 aa  70.1  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0186317  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2645  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase family protein  37.86 
 
 		 149 aa  66.6  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.670589  normal  0.023044 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1583  S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  39.29 
 
 		 147 aa  66.6  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647128  normal  0.610133 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3338  hypothetical protein  40.22 
 
 		 154 aa  64.3  0.0000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3366  S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  37.61 
 
 		 153 aa  64.3  0.0000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2821  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase family protein  45.83 
 
 		 139 aa  64.3  0.0000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0358  S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  32.79 
 
 		 147 aa  63.9  0.0000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2935  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  38.89 
 
 		 160 aa  63.5  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3140  putative protein-S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  36.67 
 
 		 152 aa  61.6  0.000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0549373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3315  hypothetical protein  29.86 
 
 		 159 aa  61.6  0.000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0211298 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2487  putative protein-S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  36 
 
 		 152 aa  61.2  0.000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.159987  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3464  hypothetical protein  33.68 
 
 		 155 aa  60.1  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000408607 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1384  putative protein-S-isoprenylcysteine methyltransferase-like  35.19 
 
 		 133 aa  59.3  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00401101  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1232  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase family protein  34.03 
 
 		 158 aa  59.7  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.054338 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2035  hypothetical protein  35.09 
 
 		 141 aa  57.8  0.00000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.984439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0241  S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  36.75 
 
 		 175 aa  57  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0685  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  37.72 
 
 		 147 aa  57  0.0000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02064  hypothetical protein  31.54 
 
 		 153 aa  56.2  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0255  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase family protein  35.05 
 
 		 153 aa  56.2  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0410  hypothetical protein  38.18 
 
 		 170 aa  55.8  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.746594  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1884  putative protein-S-isoprenylcysteine methyltransferase  36.75 
 
 		 147 aa  55.5  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2214  hypothetical protein  41.05 
 
 		 166 aa  55.1  0.0000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1432  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  30.97 
 
 		 187 aa  54.3  0.0000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2482  hypothetical protein  38.98 
 
 		 169 aa  53.9  0.0000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.492151  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2990  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  39.64 
 
 		 226 aa  53.5  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2758  hypothetical protein  36.36 
 
 		 160 aa  52.8  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0060401  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2418  hypothetical protein  28.57 
 
 		 167 aa  52.4  0.000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00337114  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2544  S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  28.23 
 
 		 242 aa  52  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.5509  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0636  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  29.93 
 
 		 187 aa  52  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000367771  unclonable  0.0000000000992166 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1777  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  38.14 
 
 		 151 aa  52  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2780  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  31.19 
 
 		 199 aa  51.2  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0802217  hitchhiker  0.0000249152 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1081  S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  32.5 
 
 		 206 aa  51.2  0.000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3805  hypothetical protein  30.88 
 
 		 160 aa  50.8  0.000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003725  putative protein-S-isoprenylcysteine methyltransferase  35.2 
 
 		 126 aa  50.8  0.000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000164684  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0819  hypothetical protein  39.6 
 
 		 155 aa  50.8  0.000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000140938  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0318  hypothetical protein  31.29 
 
 		 168 aa  50.4  0.000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0673382  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2022  hypothetical protein  30.18 
 
 		 219 aa  50.1  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.166485  normal  0.296374 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1856  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  30.3 
 
 		 219 aa  50.4  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.144827 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0345  protein-S-isoprenylcysteine O-methyltransferase-like protein  37.74 
 
 		 126 aa  50.1  0.00001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.7101  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0419  putative integral membrane protein  28.33 
 
 		 365 aa  49.3  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0782  putative protein-S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  35.51 
 
 		 157 aa  47.8  0.00006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3520  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  32.14 
 
 		 196 aa  47.4  0.00008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.492872  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0781  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  32.2 
 
 		 189 aa  47.4  0.00008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.225749  normal  0.571315 
 
 
-
 
NC_002950  PG1466  hypothetical protein  27.67 
 
 		 190 aa  46.6  0.0001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3105  hypothetical protein  30.23 
 
 		 163 aa  46.6  0.0001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.065717 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2179  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  30.59 
 
 		 219 aa  46.2  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0864264 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3689  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  30.25 
 
 		 170 aa  46.6  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.699231  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2564  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  27.44 
 
 		 230 aa  45.8  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1952  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  30 
 
 		 191 aa  45.8  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.771752 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0824  hypothetical protein  38.67 
 
 		 166 aa  46.6  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.259993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4508  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  31.55 
 
 		 189 aa  45.8  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.142776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1746  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  31.36 
 
 		 194 aa  45.4  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6308  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  32.53 
 
 		 214 aa  45.4  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1321  Putative protein-S-isoprenylcysteine methyltransferase-like  30.7 
 
 		 285 aa  45.4  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.6164  normal  0.122165 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4105  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  32 
 
 		 206 aa  45.1  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.698715  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1643  lipid A phosphate methyltransferase  35.29 
 
 		 254 aa  44.3  0.0007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00799898  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3233  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  34.09 
 
 		 201 aa  44.3  0.0007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000276448  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0233  hypothetical protein  32.35 
 
 		 194 aa  44.3  0.0007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0257  hypothetical protein  32.35 
 
 		 194 aa  44.3  0.0008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1821  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  29.91 
 
 		 195 aa  43.9  0.0008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.153367  normal  0.65944 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0012  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  29.75 
 
 		 219 aa  43.9  0.0009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2871  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  29.73 
 
 		 195 aa  43.9  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5015  hypothetical protein  36.28 
 
 		 242 aa  43.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1791  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  33.75 
 
 		 191 aa  43.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.823427 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2817  S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  31.76 
 
 		 250 aa  42.7  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0429  nickel-cobalt-cadmium resistance protein  36.14 
 
 		 206 aa  43.1  0.002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3564  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  34.78 
 
 		 147 aa  43.1  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5033  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  36.45 
 
 		 189 aa  43.1  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.46797  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0213  Putative protein-S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  30.53 
 
 		 166 aa  42  0.003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.308894 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0644  CzcN domain-containing protein  30.97 
 
 		 199 aa  42.4  0.003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.193641  normal  0.541677 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4722  S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  31.58 
 
 		 185 aa  42.4  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.680037 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2107  putative protein-S-isoprenylcysteine methyltransferase  30.34 
 
 		 202 aa  42  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0810  Putative protein-S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  32.47 
 
 		 150 aa  42  0.004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0213  S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  30.47 
 
 		 198 aa  41.6  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0193  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  29.81 
 
 		 229 aa  41.6  0.005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.00375189  decreased coverage  0.000266905 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2861  hypothetical protein  28.81 
 
 		 208 aa  41.2  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.342932  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1112  hypothetical protein  27.66 
 
 		 147 aa  41.6  0.005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5096  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  28.07 
 
 		 189 aa  41.2  0.006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.887346  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3272  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  28.07 
 
 		 189 aa  41.2  0.006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.116299  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0557  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  28.07 
 
 		 189 aa  41.2  0.006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.704301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1069  hypothetical protein  27.89 
 
 		 392 aa  40.8  0.008  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3566  S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  37.04 
 
 		 196 aa  40.8  0.008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.273519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0763  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  25 
 
 		 188 aa  40.4  0.009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0672  nickel-cobalt-cadmium resistance protein NCCN  25.66 
 
 		 206 aa  40.4  0.009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2331  S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  30.26 
 
 		 184 aa  40.4  0.009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0387796  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>