170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2022 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc2022  hypothetical protein  100 
 
 
219 aa  424  1e-118  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.166485  normal  0.296374 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2179  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  73.06 
 
 
219 aa  317  1e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0864264 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1856  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  74.89 
 
 
219 aa  305  3e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.144827 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0028  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  63.93 
 
 
219 aa  293  9e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0208  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  63.93 
 
 
219 aa  288  4e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.427112 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5331  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  67.12 
 
 
219 aa  286  2e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4789  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  66.21 
 
 
219 aa  281  7.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1881  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  63.47 
 
 
219 aa  275  3e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0012  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  63.01 
 
 
219 aa  275  4e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4825  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  64.84 
 
 
219 aa  274  7e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.776236 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5417  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  64.84 
 
 
219 aa  274  7e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.481614  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5444  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  64.84 
 
 
219 aa  274  7e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.508922 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3527  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  60.19 
 
 
217 aa  266  1e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.528255  normal  0.428685 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0763  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  36.84 
 
 
188 aa  77.8  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0501  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  37.5 
 
 
209 aa  77  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6308  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  33.85 
 
 
214 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1952  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  35.71 
 
 
191 aa  72.8  0.000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.771752 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2216  hypothetical protein  39.66 
 
 
189 aa  72.8  0.000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.660461  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1871  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  39.66 
 
 
189 aa  72.8  0.000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0919541  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1004  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  37.29 
 
 
202 aa  69.7  0.00000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  decreased coverage  0.00191791  normal  0.0260384 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13450  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  32.74 
 
 
212 aa  66.2  0.0000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2871  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  40.2 
 
 
195 aa  64.3  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1062  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  37.61 
 
 
205 aa  63.9  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.600459  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0557  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  35.4 
 
 
189 aa  62  0.000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.704301  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2780  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  39.25 
 
 
199 aa  61.6  0.000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0802217  hitchhiker  0.0000249152 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0257  hypothetical protein  39.22 
 
 
194 aa  61.6  0.000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0233  hypothetical protein  39.22 
 
 
194 aa  61.6  0.000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1797  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  41.96 
 
 
203 aa  61.2  0.00000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1436  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase family protein  35.09 
 
 
222 aa  60.5  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.878923  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0781  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  33.93 
 
 
189 aa  60.5  0.00000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.225749  normal  0.571315 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1821  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  36.19 
 
 
195 aa  59.7  0.00000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.153367  normal  0.65944 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10821  S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  28.89 
 
 
188 aa  60.1  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.198126  normal  0.195099 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4508  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  33.33 
 
 
189 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.142776  normal 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4519  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  40.45 
 
 
222 aa  60.1  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.105752  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1746  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  35.24 
 
 
194 aa  59.3  0.00000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3272  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  34.51 
 
 
189 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.116299  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5096  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  34.51 
 
 
189 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.887346  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5186  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  34.51 
 
 
189 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.012103  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5033  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  34.51 
 
 
189 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.46797  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1234  hypothetical protein  37.23 
 
 
167 aa  58.2  0.00000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0259963 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2688  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  33.33 
 
 
227 aa  57.4  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3520  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  34.38 
 
 
196 aa  57.4  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.492872  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1486  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  42.55 
 
 
221 aa  57.4  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0410752  normal  0.390877 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3566  S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  34.74 
 
 
196 aa  55.8  0.0000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.273519  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1255  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  33.91 
 
 
216 aa  55.8  0.0000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.828102  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2107  putative protein-S-isoprenylcysteine methyltransferase  35.8 
 
 
202 aa  55.5  0.0000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0193  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  27.41 
 
 
229 aa  55.5  0.0000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.00375189  decreased coverage  0.000266905 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6146  hypothetical protein  29.06 
 
 
207 aa  55.5  0.0000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0971  normal  0.0597032 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5297  hypothetical protein  35.8 
 
 
220 aa  54.7  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.524073  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1466  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  32.03 
 
 
222 aa  54.7  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1657  hypothetical protein  35.8 
 
 
220 aa  54.7  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00667866  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03462  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase (icmt) family  42.11 
 
 
90 aa  54.3  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0571  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  29.66 
 
 
207 aa  53.5  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.537112  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2709  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  34.07 
 
 
235 aa  53.9  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4737  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  33.33 
 
 
196 aa  53.9  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1432  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  32 
 
 
187 aa  53.9  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_60928  predicted protein  30.16 
 
 
243 aa  53.9  0.000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.20813  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3707  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  28.57 
 
 
159 aa  53.9  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00900207 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2341  hypothetical protein  30.43 
 
 
221 aa  53.1  0.000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4589  heavy metal translocating P-type ATPase  34.12 
 
 
1020 aa  53.1  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.020179  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2029  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  33.33 
 
 
161 aa  52.8  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000425437  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1271  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  33.59 
 
 
195 aa  52.8  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.189432  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0786  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  38.79 
 
 
221 aa  52.8  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4501  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  35.71 
 
 
224 aa  52.4  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.843705 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1176  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  38.75 
 
 
216 aa  51.6  0.000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.16042  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2544  S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  40.26 
 
 
242 aa  51.6  0.000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.5509  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5389  hypothetical protein  32.24 
 
 
219 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0460462 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2418  hypothetical protein  31.33 
 
 
167 aa  50.8  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00337114  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5364  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  34.62 
 
 
220 aa  50.8  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3999  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  35.05 
 
 
224 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.147768  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2503  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  32.74 
 
 
162 aa  50.4  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4073  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  35.05 
 
 
224 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.222565  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0469  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  40.48 
 
 
206 aa  50.1  0.00003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0484  hypothetical protein  30.18 
 
 
161 aa  50.1  0.00003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2935  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  39.24 
 
 
160 aa  50.1  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1384  putative protein-S-isoprenylcysteine methyltransferase-like  37.97 
 
 
133 aa  50.1  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00401101  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0782  putative protein-S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  39.24 
 
 
157 aa  49.7  0.00004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4722  S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  37.35 
 
 
185 aa  49.7  0.00004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.680037 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2343  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  31.25 
 
 
215 aa  49.3  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0551163  normal  0.704732 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5321  protein-S-isoprenylcysteine methyltransferase  34.88 
 
 
221 aa  49.3  0.00005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2713  hypothetical protein  34 
 
 
222 aa  49.3  0.00005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00064672  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1707  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  34.88 
 
 
221 aa  49.3  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0544116  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1564  S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  28.99 
 
 
224 aa  49.3  0.00005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.737038  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0275  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  29.35 
 
 
213 aa  48.9  0.00006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.6638  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0537  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  36.56 
 
 
233 aa  48.9  0.00006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.386143 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1112  hypothetical protein  32.46 
 
 
147 aa  48.5  0.00008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4540  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  31 
 
 
216 aa  48.5  0.00008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1321  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  33.33 
 
 
239 aa  48.1  0.00009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2645  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase family protein  31.01 
 
 
149 aa  48.1  0.00009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.670589  normal  0.023044 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0026  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  31.58 
 
 
219 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.158025  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0024  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  31.58 
 
 
219 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.740206 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02122  hypothetical protein  39.53 
 
 
137 aa  47.8  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2219  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  43.33 
 
 
225 aa  47.8  0.0001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.0421811 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20970  putative protein-S-isoprenylcysteine methyltransferase  36.36 
 
 
184 aa  47.8  0.0001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3338  hypothetical protein  41.46 
 
 
154 aa  48.1  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2616  Transmembrane protein  32.79 
 
 
158 aa  47.8  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0186317  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3663  hypothetical protein  40.74 
 
 
253 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5298  hypothetical protein  40.74 
 
 
253 aa  48.1  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.184703 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0213  Putative protein-S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  36.25 
 
 
166 aa  47.8  0.0001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.308894 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0025  S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  31.58 
 
 
219 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.785805  hitchhiker  0.000421243 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>