122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2616 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_2616  Transmembrane protein  100 
 
 
158 aa  327  5.0000000000000004e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0186317  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0909  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  42.68 
 
 
157 aa  120  6e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.651251  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4951  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  44.74 
 
 
158 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.565064  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4292  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  41.45 
 
 
158 aa  110  6e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155454  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4186  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  39.1 
 
 
158 aa  100  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.537222 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1260  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  38.96 
 
 
159 aa  95.9  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1384  putative protein-S-isoprenylcysteine methyltransferase-like  38.26 
 
 
133 aa  70.9  0.000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00401101  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0484  hypothetical protein  34.23 
 
 
161 aa  70.1  0.00000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0739  hypothetical protein  39.22 
 
 
144 aa  69.3  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00000109316  decreased coverage  0.00117402 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1559  hypothetical protein  28.97 
 
 
161 aa  67  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3464  hypothetical protein  37.93 
 
 
155 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000408607 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02122  hypothetical protein  30.65 
 
 
137 aa  66.6  0.0000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3315  hypothetical protein  35.35 
 
 
159 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0211298 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1579  hypothetical protein  33.12 
 
 
153 aa  63.5  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0275  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  30 
 
 
213 aa  58.9  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.6638  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3366  S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  30.56 
 
 
153 aa  58.2  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2645  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase family protein  28.57 
 
 
149 aa  57.8  0.00000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.670589  normal  0.023044 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3527  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  31.36 
 
 
217 aa  57.4  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.528255  normal  0.428685 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0012  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  28.99 
 
 
219 aa  57.4  0.00000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2935  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  34.17 
 
 
160 aa  57  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1232  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase family protein  38 
 
 
158 aa  57  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.054338 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0255  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase family protein  33 
 
 
153 aa  55.8  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1952  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  30.36 
 
 
191 aa  55.8  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.771752 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4722  S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  35.44 
 
 
185 aa  55.8  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.680037 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2544  S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  37.04 
 
 
242 aa  56.2  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.5509  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41060  hypothetical protein  30.07 
 
 
153 aa  56.2  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.222653  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1881  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  31.51 
 
 
219 aa  55.8  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1777  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  37.35 
 
 
151 aa  55.1  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3520  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  26.36 
 
 
196 aa  53.9  0.0000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.492872  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1432  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  30.25 
 
 
187 aa  53.9  0.0000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2751  hypothetical protein  28.28 
 
 
175 aa  53.5  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0716915  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4789  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  32.2 
 
 
219 aa  53.1  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46610  hypothetical protein  42.31 
 
 
157 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000109558  hitchhiker  0.00000145614 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4050  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  33.33 
 
 
135 aa  53.1  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.207243  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1583  S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  29.46 
 
 
147 aa  53.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647128  normal  0.610133 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0685  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  32.26 
 
 
147 aa  53.5  0.000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5331  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  31.36 
 
 
219 aa  53.1  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2817  S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  29.69 
 
 
250 aa  52.8  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0186  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  31.82 
 
 
218 aa  53.1  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02064  hypothetical protein  28.57 
 
 
153 aa  52.8  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6146  hypothetical protein  31.37 
 
 
207 aa  52  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0971  normal  0.0597032 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2990  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  33.72 
 
 
226 aa  52  0.000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2737  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  30.91 
 
 
218 aa  51.6  0.000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3233  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  35.53 
 
 
201 aa  51.6  0.000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000276448  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2107  putative protein-S-isoprenylcysteine methyltransferase  32.18 
 
 
202 aa  50.4  0.000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3338  hypothetical protein  35.63 
 
 
154 aa  50.1  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0781  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  27.52 
 
 
189 aa  50.1  0.00001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.225749  normal  0.571315 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2487  putative protein-S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  39.24 
 
 
152 aa  50.4  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.159987  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0824  hypothetical protein  34.72 
 
 
166 aa  49.7  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.259993  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4887  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  32.95 
 
 
220 aa  49.3  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.724269 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2780  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  32.65 
 
 
199 aa  49.3  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0802217  hitchhiker  0.0000249152 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2821  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase family protein  32.46 
 
 
139 aa  48.9  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1856  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  30.4 
 
 
219 aa  48.1  0.00005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.144827 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1436  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase family protein  30.43 
 
 
222 aa  48.1  0.00005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.878923  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0571  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  34.41 
 
 
207 aa  47.8  0.00005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.537112  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2022  hypothetical protein  32.79 
 
 
219 aa  47.8  0.00006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.166485  normal  0.296374 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1746  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  28.26 
 
 
194 aa  47.8  0.00006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3140  putative protein-S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  37.97 
 
 
152 aa  47.8  0.00006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0549373  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0802  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  29.63 
 
 
204 aa  47.8  0.00006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2331  S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  31.58 
 
 
184 aa  47.4  0.00008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0387796  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0636  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  26.89 
 
 
187 aa  47.4  0.00008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000367771  unclonable  0.0000000000992166 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2871  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  30.43 
 
 
195 aa  47.4  0.00008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2758  hypothetical protein  38.16 
 
 
160 aa  47.4  0.00009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0060401  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0213  Putative protein-S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  30.12 
 
 
166 aa  46.6  0.0001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.308894 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0257  hypothetical protein  29.57 
 
 
194 aa  46.6  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1821  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  29.35 
 
 
195 aa  47  0.0001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.153367  normal  0.65944 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0233  hypothetical protein  29.57 
 
 
194 aa  46.6  0.0001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2179  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  31.93 
 
 
219 aa  47  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0864264 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0208  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  28.21 
 
 
219 aa  46.2  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.427112 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0763  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  27.81 
 
 
188 aa  46.2  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0358  S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  29.91 
 
 
147 aa  46.2  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2343  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  30.43 
 
 
215 aa  46.2  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0551163  normal  0.704732 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2035  hypothetical protein  30.91 
 
 
141 aa  45.4  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.984439  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0782  putative protein-S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  29.29 
 
 
157 aa  45.1  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0213  S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  28.26 
 
 
198 aa  45.8  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4519  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  30 
 
 
222 aa  45.4  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.105752  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1004  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  24.07 
 
 
202 aa  45.4  0.0003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  decreased coverage  0.00191791  normal  0.0260384 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1224  hypothetical protein  28.57 
 
 
186 aa  45.4  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2118  nickel-cobalt-cadmium resistance protein  28.4 
 
 
204 aa  45.1  0.0004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.395096  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0419  hypothetical protein  30.43 
 
 
214 aa  45.1  0.0004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0318  hypothetical protein  29.41 
 
 
168 aa  45.1  0.0004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0673382  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2033  nickel-cobalt-cadmium resistance protein  28.4 
 
 
204 aa  45.1  0.0004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3074  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  27.5 
 
 
148 aa  45.1  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1176  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  32.61 
 
 
216 aa  44.7  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.16042  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1062  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  29.06 
 
 
205 aa  44.7  0.0005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.600459  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0419  putative integral membrane protein  32.08 
 
 
365 aa  44.7  0.0005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5190  hypothetical protein  33.77 
 
 
437 aa  44.7  0.0006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0726392  normal  0.528978 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_60928  predicted protein  30.91 
 
 
243 aa  44.3  0.0006  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.20813  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2201  hypothetical protein  31.69 
 
 
147 aa  44.3  0.0006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.735697  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3105  hypothetical protein  25.98 
 
 
163 aa  44.3  0.0006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.065717 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2564  hypothetical protein  34.55 
 
 
166 aa  44.3  0.0007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000314462  hitchhiker  0.0084988 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12101  S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  32.79 
 
 
157 aa  44.3  0.0007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.35816  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1884  putative protein-S-isoprenylcysteine methyltransferase  34.15 
 
 
147 aa  43.9  0.0009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0241  S-isoprenylcysteine methyltransferase-like protein  31.25 
 
 
175 aa  43.5  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4540  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  30.43 
 
 
216 aa  43.5  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1692  hypothetical protein  35.38 
 
 
235 aa  43.9  0.001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.0161131 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_86391  predicted protein  32.65 
 
 
196 aa  43.1  0.001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1321  Putative protein-S-isoprenylcysteine methyltransferase-like  31.65 
 
 
285 aa  43.5  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.6164  normal  0.122165 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2029  Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  28.75 
 
 
161 aa  43.5  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000425437  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1255  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  29.35 
 
 
216 aa  42.4  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.828102  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>