140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3915 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3915  transthyretin  100 
 
 		 116 aa  241  1.9999999999999999e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.471177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3205  hydroxyisourate hydrolase  69.23 
 
 		 117 aa  164  4e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.429089 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3476  transthyretin  63.56 
 
 		 118 aa  151  2.9999999999999998e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.367567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2684  putative transthyretin-like protein  62.07 
 
 		 121 aa  142  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.427872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2609  transthyretin  60.17 
 
 		 118 aa  141  3e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.178582  normal  0.846937 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2832  transthyretin  60.87 
 
 		 121 aa  137  6e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0068  transthyretin  58.97 
 
 		 118 aa  134  5e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1390  hydroxyisourate hydrolase  59.13 
 
 		 118 aa  132  9.999999999999999e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.177512  normal  0.143867 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1346  hydroxyisourate hydrolase  54.78 
 
 		 116 aa  131  1.9999999999999998e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.49301  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44820  putative transthyretin family protein  58.62 
 
 		 126 aa  131  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.918574  normal  0.119551 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3816  hydroxyisourate hydrolase  57.76 
 
 		 127 aa  130  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.282714  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4492  hydroxyisourate hydrolase  59.48 
 
 		 120 aa  130  6e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.182838 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1555  transthyretin-like protein  59.48 
 
 		 117 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.552439  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21140  hydroxyisourate hydrolase, transthyretin family protein  56.64 
 
 		 116 aa  128  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6121  transthyretin  55.17 
 
 		 117 aa  128  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1957  transthyretin  55.17 
 
 		 117 aa  128  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1981  hydroxyisourate hydrolase  55.17 
 
 		 117 aa  128  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.081167 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1872  hydroxyisourate hydrolase  54.31 
 
 		 117 aa  127  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.889998  normal  0.0980153 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3291  hydroxyisourate hydrolase  56.03 
 
 		 117 aa  127  5.0000000000000004e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.379415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0207  transthyretin  58.62 
 
 		 117 aa  127  6e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.384919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5268  transthyretin  54.31 
 
 		 117 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.137738 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1945  transthyretin  54.31 
 
 		 117 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1312  hydroxyisourate hydrolase  54.31 
 
 		 206 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00965379 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3340  hydroxyisourate hydrolase  56.52 
 
 		 118 aa  124  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.555272  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2844  transthyretin  55.93 
 
 		 111 aa  124  4.0000000000000003e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3036  transthyretin  55.17 
 
 		 117 aa  124  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0695  hydroxyisourate hydrolase  52.99 
 
 		 118 aa  124  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4619  hydroxyisourate hydrolase  53.45 
 
 		 123 aa  124  5e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.437716 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1708  transthyretin  54.31 
 
 		 117 aa  123  7e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.187412  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3148  hydroxyisourate hydrolase  59.13 
 
 		 118 aa  123  7e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300279  normal  0.943913 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1294  hydroxyisourate hydrolase  52.59 
 
 		 117 aa  123  9e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2434  transthyretin  55.17 
 
 		 117 aa  122  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2884  hydroxyisourate hydrolase  59.13 
 
 		 118 aa  122  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.11874 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1934  putative transthyretin-like protein  53.45 
 
 		 117 aa  121  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2324  hydroxyisourate hydrolase  52.59 
 
 		 117 aa  122  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.511264  normal  0.334945 
 
 
-
 
NC_004310  BR0508  hypothetical protein  52.94 
 
 		 118 aa  121  3e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0511  hydroxyisourate hydrolase  52.94 
 
 		 118 aa  121  3e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3611  hydroxyisourate hydrolase  52.59 
 
 		 117 aa  120  8e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.430167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1810  transthyretin  52.59 
 
 		 117 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.149367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2757  transthyretin  52.59 
 
 		 117 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.489231  normal  0.166058 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2121  hydroxyisourate hydrolase  51.75 
 
 		 116 aa  119  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156864 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2256  hydroxyisourate hydrolase  54.31 
 
 		 117 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.894815 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1933  hydroxyisourate hydrolase  53.45 
 
 		 117 aa  117  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0633664 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2602  transthyretin  54.7 
 
 		 124 aa  117  7e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.166489  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2072  transthyretin family protein  51.72 
 
 		 194 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.835202  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0861  hydroxyisourate hydrolase  51.75 
 
 		 117 aa  114  3e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.386947  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0779  putative purine catabolism-related protein  53.85 
 
 		 117 aa  114  3e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0885  transthyretin  51.72 
 
 		 117 aa  114  5e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0621325  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4285  transthyretin family protein  50.86 
 
 		 117 aa  114  6e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.597868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1583  hydroxyisourate hydrolase  50.86 
 
 		 117 aa  114  6e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.619574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3849  hydroxyisourate hydrolase  50.86 
 
 		 117 aa  114  6e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.303786  normal  0.620266 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2527  putative purine catabolism-related protein  50.86 
 
 		 117 aa  113  7.999999999999999e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0546176  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49522  predicted protein  49.58 
 
 		 299 aa  113  7.999999999999999e-25  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.219975  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3665  hypothetical protein  49.14 
 
 		 123 aa  113  8.999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2383  hydroxyisourate hydrolase  50.86 
 
 		 117 aa  113  8.999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.514314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2425  hydroxyisourate hydrolase  50.86 
 
 		 117 aa  113  8.999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6196  hydroxyisourate hydrolase  52.14 
 
 		 117 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1123  transthyretin  50 
 
 		 116 aa  112  2.0000000000000002e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.424087  normal  0.392641 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1043  hydroxyisourate hydrolase  50 
 
 		 116 aa  112  2.0000000000000002e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7200  putative transthyretin-like protein  48.72 
 
 		 118 aa  110  8.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2709  hydroxyisourate hydrolase  46.34 
 
 		 124 aa  110  9e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1102  hydroxyisourate hydrolase  49.57 
 
 		 118 aa  110  9e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.155476 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2116  putative transthyretin-like protein precursor  51.72 
 
 		 117 aa  109  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.475588  normal  0.851558 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1116  transthyretin  50 
 
 		 116 aa  109  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.61812 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1745  hydroxyisourate hydrolase  50 
 
 		 131 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0356  transthyretin  47.86 
 
 		 118 aa  108  2.0000000000000002e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470514  normal  0.0809775 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0450  hydroxyisourate hydrolase  51.72 
 
 		 121 aa  108  3e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2064  hydroxyisourate hydrolase  50.42 
 
 		 130 aa  107  6e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0057415 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4387  transthyretin  46.49 
 
 		 116 aa  107  6e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1152  transthyretin  50.88 
 
 		 116 aa  103  7e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.242514  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3212  OHCU decarboxylase  47.01 
 
 		 294 aa  103  8e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3925  hydroxyisourate hydrolase  44.74 
 
 		 116 aa  100  5e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.365607  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7196  putative transthyretin-like protein  38.46 
 
 		 113 aa  98.6  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5849  hydroxyisourate hydrolase  44.74 
 
 		 117 aa  98.2  3e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0962741  hitchhiker  0.000257681 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1783  hydroxyisourate hydrolase  50 
 
 		 115 aa  97.1  7e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.176528 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1426  transthyretin  46.96 
 
 		 117 aa  96.7  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.181057 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5814  hydroxyisourate hydrolase  41.38 
 
 		 279 aa  94.4  5e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0031  transthyretin  44.74 
 
 		 111 aa  93.6  8e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.166572  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5250  OHCU decarboxylase  40.52 
 
 		 289 aa  92.4  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00421596 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03790  monoxygenase  49.07 
 
 		 230 aa  92  3e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5457  hydroxyisourate hydrolase  46.09 
 
 		 111 aa  89.7  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.604773  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0215  OHCU decarboxylase  46.15 
 
 		 292 aa  88.2  3e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.64075  normal  0.0296602 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3721  hydroxyisourate hydrolase  42.11 
 
 		 115 aa  87.4  7e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5848  hydroxyisourate hydrolase  42.11 
 
 		 190 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0613871  hitchhiker  0.00026614 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0200  transthyretin  38.6 
 
 		 136 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0032  transthyretin  38.6 
 
 		 168 aa  84.7  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.186384  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6773  hydroxyisourate hydrolase  40.71 
 
 		 112 aa  83.2  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4040  transthyretin  37.93 
 
 		 115 aa  76.6  0.00000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.369839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0113  hydroxyisourate hydrolase  39.82 
 
 		 105 aa  75.5  0.0000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1916  transthyretin  38.89 
 
 		 122 aa  75.5  0.0000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00116416  normal  0.366234 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5679  transthyretin  45 
 
 		 108 aa  75.9  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3733  transthyretin  42.11 
 
 		 113 aa  75.1  0.0000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1143  transthyretin  38.6 
 
 		 109 aa  74.7  0.0000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.178877  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3455  hydroxyisourate hydrolase  42.98 
 
 		 112 aa  74.7  0.0000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0719  hydroxyisourate hydrolase  39.66 
 
 		 112 aa  73.9  0.0000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0235  hydroxyisourate hydrolase  33.04 
 
 		 134 aa  73.6  0.0000000000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.700482  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF03210  conserved hypothetical protein  34.51 
 
 		 117 aa  73.6  0.0000000000009  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08260  hydroxyisourate hydrolase  40.71 
 
 		 108 aa  73.2  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.700555  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5458  Transthyretin  34.21 
 
 		 172 aa  73.2  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.735807  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1172  hydroxyisourate hydrolase  35.96 
 
 		 136 aa  72  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>