140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_A0031 on replicon NC_007347
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007347  Reut_A0031  transthyretin  100 
 
 
111 aa  231  3e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.166572  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5457  hydroxyisourate hydrolase  63.96 
 
 
111 aa  161  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.604773  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0695  hydroxyisourate hydrolase  50 
 
 
118 aa  122  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5849  hydroxyisourate hydrolase  50.43 
 
 
117 aa  120  6e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0962741  hitchhiker  0.000257681 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0511  hydroxyisourate hydrolase  48.31 
 
 
118 aa  117  3.9999999999999996e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0508  hypothetical protein  48.31 
 
 
118 aa  117  4.9999999999999996e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4619  hydroxyisourate hydrolase  46.02 
 
 
123 aa  114  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.437716 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1390  hydroxyisourate hydrolase  50.85 
 
 
118 aa  114  3e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.177512  normal  0.143867 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2609  transthyretin  47.46 
 
 
118 aa  114  5e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.178582  normal  0.846937 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4492  hydroxyisourate hydrolase  45.61 
 
 
120 aa  112  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.182838 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3340  hydroxyisourate hydrolase  45.76 
 
 
118 aa  112  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.555272  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0450  hydroxyisourate hydrolase  50.45 
 
 
121 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3476  transthyretin  44.92 
 
 
118 aa  110  7.000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.367567  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2684  putative transthyretin-like protein  47.37 
 
 
121 aa  110  9e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.427872  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3148  hydroxyisourate hydrolase  44.92 
 
 
118 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300279  normal  0.943913 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4285  transthyretin family protein  44.44 
 
 
117 aa  108  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.597868  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1583  hydroxyisourate hydrolase  44.44 
 
 
117 aa  108  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.619574  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2844  transthyretin  45.54 
 
 
111 aa  107  4.0000000000000004e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3849  hydroxyisourate hydrolase  44.44 
 
 
117 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.303786  normal  0.620266 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1872  hydroxyisourate hydrolase  44.44 
 
 
117 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.889998  normal  0.0980153 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1945  transthyretin  44.44 
 
 
117 aa  107  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2324  hydroxyisourate hydrolase  45.3 
 
 
117 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.511264  normal  0.334945 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3291  hydroxyisourate hydrolase  44.07 
 
 
117 aa  107  8.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.379415  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5268  transthyretin  43.59 
 
 
117 aa  106  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.137738 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1934  putative transthyretin-like protein  46.15 
 
 
117 aa  106  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2602  transthyretin  44.35 
 
 
124 aa  105  1e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.166489  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2256  hydroxyisourate hydrolase  46.15 
 
 
117 aa  106  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.894815 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2072  transthyretin family protein  45.3 
 
 
194 aa  105  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.835202  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6121  transthyretin  44.44 
 
 
117 aa  105  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1957  transthyretin  44.44 
 
 
117 aa  105  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4387  transthyretin  49.57 
 
 
116 aa  105  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2884  hydroxyisourate hydrolase  45.76 
 
 
118 aa  105  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.11874 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1981  hydroxyisourate hydrolase  44.44 
 
 
117 aa  105  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.081167 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2116  putative transthyretin-like protein precursor  44.44 
 
 
117 aa  105  3e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.475588  normal  0.851558 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2383  hydroxyisourate hydrolase  44.44 
 
 
117 aa  105  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.514314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2425  hydroxyisourate hydrolase  44.44 
 
 
117 aa  105  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3212  OHCU decarboxylase  44.35 
 
 
294 aa  105  3e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1708  transthyretin  43.59 
 
 
117 aa  104  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.187412  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1116  transthyretin  46.09 
 
 
116 aa  104  4e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.61812 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3611  hydroxyisourate hydrolase  43.59 
 
 
117 aa  104  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.430167  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1346  hydroxyisourate hydrolase  43.59 
 
 
116 aa  104  4e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.49301  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0885  transthyretin  44.44 
 
 
117 aa  103  6e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0621325  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1933  hydroxyisourate hydrolase  43.59 
 
 
117 aa  103  6e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0633664 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2527  putative purine catabolism-related protein  43.59 
 
 
117 aa  103  8e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0546176  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3036  transthyretin  41.88 
 
 
117 aa  102  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1312  hydroxyisourate hydrolase  44.44 
 
 
206 aa  102  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00965379 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1294  hydroxyisourate hydrolase  44.44 
 
 
117 aa  102  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2434  transthyretin  44.44 
 
 
117 aa  102  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0779  putative purine catabolism-related protein  45.3 
 
 
117 aa  102  2e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1123  transthyretin  47.83 
 
 
116 aa  102  3e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.424087  normal  0.392641 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1043  hydroxyisourate hydrolase  47.83 
 
 
116 aa  102  3e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2121  hydroxyisourate hydrolase  46.96 
 
 
116 aa  101  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0156864 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44820  putative transthyretin family protein  46.15 
 
 
126 aa  100  6e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.918574  normal  0.119551 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7200  putative transthyretin-like protein  43.22 
 
 
118 aa  100  9e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0207  transthyretin  43.59 
 
 
117 aa  99.8  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.384919  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2757  transthyretin  42.74 
 
 
117 aa  100  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.489231  normal  0.166058 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3816  hydroxyisourate hydrolase  46.15 
 
 
127 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.282714  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1555  transthyretin-like protein  43.59 
 
 
117 aa  99  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.552439  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3925  hydroxyisourate hydrolase  44.35 
 
 
116 aa  98.6  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.365607  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5814  hydroxyisourate hydrolase  40.35 
 
 
279 aa  98.6  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6196  hydroxyisourate hydrolase  45.3 
 
 
117 aa  98.6  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1810  transthyretin  42.74 
 
 
117 aa  97.8  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.149367  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0356  transthyretin  45.76 
 
 
118 aa  97.8  4e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470514  normal  0.0809775 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1745  hydroxyisourate hydrolase  43.59 
 
 
131 aa  97.8  5e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2064  hydroxyisourate hydrolase  43.97 
 
 
130 aa  97.4  5e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0057415 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21140  hydroxyisourate hydrolase, transthyretin family protein  41.03 
 
 
116 aa  95.1  3e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0068  transthyretin  39.83 
 
 
118 aa  94.4  5e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5250  OHCU decarboxylase  38.6 
 
 
289 aa  94.4  5e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00421596 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3721  hydroxyisourate hydrolase  38.46 
 
 
115 aa  94  6e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3915  transthyretin  44.74 
 
 
116 aa  93.6  8e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.471177  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0861  hydroxyisourate hydrolase  40.17 
 
 
117 aa  92.8  2e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.386947  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2832  transthyretin  41.23 
 
 
121 aa  92  3e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3205  hydroxyisourate hydrolase  42.98 
 
 
117 aa  92  3e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.429089 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3665  hypothetical protein  37.61 
 
 
123 aa  90.1  8e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2709  hydroxyisourate hydrolase  37.1 
 
 
124 aa  89.7  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1102  hydroxyisourate hydrolase  42.02 
 
 
118 aa  87.8  5e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.155476 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1783  hydroxyisourate hydrolase  43.44 
 
 
115 aa  86.3  1e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.176528 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1426  transthyretin  42.24 
 
 
117 aa  85.9  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.181057 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49522  predicted protein  40.34 
 
 
299 aa  80.9  0.000000000000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.219975  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0215  OHCU decarboxylase  43.7 
 
 
292 aa  79  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.64075  normal  0.0296602 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0939  transthyretin  38.94 
 
 
111 aa  79  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.386152  normal 
 
 
-
 
NC_006691  CNF03210  conserved hypothetical protein  39.81 
 
 
117 aa  77.8  0.00000000000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0032  transthyretin  32.46 
 
 
168 aa  78.2  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.186384  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08260  hydroxyisourate hydrolase  41.59 
 
 
108 aa  78.2  0.00000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.700555  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6773  hydroxyisourate hydrolase  39.82 
 
 
112 aa  77.8  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1333  hydroxyisourate hydrolase  39.47 
 
 
115 aa  77.4  0.00000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00434476 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0913  transthyretin family protein  36.36 
 
 
137 aa  76.6  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000480656  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01885  hypothetical protein  36.36 
 
 
137 aa  75.5  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000311781  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1681  hydroxyisourate hydrolase  36.36 
 
 
137 aa  75.5  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000559452  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0815  transthyretin-like protein  34.21 
 
 
137 aa  75.9  0.0000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0576274  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01875  hypothetical protein  36.36 
 
 
137 aa  75.5  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000307569  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2428  transthyretin  39.09 
 
 
110 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0738  transthyretin-like protein  34.21 
 
 
137 aa  75.9  0.0000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.543928  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2071  transthyretin family protein  36.36 
 
 
137 aa  75.5  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  5.60516e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1675  hydroxyisourate hydrolase  36.36 
 
 
137 aa  75.5  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00018608  normal  0.182378 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2749  transthyretin family protein  36.36 
 
 
137 aa  75.5  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000377229  normal  0.260044 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3733  transthyretin  36.84 
 
 
113 aa  74.7  0.0000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2961  hydroxyisourate hydrolase  44.25 
 
 
106 aa  75.1  0.0000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2201  transthyretin family protein  36.36 
 
 
137 aa  75.5  0.0000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000123694  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1215  transthyretin family protein  36.36 
 
 
137 aa  75.5  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000382431  normal  0.571702 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>