143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0885 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0885  transthyretin  100 
 
 		 117 aa  242  9.999999999999999e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0621325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2434  transthyretin  92.31 
 
 		 117 aa  224  3e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1933  hydroxyisourate hydrolase  80.34 
 
 		 117 aa  200  5e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0633664 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2256  hydroxyisourate hydrolase  78.63 
 
 		 117 aa  197  5e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.894815 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2116  putative transthyretin-like protein precursor  76.07 
 
 		 117 aa  190  5e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.475588  normal  0.851558 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1346  hydroxyisourate hydrolase  70.09 
 
 		 116 aa  171  2.9999999999999996e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.49301  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2072  transthyretin family protein  71.79 
 
 		 194 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.835202  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1945  transthyretin  70.09 
 
 		 117 aa  170  5e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6121  transthyretin  70.09 
 
 		 117 aa  169  9e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1957  transthyretin  70.09 
 
 		 117 aa  169  9e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1981  hydroxyisourate hydrolase  70.09 
 
 		 117 aa  169  9e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.081167 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1872  hydroxyisourate hydrolase  70.09 
 
 		 117 aa  169  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.889998  normal  0.0980153 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2324  hydroxyisourate hydrolase  69.23 
 
 		 117 aa  169  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.511264  normal  0.334945 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2527  putative purine catabolism-related protein  70.94 
 
 		 117 aa  168  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0546176  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5268  transthyretin  69.23 
 
 		 117 aa  168  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.137738 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2383  hydroxyisourate hydrolase  70.94 
 
 		 117 aa  168  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.514314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2425  hydroxyisourate hydrolase  70.94 
 
 		 117 aa  168  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1312  hydroxyisourate hydrolase  69.23 
 
 		 206 aa  168  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00965379 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1934  putative transthyretin-like protein  68.38 
 
 		 117 aa  166  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2757  transthyretin  64.96 
 
 		 117 aa  163  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.489231  normal  0.166058 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44820  putative transthyretin family protein  64.1 
 
 		 126 aa  163  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.918574  normal  0.119551 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1294  hydroxyisourate hydrolase  66.67 
 
 		 117 aa  163  6.9999999999999995e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3816  hydroxyisourate hydrolase  64.1 
 
 		 127 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.282714  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3611  hydroxyisourate hydrolase  61.54 
 
 		 117 aa  156  9e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.430167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1708  transthyretin  60.68 
 
 		 117 aa  154  3e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.187412  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4285  transthyretin family protein  59.83 
 
 		 117 aa  154  4e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.597868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1583  hydroxyisourate hydrolase  59.83 
 
 		 117 aa  154  4e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.619574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3849  hydroxyisourate hydrolase  59.83 
 
 		 117 aa  153  7e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.303786  normal  0.620266 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21140  hydroxyisourate hydrolase, transthyretin family protein  63.25 
 
 		 116 aa  152  1e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3665  hypothetical protein  59.83 
 
 		 123 aa  151  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4492  hydroxyisourate hydrolase  60.34 
 
 		 120 aa  149  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.182838 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1810  transthyretin  59.83 
 
 		 117 aa  148  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.149367  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0779  putative purine catabolism-related protein  62.39 
 
 		 117 aa  148  3e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0356  transthyretin  61.02 
 
 		 118 aa  145  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470514  normal  0.0809775 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1102  hydroxyisourate hydrolase  62.71 
 
 		 118 aa  144  5e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.155476 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1555  transthyretin-like protein  59.83 
 
 		 117 aa  143  7.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.552439  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2832  transthyretin  62.07 
 
 		 121 aa  142  1e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0207  transthyretin  59.83 
 
 		 117 aa  141  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.384919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0511  hydroxyisourate hydrolase  57.63 
 
 		 118 aa  142  2e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0508  hypothetical protein  57.63 
 
 		 118 aa  140  5e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0695  hydroxyisourate hydrolase  55.93 
 
 		 118 aa  139  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1116  transthyretin  57.89 
 
 		 116 aa  138  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.61812 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0861  hydroxyisourate hydrolase  55.56 
 
 		 117 aa  138  3e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.386947  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0450  hydroxyisourate hydrolase  57.76 
 
 		 121 aa  137  3.9999999999999997e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7200  putative transthyretin-like protein  55.08 
 
 		 118 aa  136  7e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3148  hydroxyisourate hydrolase  60.17 
 
 		 118 aa  137  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300279  normal  0.943913 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3036  transthyretin  56.41 
 
 		 117 aa  135  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2884  hydroxyisourate hydrolase  60.17 
 
 		 118 aa  135  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.11874 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4619  hydroxyisourate hydrolase  56.9 
 
 		 123 aa  134  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.437716 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1123  transthyretin  56.14 
 
 		 116 aa  133  9.999999999999999e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.424087  normal  0.392641 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1043  hydroxyisourate hydrolase  56.14 
 
 		 116 aa  133  9.999999999999999e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2121  hydroxyisourate hydrolase  53.51 
 
 		 116 aa  131  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156864 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1390  hydroxyisourate hydrolase  55.08 
 
 		 118 aa  131  3e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.177512  normal  0.143867 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3925  hydroxyisourate hydrolase  56.14 
 
 		 116 aa  130  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.365607  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3340  hydroxyisourate hydrolase  55.93 
 
 		 118 aa  131  3.9999999999999996e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.555272  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3291  hydroxyisourate hydrolase  56.78 
 
 		 117 aa  130  6e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.379415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4387  transthyretin  54.39 
 
 		 116 aa  128  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2684  putative transthyretin-like protein  55.17 
 
 		 121 aa  129  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.427872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3212  OHCU decarboxylase  51.28 
 
 		 294 aa  127  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0068  transthyretin  55.08 
 
 		 118 aa  126  8.000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3476  transthyretin  51.72 
 
 		 118 aa  125  1.0000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.367567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2709  hydroxyisourate hydrolase  49.19 
 
 		 124 aa  124  4.0000000000000003e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6196  hydroxyisourate hydrolase  53.39 
 
 		 117 aa  122  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3205  hydroxyisourate hydrolase  54.31 
 
 		 117 aa  118  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.429089 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2609  transthyretin  50 
 
 		 118 aa  118  3e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.178582  normal  0.846937 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1745  hydroxyisourate hydrolase  51.26 
 
 		 131 aa  117  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1426  transthyretin  53.91 
 
 		 117 aa  117  4.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.181057 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2602  transthyretin  50 
 
 		 124 aa  115  1.9999999999999998e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.166489  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2844  transthyretin  51.72 
 
 		 111 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2064  hydroxyisourate hydrolase  51.67 
 
 		 130 aa  114  3e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0057415 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3915  transthyretin  51.72 
 
 		 116 aa  114  5e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.471177  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5814  hydroxyisourate hydrolase  48.28 
 
 		 279 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5250  OHCU decarboxylase  46.55 
 
 		 289 aa  111  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00421596 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3721  hydroxyisourate hydrolase  48.72 
 
 		 115 aa  110  6e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1783  hydroxyisourate hydrolase  50.41 
 
 		 115 aa  104  3e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.176528 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0031  transthyretin  44.44 
 
 		 111 aa  103  6e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.166572  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0032  transthyretin  42.61 
 
 		 168 aa  103  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.186384  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0215  OHCU decarboxylase  51.26 
 
 		 292 aa  102  1e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.64075  normal  0.0296602 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49522  predicted protein  47.9 
 
 		 299 aa  102  2e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.219975  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5457  hydroxyisourate hydrolase  42.74 
 
 		 111 aa  97.1  7e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.604773  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5848  hydroxyisourate hydrolase  45.22 
 
 		 190 aa  95.9  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0613871  hitchhiker  0.00026614 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5849  hydroxyisourate hydrolase  40.17 
 
 		 117 aa  92.8  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0962741  hitchhiker  0.000257681 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3128  hydroxyisourate hydrolase  45.61 
 
 		 112 aa  91.7  3e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.041353  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1152  transthyretin  45.3 
 
 		 116 aa  90.9  5e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.242514  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6773  hydroxyisourate hydrolase  42.74 
 
 		 112 aa  85.5  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006691  CNF03210  conserved hypothetical protein  40.87 
 
 		 117 aa  85.9  2e-16  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5458  Transthyretin  37.39 
 
 		 172 aa  82.8  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.735807  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0101  transthyretin  35.96 
 
 		 135 aa  81.3  0.000000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.757339  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0063  transthyretin  33.33 
 
 		 136 aa  80.9  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3733  transthyretin  40.87 
 
 		 113 aa  80.5  0.000000000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01885  hypothetical protein  37.72 
 
 		 137 aa  79.3  0.00000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000311781  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1681  hydroxyisourate hydrolase  37.72 
 
 		 137 aa  79.3  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000559452  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01875  hypothetical protein  37.72 
 
 		 137 aa  79.3  0.00000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000307569  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2071  transthyretin family protein  37.72 
 
 		 137 aa  79.3  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  5.60516e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2201  transthyretin family protein  37.72 
 
 		 137 aa  79.3  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000123694  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2749  transthyretin family protein  37.72 
 
 		 137 aa  79.3  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000377229  normal  0.260044 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1675  hydroxyisourate hydrolase  37.72 
 
 		 137 aa  79.3  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00018608  normal  0.182378 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1215  transthyretin family protein  37.72 
 
 		 137 aa  79.3  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000382431  normal  0.571702 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03790  monoxygenase  45.61 
 
 		 230 aa  79.7  0.00000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0939  transthyretin  42.37 
 
 		 111 aa  79.3  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.386152  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>