More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_0895 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009073  Pcal_0895  3-dehydroquinate synthase  100 
 
 		 341 aa  676    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1774  3-dehydroquinate synthase  69.53 
 
 		 343 aa  466  9.999999999999999e-131  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0788  3-dehydroquinate synthase  68.93 
 
 		 343 aa  464  1e-129  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.989746 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2111  3-dehydroquinate synthase  69.64 
 
 		 339 aa  462  1e-129  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.71054  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1280  3-dehydroquinate synthase  43.64 
 
 		 354 aa  245  9.999999999999999e-64  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1875  3-dehydroquinate synthase  46.89 
 
 		 348 aa  236  5.0000000000000005e-61  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.722069 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0806  3-dehydroquinate synthase  38.97 
 
 		 350 aa  231  1e-59  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.117722  normal  0.388542 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0786  3-dehydroquinate synthase  41.28 
 
 		 360 aa  218  2e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0410044  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2027  3-dehydroquinate synthase  46.12 
 
 		 359 aa  216  4e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0123  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1592  3-dehydroquinate synthase  43.9 
 
 		 359 aa  213  4.9999999999999996e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1021  3-dehydroquinate synthase  44.44 
 
 		 359 aa  207  2e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2762  3-dehydroquinate synthase  44.32 
 
 		 364 aa  207  2e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.998331 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1820  3-dehydroquinate synthase  47.53 
 
 		 360 aa  204  2e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.774122  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3683  3-dehydroquinate synthase  45.61 
 
 		 362 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0345563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0881  3-dehydroquinate synthase  38.44 
 
 		 364 aa  203  4e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.100912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0733  3-dehydroquinate synthase  38.44 
 
 		 364 aa  203  4e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0778  3-dehydroquinate synthase  44.49 
 
 		 363 aa  202  8e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.173055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0016  3-dehydroquinate synthase  44.23 
 
 		 373 aa  201  9.999999999999999e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.691661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1854  3-dehydroquinate synthase  37.73 
 
 		 359 aa  201  9.999999999999999e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0869188  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0679  3-dehydroquinate synthase  40.22 
 
 		 372 aa  201  9.999999999999999e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.241981 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3685  3-dehydroquinate synthase  45.19 
 
 		 362 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000289356  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3854  3-dehydroquinate synthase  45.19 
 
 		 362 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00247011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3758  3-dehydroquinate synthase  45.19 
 
 		 362 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0998523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4604  3-dehydroquinate synthase  44.12 
 
 		 366 aa  200  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000760296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3792  3-dehydroquinate synthase  45.19 
 
 		 362 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0348959  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5574  3-dehydroquinate synthase  37.58 
 
 		 372 aa  199  3.9999999999999996e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.751857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0023  3-dehydroquinate synthase  38.06 
 
 		 359 aa  199  3.9999999999999996e-50  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1146  3-dehydroquinate synthase  40.94 
 
 		 370 aa  199  7e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1941  3-dehydroquinate synthase  35.28 
 
 		 341 aa  199  7e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1556  3-dehydroquinate synthase  39.29 
 
 		 362 aa  199  7e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2660  3-dehydroquinate synthase  39.29 
 
 		 362 aa  199  7.999999999999999e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000170461 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2025  3-dehydroquinate synthase  44.36 
 
 		 362 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2279  3-dehydroquinate synthase  38 
 
 		 373 aa  197  2.0000000000000003e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0978  3-dehydroquinate synthase  42.76 
 
 		 360 aa  197  3e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.105687  normal  0.163627 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3247  3-dehydroquinate synthase  35.89 
 
 		 368 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0287  3-dehydroquinate synthase  37.79 
 
 		 359 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3030  3-dehydroquinate synthase  42.08 
 
 		 361 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.213133  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1423  3-dehydroquinate synthase  39.42 
 
 		 356 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000905299  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4083  3-dehydroquinate synthase  39.2 
 
 		 358 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000010907  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0268  3-dehydroquinate synthase  42.05 
 
 		 374 aa  196  5.000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.230389 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4201  3-dehydroquinate synthase  39.2 
 
 		 358 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000411195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2257  3-dehydroquinate synthase  44.32 
 
 		 354 aa  196  5.000000000000001e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0704  3-dehydroquinate synthase  37.92 
 
 		 367 aa  196  6e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3037  3-dehydroquinate synthase  43.56 
 
 		 370 aa  196  6e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4002  3-dehydroquinate synthase  39.2 
 
 		 358 aa  196  7e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000746069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2358  3-dehydroquinate synthase  35.25 
 
 		 367 aa  196  7e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0216034  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0735  3-dehydroquinate synthase  37.92 
 
 		 367 aa  195  7e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.116609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3107  3-dehydroquinate synthase  38.63 
 
 		 370 aa  195  8.000000000000001e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.117886 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0248  3-dehydroquinate synthase  37.54 
 
 		 359 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000249526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4112  3-dehydroquinate synthase  38.8 
 
 		 358 aa  195  9e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000335612  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0226  3-dehydroquinate synthase  40.69 
 
 		 362 aa  195  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000635548  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3726  3-dehydroquinate synthase  40.69 
 
 		 362 aa  195  1e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000354309  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2424  3-dehydroquinate synthase  38.1 
 
 		 354 aa  194  1e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0321  3-dehydroquinate synthase  36.25 
 
 		 359 aa  195  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.599528 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3965  3-dehydroquinate synthase  40.69 
 
 		 362 aa  195  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000154886  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3490  3-dehydroquinate synthase  36.25 
 
 		 359 aa  194  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3665  3-dehydroquinate synthase  45.19 
 
 		 362 aa  194  2e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000293166  normal  0.0474633 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3585  3-dehydroquinate synthase  45.19 
 
 		 362 aa  194  2e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000415284  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38791  predicted protein  42.86 
 
 		 368 aa  194  2e-48  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0409062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0324  3-dehydroquinate synthase  45.19 
 
 		 362 aa  194  2e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000222856  normal  0.122437 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4693  3-dehydroquinate synthase  45.19 
 
 		 362 aa  194  2e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00146315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0312  3-dehydroquinate synthase  36.25 
 
 		 359 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.567961  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3023  3-dehydroquinate synthase  38.63 
 
 		 358 aa  193  3e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0239  3-dehydroquinate synthase  40.23 
 
 		 359 aa  193  3e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000355339  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0376  3-dehydroquinate synthase  37.92 
 
 		 358 aa  193  3e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00801427  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5301  3-dehydroquinate synthase  40.47 
 
 		 367 aa  193  4e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0703  3-dehydroquinate synthase  39.46 
 
 		 366 aa  193  4e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3697  3-dehydroquinate synthase  37.21 
 
 		 359 aa  193  4e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0194599  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3893  3-dehydroquinate synthase  37.21 
 
 		 359 aa  193  4e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000115633  normal  0.386529 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3207  3-dehydroquinate synthase  37.54 
 
 		 359 aa  192  5e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0892348  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3757  3-dehydroquinate synthase  37.54 
 
 		 359 aa  192  5e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2746  3-dehydroquinate synthase  37.54 
 
 		 359 aa  192  5e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4386  3-dehydroquinate synthase  41.83 
 
 		 363 aa  192  5e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709401 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3728  3-dehydroquinate synthase  37.54 
 
 		 359 aa  192  5e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278518  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1758  3-dehydroquinate synthase  37.54 
 
 		 359 aa  192  5e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3699  3-dehydroquinate synthase  37.54 
 
 		 359 aa  192  5e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00532697  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2796  3-dehydroquinate synthase  37.54 
 
 		 359 aa  192  5e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0372  3-dehydroquinate synthase  36.25 
 
 		 359 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3597  3-dehydroquinate synthase  35.87 
 
 		 361 aa  192  6e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00180341  hitchhiker  0.0000000386379 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0296  3-dehydroquinate synthase  38.71 
 
 		 359 aa  192  7e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2714  3-dehydroquinate synthase  36.25 
 
 		 359 aa  192  7e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0871906  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0393  3-dehydroquinate synthase  36.25 
 
 		 359 aa  192  7e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2926  3-dehydroquinate synthase  39.54 
 
 		 368 aa  192  8e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1003  3-dehydroquinate synthase  42.05 
 
 		 376 aa  192  8e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0690  3-dehydroquinate synthase  38.63 
 
 		 355 aa  192  9e-48  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03241  3-dehydroquinate synthase  44.77 
 
 		 362 aa  192  1e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00972152  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0324  3-dehydroquinate synthase  44.77 
 
 		 362 aa  192  1e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000234732  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3859  3-dehydroquinate synthase  44.77 
 
 		 362 aa  192  1e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00000000380736  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3553  3-dehydroquinate synthase  42.68 
 
 		 369 aa  192  1e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.286464  normal  0.763035 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4222  3-dehydroquinate synthase  37.46 
 
 		 366 aa  191  1e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.950152 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0360  3-dehydroquinate synthase  35.56 
 
 		 361 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.173183  normal  0.0544969 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03193  hypothetical protein  44.77 
 
 		 362 aa  192  1e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00984736  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0085  3-dehydroquinate synthase  37.5 
 
 		 361 aa  191  1e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00165571 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4183  3-dehydroquinate synthase  37.46 
 
 		 366 aa  191  1e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0253  3-dehydroquinate synthase  43.46 
 
 		 359 aa  191  2e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2685  3-dehydroquinate synthase  41.53 
 
 		 362 aa  191  2e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0391774 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002328  3-dehydroquinate synthase  40 
 
 		 366 aa  190  2.9999999999999997e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000221553  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3705  3-dehydroquinate synthase  39.58 
 
 		 359 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000820021  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3766  3-dehydroquinate synthase  44.35 
 
 		 362 aa  189  4e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000228927  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2900  3-dehydroquinate synthase  37.14 
 
 		 368 aa  189  4e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.146748 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>