More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1885 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1885  efflux protein, LysE family  100 
 
 
213 aa  420  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0676486  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1900  lysine exporter protein LysE/YggA  48.54 
 
 
208 aa  190  1e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.607568 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1994  lysine exporter protein LysE/YggA  49.22 
 
 
208 aa  184  6e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2388  amino acid transporter LysE  49.22 
 
 
208 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.209394  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3307  lysine exporter protein LysE/YggA  48.7 
 
 
208 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.161693  normal  0.0723567 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6922  lysine exporter family protein  41.33 
 
 
216 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.405511  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7044  lysine exporter protein LysE/YggA  39.09 
 
 
216 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.290852  normal  0.28612 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6380  lysine exporter protein LysE/YggA  38.95 
 
 
216 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1448  lysine exporter protein LysE/YggA  38.95 
 
 
216 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02362  putative amino-acid efflux transmembrane protein  34.62 
 
 
207 aa  127  9.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0502342 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3665  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  33.15 
 
 
208 aa  92.4  4e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1009  lysine exporter protein LysE/YggA  32.04 
 
 
212 aa  90.9  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2355  LysE family translocator protein  38.41 
 
 
211 aa  88.6  6e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2277  LysE family translocator protein  38.41 
 
 
211 aa  88.6  6e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0144  homoserine/threonine efflux protein, putative  38.41 
 
 
211 aa  88.6  6e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0348  homoserine/homoserine lactone efflux protein  38.41 
 
 
211 aa  88.6  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0162  LysE family translocator protein  38.41 
 
 
211 aa  88.6  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2803  LysE family translocator protein  38.41 
 
 
211 aa  88.6  6e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0153  LysE family translocator protein  38.41 
 
 
211 aa  88.6  7e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2985  lysine exporter protein LysE/YggA  28.57 
 
 
208 aa  88.2  8e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120871  normal  0.440031 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0704  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  30.7 
 
 
208 aa  87.8  1e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0113  lysine exporter protein LysE/YggA  30.73 
 
 
207 aa  87  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.894147 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0938  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  30.7 
 
 
208 aa  86.7  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.283752  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0118  lysine exporter protein LysE/YggA  31.07 
 
 
207 aa  86.3  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00934187 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0118  lysine exporter protein LysE/YggA  30.59 
 
 
207 aa  84  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0118  lysine exporter protein LysE/YggA  30.17 
 
 
207 aa  84  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.161757 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0122  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  30.11 
 
 
207 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0119  lysine exporter protein LysE/YggA  30.36 
 
 
207 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.376681  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0123  lysine exporter protein LysE/YggA  30 
 
 
207 aa  81.6  0.000000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0122  amino acid transporter LysE  28.98 
 
 
207 aa  81.3  0.000000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3676  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  33.13 
 
 
218 aa  81.3  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4236  lysine exporter protein LysE/YggA  30 
 
 
207 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1470  lysine exporter protein LysE/YggA  28.99 
 
 
207 aa  80.9  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3353  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  33.13 
 
 
218 aa  79.7  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1754  lysine exporter protein LysE/YggA  35.76 
 
 
211 aa  79  0.00000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.335434  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3385  lysine exporter protein LysE/YggA  33.33 
 
 
214 aa  78.6  0.00000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00201071 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0130  LysE family protein  38.78 
 
 
211 aa  78.6  0.00000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4157  lysine exporter protein LysE/YggA  28.41 
 
 
208 aa  78.6  0.00000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1730  amino acid transporter LysE  27.98 
 
 
208 aa  78.2  0.00000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000126843  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1344  putative threonine efflux protein  27.09 
 
 
205 aa  75.9  0.0000000000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.115554  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2136  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  28.35 
 
 
212 aa  75.5  0.0000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0582  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  30.05 
 
 
211 aa  74.7  0.0000000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0426675 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0679  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  37.41 
 
 
207 aa  74.3  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000948495 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4441  lysine exporter protein (LysE/YggA)  28.98 
 
 
208 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.568773  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003581  probable homoserine/homoserine lactone efflux protein  26.42 
 
 
207 aa  73.6  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0367  lysine exporter protein LysE/YggA  30.62 
 
 
211 aa  73.6  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3122  lysine exporter protein LysE/YggA  32.52 
 
 
213 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.188461 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3288  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32.22 
 
 
211 aa  73.2  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1710  lysine exporter protein LysE/YggA  29.09 
 
 
209 aa  72.8  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0974274  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1925  putative homoserine/threonine efflux protein  27.27 
 
 
208 aa  72.8  0.000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.82308e-38 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1238  lysine exporter protein LysE/YggA  30.41 
 
 
212 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0801686  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0073  transporter transmembrane protein  33.77 
 
 
215 aa  72.4  0.000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.163554  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6476  lysine exporter protein LysE/YggA  31.55 
 
 
211 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.772782 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4247  putative homoserine/threonine efflux protein  27.23 
 
 
208 aa  72.4  0.000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000239469 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0131  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  31.82 
 
 
216 aa  72.4  0.000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1265  lysine exporter protein LysE/YggA  29.94 
 
 
208 aa  72  0.000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1504  RhtB family transporter  34.59 
 
 
215 aa  71.6  0.000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.672768 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1701  amino acid transporter LysE  27.27 
 
 
208 aa  70.9  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0912104  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4833  lysine exporter protein LysE/YggA  29.41 
 
 
208 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3407  lysine exporter protein LysE/YggA  28.97 
 
 
213 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000235018  normal  0.66243 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1744  lysine exporter protein LysE/YggA  29.45 
 
 
208 aa  70.9  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0257251  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6784  LysE family amino acid efflux protein  24.51 
 
 
206 aa  71.2  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0400664 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0235  lysine exporter protein LysE/YggA  27.8 
 
 
211 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00162299  hitchhiker  0.00000000683509 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3751  lysine exporter protein LysE/YggA  29.11 
 
 
207 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00540648 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3589  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32.22 
 
 
211 aa  70.9  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0368885 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3434  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32.88 
 
 
218 aa  70.5  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0227  lysine exporter protein LysE/YggA  27.8 
 
 
211 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0118628  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0037  lysine exporter protein LysE/YggA  30.72 
 
 
214 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2220  lysine exporter protein LysE/YggA  31.51 
 
 
213 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000181241  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3980  lysine exporter protein LysE/YggA  28.02 
 
 
205 aa  68.9  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0288  lysine exporter protein LysE/YggA  27.32 
 
 
211 aa  68.6  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00514446  hitchhiker  0.000000000772842 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4795  lysine exporter protein LysE/YggA  29.88 
 
 
206 aa  68.2  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00417767 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0272  amino acid efflux pump, RhtB family protein  27.32 
 
 
211 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000337597  unclonable  0.000000635897 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1394  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  26.99 
 
 
207 aa  68.2  0.0000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8095  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  25.48 
 
 
225 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6172  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  29.73 
 
 
211 aa  67  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3591  lysine exporter protein LysE/YggA  34.59 
 
 
209 aa  67  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2291  lysine exporter protein LysE/YggA  31.29 
 
 
213 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.888062 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4137  lysine exporter protein LysE/YggA  26.57 
 
 
205 aa  67  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0029  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  23.79 
 
 
214 aa  66.6  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3684  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  26.83 
 
 
211 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000829033  unclonable  0.00000000000000893025 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2495  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  29.81 
 
 
211 aa  66.6  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000331121  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2770  lysine exporter protein LysE/YggA  28.73 
 
 
233 aa  67  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5436  lysine exporter protein LysE/YggA  34.59 
 
 
209 aa  67  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4133  lysine exporter protein LysE/YggA  33.33 
 
 
210 aa  66.6  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3064  lysine exporter protein LysE/YggA  27.84 
 
 
213 aa  66.2  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4264  lysine exporter protein LysE/YggA  33.33 
 
 
210 aa  66.6  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.269909  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2130  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  30.98 
 
 
205 aa  65.9  0.0000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0236  lysine exporter protein LysE/YggA  24.35 
 
 
214 aa  65.9  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3631  amino acid transporter LysE  29.94 
 
 
207 aa  65.5  0.0000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3817  lysine exporter protein LysE/YggA  33.83 
 
 
208 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0893485  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5023  lysine exporter protein LysE/YggA  28.98 
 
 
210 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.904579 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3405  lysine exporter protein LysE/YggA  25.65 
 
 
212 aa  65.5  0.0000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4659  lysine exporter protein LysE/YggA  33.83 
 
 
208 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.80151  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3704  lysine exporter protein LysE/YggA  33.83 
 
 
208 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.326067  normal  0.173855 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2944  lysine exporter protein LysE/YggA  27.22 
 
 
203 aa  65.5  0.0000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.424969 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1752  homoserine/threonine efflux protein  27.4 
 
 
208 aa  65.1  0.0000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000289008  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0211  lysine exporter protein LysE/YggA  28.5 
 
 
212 aa  65.5  0.0000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00252285  unclonable  0.00000000000676955 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1890  homoserine/threonine efflux protein  27.4 
 
 
208 aa  65.1  0.0000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.131548  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0237  hypothetical protein  28.77 
 
 
209 aa  65.1  0.0000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>