More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PICST_87539 on replicon NC_009042
Organism: Scheffersomyces stipitis CBS 6054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
BN001308  ANIA_01266  Pre-mRNA-processing ATP-dependent RNA helicase prp5 (EC 3.6.1.-) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BDW4]  46.58 
 
 
1173 aa  652    Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.505248  normal  0.0523257 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_87539  pre-mRNA processing RNA-helicase  100 
 
 
875 aa  1788    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.223181 
 
 
-
 
NC_006684  CNB01970  pre-mRNA splicing factor, putative  44.13 
 
 
1072 aa  564  1.0000000000000001e-159  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34710  predicted protein  49.04 
 
 
723 aa  444  1e-123  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.628608  normal  0.164519 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_18199  predicted protein  40.13 
 
 
595 aa  398  1e-109  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF01240  p68-like protein, putative  44.03 
 
 
540 aa  367  1e-100  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05931  ATP-dependent RNA helicase dbp2 (EC 3.6.1.-) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5B0J9]  44.65 
 
 
563 aa  363  7.0000000000000005e-99  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0111979  normal 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_82821  DEAD box RNA helicase  42.27 
 
 
530 aa  337  5e-91  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.283146  normal 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_17862  predicted protein  40.85 
 
 
529 aa  315  2.9999999999999996e-84  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.626563  n/a   
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_36611  predicted protein  41.19 
 
 
452 aa  311  4e-83  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.438813  decreased coverage  0.000242961 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_27227  predicted protein  41.19 
 
 
452 aa  311  4e-83  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.689197 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_1537  predicted protein  40.37 
 
 
394 aa  290  1e-76  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.935265 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_94867  predicted protein  34.69 
 
 
575 aa  278  5e-73  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0308188  normal  0.0300986 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_47095  predicted protein  41.83 
 
 
413 aa  277  5e-73  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0903334  normal  0.0377209 
 
 
-
 
NC_006670  CNA06640  Pre-mRNA splicing factor RNA helicase PRP28, putative  36.56 
 
 
738 aa  266  1e-69  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.847821  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_87146  predicted protein  39.1 
 
 
480 aa  266  1e-69  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000232549  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_38084  predicted protein  38.95 
 
 
440 aa  265  3e-69  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006692  CNG01650  conserved hypothetical protein  33.8 
 
 
615 aa  263  8.999999999999999e-69  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3068  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.1 
 
 
433 aa  263  1e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.546349  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0878  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  39.37 
 
 
425 aa  263  2e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.121425 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.18 
 
 
443 aa  262  2e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0919  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.56 
 
 
432 aa  261  3e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000178347  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05560  ATP-dependent RNA helicase  38.52 
 
 
639 aa  261  3e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.978664  normal 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_1114  predicted protein  39.94 
 
 
478 aa  261  4e-68  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0466739  normal  0.893767 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0528  putative ATP-dependent RNA helicase  38.52 
 
 
635 aa  261  4e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.358611  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2013  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.27 
 
 
545 aa  261  5.0000000000000005e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14682  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3098  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.05 
 
 
433 aa  261  6e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.872049  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1279  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.05 
 
 
433 aa  261  6e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0871578 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1195  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.05 
 
 
433 aa  261  6e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3241  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.05 
 
 
433 aa  261  6e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3088  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.05 
 
 
433 aa  261  6e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  37.82 
 
 
454 aa  259  2e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  37.82 
 
 
454 aa  258  2e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_10557  ATP-dependent RNA helicase ded1 (EC 3.6.1.-) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:P0C2M6]  37.88 
 
 
668 aa  258  3e-67  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.645505 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  37.82 
 
 
454 aa  258  3e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.82 
 
 
454 aa  258  3e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  37.82 
 
 
454 aa  258  3e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  37.82 
 
 
454 aa  258  3e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  37.82 
 
 
454 aa  258  3e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  37.82 
 
 
454 aa  258  3e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  37.82 
 
 
455 aa  258  3e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_2097  predicted protein  37.53 
 
 
552 aa  258  4e-67  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.143499  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1095  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.72 
 
 
432 aa  258  4e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.627345 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0886  DEAD/DEAH box helicase-like protein  37.97 
 
 
433 aa  258  5e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_75833  pre-mRNA splicing factor RNA helicase of DEAD box family  35.97 
 
 
482 aa  257  8e-67  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0446965  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0874  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.05 
 
 
471 aa  256  1.0000000000000001e-66  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0942058  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0786  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  39.65 
 
 
411 aa  256  2.0000000000000002e-66  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.456558  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0681  ATP-dependent RNA helicase  39.65 
 
 
420 aa  256  2.0000000000000002e-66  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.365485  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1244  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.48 
 
 
571 aa  255  2.0000000000000002e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  37.91 
 
 
453 aa  255  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  37.91 
 
 
453 aa  255  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  37.91 
 
 
453 aa  255  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  37.91 
 
 
453 aa  255  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1022  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.54 
 
 
435 aa  255  2.0000000000000002e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0284952 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2419  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.15 
 
 
452 aa  255  3e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  37.91 
 
 
453 aa  255  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2169  DEAD/DEAH box helicase-like  39.84 
 
 
574 aa  255  3e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2510  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.96 
 
 
455 aa  254  4.0000000000000004e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.83 
 
 
491 aa  254  4.0000000000000004e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3529  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.91 
 
 
413 aa  254  5.000000000000001e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134965  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0591  ATP-dependent RNA helicase DeaD  38.35 
 
 
625 aa  254  6e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1383  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  38.26 
 
 
433 aa  253  8.000000000000001e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0950  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.79 
 
 
432 aa  253  8.000000000000001e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2809  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.99 
 
 
433 aa  253  1e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0814  ATP-dependent RNA helicase DeaD  38.38 
 
 
632 aa  252  2e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0212558  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  37.44 
 
 
462 aa  253  2e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2892  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.26 
 
 
433 aa  252  2e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  37.3 
 
 
535 aa  252  3e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  37.22 
 
 
445 aa  251  3e-65  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_1794  predicted protein  40.27 
 
 
421 aa  252  3e-65  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00327182 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3476  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.06 
 
 
437 aa  251  3e-65  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2988  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.99 
 
 
433 aa  251  3e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3310  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  39.24 
 
 
507 aa  251  4e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0221884 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4766  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  35.93 
 
 
443 aa  251  5e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110868  decreased coverage  0.00101931 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3682  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.22 
 
 
601 aa  251  5e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4664  ATP-dependent RNA helicase rhlE, putative  38.3 
 
 
442 aa  250  6e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1916  hypothetical protein  38.69 
 
 
575 aa  251  6e-65  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0237  DEAD/DEAH box helicase-like  36.25 
 
 
498 aa  250  6e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1820  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  38.75 
 
 
447 aa  250  7e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.219559 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  38.26 
 
 
506 aa  250  7e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2361  DEAD/DEAH box helicase-like  39.52 
 
 
422 aa  250  7e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.122997  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3520  DEAD/DEAH box helicase-like  38.61 
 
 
579 aa  250  8e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1125  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  38.75 
 
 
466 aa  249  1e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4297  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  37.77 
 
 
442 aa  249  1e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0654  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.29 
 
 
439 aa  249  1e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000031459  normal  0.38064 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4920  DEAD/DEAH box helicase-like  37.34 
 
 
446 aa  249  1e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00126468  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5283  DEAD/DEAH box helicase-like  36.96 
 
 
622 aa  249  1e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.3 
 
 
550 aa  249  1e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0544  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.05 
 
 
418 aa  250  1e-64  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05215  putative ATP-dependent RNA helicase  38.07 
 
 
424 aa  249  1e-64  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.190417  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0420  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.97 
 
 
628 aa  250  1e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0423  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.47 
 
 
550 aa  248  2e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109819  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1952  DEAD/DEAH box helicase-like  38.6 
 
 
426 aa  249  2e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.62212 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4779  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.81 
 
 
443 aa  249  2e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00319736  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.04 
 
 
515 aa  249  2e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.68 
 
 
443 aa  249  2e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00424195  normal  0.0145877 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.04 
 
 
526 aa  249  2e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.04 
 
 
525 aa  249  2e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.04 
 
 
525 aa  249  2e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2902  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.62 
 
 
598 aa  248  3e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0368123 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>