More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PHATRDRAFT_47695 on replicon NC_011682
Organism: Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011682  PHATRDRAFT_47695  predicted protein  100 
 
 		 418 aa  873    Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.00130842  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  36.54 
 
 		 364 aa  72  0.00000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1988  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.11 
 
 		 237 aa  69.7  0.00000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.145306  normal  0.940926 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0658  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44.44 
 
 		 211 aa  69.7  0.0000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2291  pseudouridine synthase  42.22 
 
 		 237 aa  69.3  0.0000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.339211 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  46.48 
 
 		 221 aa  68.6  0.0000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00972645  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  49.3 
 
 		 223 aa  67.4  0.0000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0072267 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2308  pseudouridine synthase  41.11 
 
 		 237 aa  67  0.0000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000393862  normal  0.0433307 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4330  pseudouridine synthase  43.75 
 
 		 245 aa  66.6  0.0000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697869 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  50 
 
 		 330 aa  66.6  0.0000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1592  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.01 
 
 		 212 aa  65.9  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.33 
 
 		 223 aa  64.7  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0515  pseudouridylate synthase  39.56 
 
 		 225 aa  63.9  0.000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1933  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44 
 
 		 222 aa  63.9  0.000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.640885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2886  pseudouridine synthase  33.09 
 
 		 223 aa  63.5  0.000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0283  pseudouridine synthase, RluD  36.19 
 
 		 343 aa  63.2  0.000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.131037 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  32.46 
 
 		 330 aa  63.2  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1736  pseudouridine synthase  48.19 
 
 		 222 aa  63.2  0.000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175202  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2791  pseudouridine synthase  32.05 
 
 		 223 aa  63.2  0.000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  31.58 
 
 		 329 aa  62.4  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0257  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.51 
 
 		 338 aa  62.8  0.00000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.390571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1566  pseudouridine synthase  33.09 
 
 		 223 aa  63.2  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.232461  hitchhiker  0.00000912019 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.39 
 
 		 300 aa  61.6  0.00000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2811  pseudouridine synthase  33.09 
 
 		 223 aa  61.6  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0225697  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  41.11 
 
 		 225 aa  62  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  41.76 
 
 		 225 aa  61.2  0.00000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0604  pseudouridine synthase, RluD  31.39 
 
 		 341 aa  60.8  0.00000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.206987 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  40.66 
 
 		 225 aa  60.5  0.00000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  32.46 
 
 		 330 aa  60.5  0.00000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22000  pseudouridine synthase RluA  41.33 
 
 		 211 aa  60.5  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.921344  hitchhiker  0.0000000000442265 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2087  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40 
 
 		 245 aa  60.1  0.00000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000349962  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.33 
 
 		 225 aa  60.1  0.00000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000100067  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4520  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.3 
 
 		 227 aa  60.1  0.00000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2706  pseudouridine synthase  31.91 
 
 		 217 aa  60.1  0.00000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0399435  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  28.87 
 
 		 310 aa  59.7  0.00000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1879  pseudouridine synthase RluA  41.33 
 
 		 211 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00060  pseudouridine synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32)  37.78 
 
 		 219 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00103207  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0062  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  37.78 
 
 		 219 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000519589  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  37.78 
 
 		 219 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465216  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  37.78 
 
 		 219 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157754  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  43.48 
 
 		 211 aa  59.7  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3599  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  37.78 
 
 		 219 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199705  unclonable  0.0000000150238 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0063  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  37.78 
 
 		 219 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  37.78 
 
 		 219 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000246696  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0050  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  37.78 
 
 		 219 aa  59.3  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000437271  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00059  hypothetical protein  37.78 
 
 		 219 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00251996  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  41.11 
 
 		 218 aa  59.3  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.33 
 
 		 225 aa  59.7  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.65 
 
 		 300 aa  58.9  0.0000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  42.03 
 
 		 211 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  49.12 
 
 		 326 aa  58.5  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.51 
 
 		 318 aa  58.9  0.0000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2765  pseudouridine synthase  50.79 
 
 		 215 aa  58.5  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.416224  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.3 
 
 		 214 aa  58.5  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  31.85 
 
 		 223 aa  58.5  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  43.48 
 
 		 211 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.51 
 
 		 326 aa  58.2  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  41.33 
 
 		 225 aa  58.2  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0799  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  46.58 
 
 		 225 aa  58.2  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.603428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0311  pseudouridine synthase  43.68 
 
 		 234 aa  57.8  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.148955 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3519  pseudouridine synthase  29.61 
 
 		 234 aa  58.2  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.477125  normal  0.108825 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_15666  predicted protein  39.62 
 
 		 235 aa  57.8  0.0000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  32.56 
 
 		 327 aa  57.4  0.0000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  43.33 
 
 		 204 aa  57.4  0.0000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  38.54 
 
 		 225 aa  57.4  0.0000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.43 
 
 		 330 aa  57.4  0.0000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3353  RNA pseudouridine synthase family protein  29.81 
 
 		 296 aa  57  0.0000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0622873  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3583  pseudouridine synthase  45.21 
 
 		 225 aa  57  0.0000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3706  pseudouridine synthase  45.21 
 
 		 225 aa  57  0.0000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.143352  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3515  pseudouridine synthase  45.21 
 
 		 225 aa  57  0.0000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.18243 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  31.85 
 
 		 223 aa  57  0.0000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0733  pseudouridine synthase  45.21 
 
 		 225 aa  57  0.0000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2093  pseudouridine synthase  43.66 
 
 		 260 aa  57  0.0000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000796384  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3001  pseudouridine synthase  41.43 
 
 		 219 aa  57  0.0000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0568  pseudouridine synthase  50.85 
 
 		 217 aa  56.6  0.0000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494043  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0107  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  37.78 
 
 		 219 aa  56.6  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000191196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0102  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  37.78 
 
 		 219 aa  56.6  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0105  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  37.78 
 
 		 219 aa  56.6  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472444  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2524  pseudouridylate synthase  42.47 
 
 		 230 aa  56.2  0.0000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.349394  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  32.82 
 
 		 226 aa  56.6  0.0000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.24 
 
 		 250 aa  56.6  0.0000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0101  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  37.78 
 
 		 219 aa  56.2  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00188355  normal  0.0335495 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  26.92 
 
 		 308 aa  56.2  0.000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_27993  predicted protein  39.36 
 
 		 264 aa  55.8  0.000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0936096  normal  0.139747 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  43.18 
 
 		 224 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  31.85 
 
 		 223 aa  56.2  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  38.04 
 
 		 219 aa  55.8  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0100  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  42.47 
 
 		 219 aa  56.2  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  0.810633 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  47.14 
 
 		 215 aa  56.2  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  30.43 
 
 		 306 aa  56.2  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1096  pseudouridylate synthase  42.67 
 
 		 232 aa  55.5  0.000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35140  Pseudouridylate synthase RluA  38.57 
 
 		 211 aa  55.1  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.484686  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03700  pseudouridylate synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32), dual specificity  36.26 
 
 		 238 aa  55.1  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0767  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  46.55 
 
 		 206 aa  55.1  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000401131  normal  0.046253 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.65 
 
 		 348 aa  55.5  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3568  pseudouridine synthase  46.55 
 
 		 206 aa  55.1  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0161869  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3630  pseudouridine synthase  50 
 
 		 217 aa  55.1  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.146108  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  40.66 
 
 		 249 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  46.55 
 
 		 206 aa  55.1  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000744972  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0680  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  36.26 
 
 		 299 aa  55.1  0.000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>