More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1542 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_1542  transcriptional regulator, DeoR family  100 
 
 
256 aa  513  1e-144  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.420943  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2920  transcriptional regulator, DeoR family  92.58 
 
 
256 aa  482  1e-135  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2499  transcriptional regulator, DeoR family  69.77 
 
 
258 aa  359  2e-98  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2404  transcriptional regulator, DeoR family  69.38 
 
 
258 aa  340  1e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.494443  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4204  DeoR family transcriptional regulator  50 
 
 
256 aa  236  4e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0512  transcriptional regulator, DeoR family  49.61 
 
 
256 aa  236  4e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.826881  normal  0.165905 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0219  DeoR family transcriptional regulator  49.81 
 
 
257 aa  226  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.800116  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2796  DeoR family transcriptional regulator  47.86 
 
 
255 aa  204  9e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.986717 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4915  DeoR family transcriptional regulator  42.08 
 
 
260 aa  183  2.0000000000000003e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1449  DeoR family transcriptional regulator  38.68 
 
 
256 aa  158  8e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0098  DeoR family transcriptional regulator  38.68 
 
 
256 aa  158  8e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.267831  normal  0.278019 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0146  transcriptional regulator, DeoR family  32.77 
 
 
250 aa  136  4e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000230525  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7075  DeoR family transcriptional regulator  37.02 
 
 
253 aa  134  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3620  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  30.65 
 
 
252 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0291  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  30.65 
 
 
252 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3804  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  30.65 
 
 
252 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3898  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  30.65 
 
 
252 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3702  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  30.65 
 
 
252 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.141419 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0750  DeoR family transcriptional regulator  35.63 
 
 
259 aa  131  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.6006 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4225  transcriptional regulator, DeoR family  35.32 
 
 
253 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.320526  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03274  DNA-binding transcriptional repressor  30.24 
 
 
252 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.324101  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03226  hypothetical protein  30.24 
 
 
252 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.347967  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3182  DeoR family transcriptional regulator  37.55 
 
 
255 aa  129  3e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.457235  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4730  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  30.24 
 
 
252 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0291  transcriptional regulator, DeoR family  30.65 
 
 
252 aa  128  7.000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4850  transcriptional regulator, DeoR family  35.91 
 
 
255 aa  128  9.000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.786631  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0063  transcriptional regulator, DeoR family  35.62 
 
 
253 aa  128  9.000000000000001e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.366513  normal  0.178311 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0299  DeoR family transcriptional regulator  32.14 
 
 
253 aa  128  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2030  DeoR family transcriptional regulator  34.54 
 
 
258 aa  127  1.0000000000000001e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0301  DeoR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
269 aa  127  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.596764  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3893  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  30.77 
 
 
252 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.256044  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3831  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  30.77 
 
 
252 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.852277 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3715  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  30.77 
 
 
252 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3790  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  30.77 
 
 
252 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1681  DeoR family transcriptional regulator  35.02 
 
 
309 aa  124  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.109023  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3724  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  30.77 
 
 
252 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3757  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  32.09 
 
 
252 aa  123  4e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1861  transcriptional regulator, DeoR family  35.98 
 
 
261 aa  122  4e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0157  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  32.09 
 
 
252 aa  123  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3997  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  32.09 
 
 
252 aa  123  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0997  transcriptional regulator, DeoR family  34.29 
 
 
267 aa  122  8e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.566799 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3191  transcriptional regulator, DeoR family  32.92 
 
 
252 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.932095  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0231  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  32.09 
 
 
252 aa  121  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0082  DeoR family transcriptional regulator  34.57 
 
 
255 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0376166  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0091  DeoR family transcriptional regulator  34.57 
 
 
255 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.316718  normal  0.0391482 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0072  DeoR family transcriptional regulator  34.57 
 
 
255 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.314417  normal  0.278782 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2500  transcriptional regulator, DeoR family  34.04 
 
 
253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.134213  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3057  regulatory protein, DeoR  32.92 
 
 
278 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.111728  normal  0.668147 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3176  transcriptional regulator of DeoR family protein  30.49 
 
 
270 aa  120  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.548886  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2377  DeoR family transcriptional regulator  31.94 
 
 
253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.167661 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3222  DeoR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
257 aa  120  3e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3929  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  31.88 
 
 
252 aa  120  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1031  lactose transport regulator  34.87 
 
 
233 aa  119  3e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.227139  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1059  transcriptional regulator, DeoR family  34.17 
 
 
253 aa  120  3e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4122  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  31.88 
 
 
252 aa  120  3e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0527  transcriptional regulator, DeoR family  34.22 
 
 
268 aa  119  3.9999999999999996e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2392  transcriptional regulator, DeoR family  29.88 
 
 
253 aa  119  3.9999999999999996e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2107  transcriptional regulator, DeoR family  35.56 
 
 
263 aa  119  3.9999999999999996e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.408646  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2323  transcriptional regulator, DeoR family  32.05 
 
 
266 aa  119  4.9999999999999996e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4640  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  31.16 
 
 
252 aa  119  7e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3170  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  29.03 
 
 
257 aa  119  7e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2991  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  29.03 
 
 
257 aa  119  7e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02557  DNA-bindng transcriptional repressor  29.03 
 
 
257 aa  118  7.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.632125  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0982  transcriptional regulator, DeoR family  29.03 
 
 
257 aa  118  7.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.015396  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1079  DeoR family transcriptional regulator  31.78 
 
 
251 aa  118  7.999999999999999e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02522  hypothetical protein  29.03 
 
 
257 aa  118  7.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.810713  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4860  DeoR family transcriptional regulator  33.07 
 
 
270 aa  118  7.999999999999999e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1005  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  29.03 
 
 
257 aa  118  7.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0173868  hitchhiker  0.000000410448 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2843  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  29.03 
 
 
257 aa  118  7.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  28.9 
 
 
257 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2830  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  28.7 
 
 
257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000942539 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0712  transcriptional regulator, DeoR family  34.87 
 
 
258 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1701  DeoR family transcriptional regulator  34.6 
 
 
264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.596529  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3023  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  29.03 
 
 
257 aa  116  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.471381  hitchhiker  0.00000157031 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5273  transcriptional regulator, DeoR family  32.73 
 
 
253 aa  117  3e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.408646  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45150  putative transcriptional regulator  33.05 
 
 
258 aa  116  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3039  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  29.03 
 
 
257 aa  116  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00817735 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0720  DeoR family transcriptional regulator  33.76 
 
 
253 aa  116  3e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.528248  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2988  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  29.03 
 
 
257 aa  116  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.192742  normal  0.0479774 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3146  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  29.03 
 
 
257 aa  116  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.435865  normal  0.0282064 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0011  DeoR family transcriptional regulator  35.52 
 
 
258 aa  116  3.9999999999999997e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000425621  unclonable  0.00000000668451 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0313  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  31.16 
 
 
252 aa  115  5e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0042  transcriptional regulator, DeoR family  33.49 
 
 
252 aa  116  5e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0457  glycerol-3-phosphate regulon repressor  30.41 
 
 
259 aa  115  6e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0096  DeoR family transcriptional regulator  33.72 
 
 
259 aa  115  6e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.12978 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2109  DeoR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
259 aa  115  6e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0890  transcriptional regulator, DeoR family  34.17 
 
 
260 aa  115  7.999999999999999e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.390832  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3053  transcriptional regulator, DeoR family  33.9 
 
 
257 aa  115  7.999999999999999e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.538096  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  28.7 
 
 
257 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2691  DeoR family transcriptional regulator  32.1 
 
 
254 aa  114  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134445  hitchhiker  0.00149692 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4532  DeoR family regulatory protein  32.03 
 
 
252 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.194057  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4407  DeoR family regulatory protein  32.03 
 
 
252 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.144995 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4606  DeoR family regulatory protein  32.03 
 
 
252 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.337997  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7268  transcriptional regulator DeoR family  33.62 
 
 
253 aa  113  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.254558  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1537  DeoR family transcriptional regulator  32.23 
 
 
260 aa  113  3e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000092764  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3172  transcriptional regulator, DeoR family  35.54 
 
 
267 aa  113  4.0000000000000004e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.465579 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2613  transcriptional regulator, DeoR family  30.99 
 
 
257 aa  112  4.0000000000000004e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000333133  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1140  galactitol utilization operon repressor  31.5 
 
 
263 aa  112  4.0000000000000004e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.556636  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2141  transcriptional regulator, DeoR family  35.1 
 
 
253 aa  113  4.0000000000000004e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.386533  normal  0.871763 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0642  DeoR family transcriptional regulator  29.34 
 
 
256 aa  112  5e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000291189  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>