More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7268 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7268  transcriptional regulator DeoR family  100 
 
 		 253 aa  513  1.0000000000000001e-145  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.254558  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2594  DeoR family transcriptional regulator  67.19 
 
 		 253 aa  341  7e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.330366 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4008  transcriptional regulator, DeoR family  49.8 
 
 		 282 aa  219  3e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1308  transcriptional regulator, DeoR family  45.38 
 
 		 250 aa  206  3e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.225197  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1363  regulatory protein DeoR  44.98 
 
 		 250 aa  206  4e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.225271  normal  0.212224 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1563  transcriptional regulator, DeoR family  44.58 
 
 		 250 aa  205  6e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0289258  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0042  transcriptional regulator, DeoR family  38.96 
 
 		 252 aa  162  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3191  transcriptional regulator, DeoR family  35.74 
 
 		 252 aa  156  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.932095  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3057  regulatory protein, DeoR  35.74 
 
 		 278 aa  155  7e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.111728  normal  0.668147 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0971  DeoR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 251 aa  135  8e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.580617 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4986  transcriptional regulator, DeoR family  30.65 
 
 		 260 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0285298  normal  0.0212972 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2404  transcriptional regulator, DeoR family  32.67 
 
 		 257 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0079  putative transcriptional regulator IolR  29.91 
 
 		 256 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0720  DeoR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 253 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.528248  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3215  transcriptional regulator, DeoR family  30.52 
 
 		 252 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2919  DeoR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.357868  normal  0.238188 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2392  transcriptional regulator, DeoR family  31.84 
 
 		 253 aa  125  7e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1665  DeoR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 260 aa  125  9e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0473593 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4020  transcriptional regulator, DeoR family  29.55 
 
 		 255 aa  124  1e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00000000472549  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0457  glycerol-3-phosphate regulon repressor  33.76 
 
 		 259 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0575  DeoR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 274 aa  124  2e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000140104  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0312  DeoR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 264 aa  123  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.812153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3849  DeoR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 257 aa  124  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.697136 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5273  transcriptional regulator, DeoR family  32.94 
 
 		 253 aa  124  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.408646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2109  DeoR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 259 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1079  DeoR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 251 aa  123  3e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1875  transcriptional regulator, DeoR family  32.49 
 
 		 259 aa  122  5e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3182  DeoR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 255 aa  122  7e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.457235  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1681  DeoR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 309 aa  122  8e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.109023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3032  DeoR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 255 aa  121  9e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3139  transcriptional regulator, DeoR family  29.51 
 
 		 255 aa  121  9e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02585  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.51 
 
 		 265 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0977  DeoR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 255 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.96922  normal  0.682272 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02550  hypothetical protein  29.51 
 
 		 265 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2873  DeoR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 255 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0953  transcriptional regulator, DeoR family  29.51 
 
 		 255 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4225  transcriptional regulator, DeoR family  31.82 
 
 		 253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.320526  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2500  transcriptional regulator, DeoR family  32 
 
 		 253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.134213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45150  putative transcriptional regulator  31.58 
 
 		 258 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0488  DeoR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 256 aa  120  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.627164 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3687  regulatory protein, DeoR  33.62 
 
 		 259 aa  120  3e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.300297  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0609  DeoR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 252 aa  119  3.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000143813 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1790  transcriptional regulator, DeoR family  33.89 
 
 		 259 aa  119  3.9999999999999996e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.676123  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1493  DeoR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 254 aa  119  4.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0146  transcriptional regulator, DeoR family  33.2 
 
 		 250 aa  119  4.9999999999999996e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000230525  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2377  DeoR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 253 aa  119  6e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.167661 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2219  regulatory protein DeoR  33.59 
 
 		 256 aa  118  7e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.0075585  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2548  DeoR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 252 aa  118  7e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00992878 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3571  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  31.35 
 
 		 269 aa  119  7e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.557659 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2177  transcriptional regulator, DeoR family  30.56 
 
 		 253 aa  118  9e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0975605  hitchhiker  0.00125188 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1535  transcriptional regulator, DeoR family  32.61 
 
 		 253 aa  117  9.999999999999999e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.556819  hitchhiker  0.00734434 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0082  DeoR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 255 aa  117  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0376166  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0091  DeoR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 255 aa  117  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.316718  normal  0.0391482 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0072  DeoR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 255 aa  117  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.314417  normal  0.278782 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01190  transcriptional regulator, DeoR family  32.73 
 
 		 252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1449  DeoR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 256 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1182  DeoR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 286 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.330735  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4218  DeoR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 284 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.271905 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3428  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  31.91 
 
 		 269 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0098  DeoR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 256 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.267831  normal  0.278019 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3773  DeoR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 268 aa  116  3e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.933723  normal  0.169904 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1069  DeoR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 274 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0358  DeoR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 260 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1646  DeoR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 274 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.288824  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1228  DeoR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 274 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0813024  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0227  DeoR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 315 aa  115  5e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0585887  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4204  DeoR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 256 aa  115  5e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0631  glycerol-3-phosphate regulon repressor  32 
 
 		 257 aa  115  5e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.405946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1734  transcriptional regulators of sugar metabolism  30.13 
 
 		 260 aa  115  5e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02996  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.89 
 
 		 269 aa  115  6e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0574  transcriptional regulator, DeoR family  31.89 
 
 		 269 aa  115  6e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0569  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  31.89 
 
 		 269 aa  115  6e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02947  hypothetical protein  31.89 
 
 		 269 aa  115  6e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4445  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  31.89 
 
 		 269 aa  115  6e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3321  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  31.89 
 
 		 269 aa  115  6e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2220  DeoR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 277 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0244246 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1187  DeoR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 257 aa  115  6.9999999999999995e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0119  transcriptional regulator, DeoR family  30.65 
 
 		 252 aa  115  7.999999999999999e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4870  DeoR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 288 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.69583 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3611  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  31.89 
 
 		 269 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0061  DeoR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 376 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5444  transcriptional regulator, DeoR family  32.89 
 
 		 248 aa  114  1.0000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0512  transcriptional regulator, DeoR family  33.19 
 
 		 256 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.826881  normal  0.165905 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0568  regulatory protein DeoR  29.31 
 
 		 254 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.250668  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1510  transcriptional regulator, DeoR family  30.08 
 
 		 250 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000196548  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3228  DeoR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 254 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2190  transcriptional regulator, DeoR family  30 
 
 		 253 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3732  transcriptional regulator, DeoR family  32.8 
 
 		 283 aa  113  2.0000000000000002e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3160  DeoR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0184  transcriptional regulator, DeoR family  31.5 
 
 		 256 aa  114  2.0000000000000002e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3818  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  32.19 
 
 		 258 aa  114  2.0000000000000002e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.892973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0750  DeoR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 259 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.6006 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3040  transcriptional regulator, DeoR family  28.74 
 
 		 254 aa  113  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1360  DeoR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 274 aa  113  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.019749  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4070  DeoR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 266 aa  113  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1542  transcriptional regulator, DeoR family  33.62 
 
 		 256 aa  113  3e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.420943  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0146  DeoR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 263 aa  113  4.0000000000000004e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0131  DeoR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 263 aa  113  4.0000000000000004e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0566  DeoR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 248 aa  112  4.0000000000000004e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0552  transcription repressor of fructose operon fruR  31.5 
 
 		 248 aa  112  4.0000000000000004e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>