More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0209 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_1440  transcriptional regulator  63 
 
 		 482 aa  639    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0214  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  98.31 
 
 		 478 aa  966    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3726  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  65.68 
 
 		 479 aa  660    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0209  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  100 
 
 		 474 aa  979    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0494  GntR family transcriptional regulator  63.75 
 
 		 471 aa  640    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.416299 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5531  GntR family transcriptional regulator  62.26 
 
 		 473 aa  632  1e-180  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.433178 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0096  transcriptional regulator, GntR family/aminotransferase, class I  61.19 
 
 		 473 aa  628  1e-179  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5327  transcriptional regulator  61.19 
 
 		 496 aa  628  1e-179  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.898471  normal  0.06298 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0195  transcriptional regulator  61.41 
 
 		 476 aa  627  1e-178  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.344664  hitchhiker  0.000191089 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5185  GntR family transcriptional regulator  60.98 
 
 		 496 aa  626  1e-178  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0411857 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5275  GntR family transcriptional regulator  60.77 
 
 		 496 aa  623  1e-177  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.187277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0230  transcriptional regulator GntR  61.59 
 
 		 473 aa  624  1e-177  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3876  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  62.16 
 
 		 476 aa  622  1e-177  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38250  putative transcriptional regulator  61.06 
 
 		 474 aa  620  1e-176  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293552 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3656  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  60.13 
 
 		 470 aa  616  1e-175  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3723  transcriptional regulator  60.13 
 
 		 470 aa  615  1e-175  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3253  putative transcriptional regulator  60.64 
 
 		 474 aa  615  1e-175  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0471959  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4886  GntR family transcriptional regulator  60.13 
 
 		 470 aa  616  1e-175  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.344602  normal  0.838171 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5854  transcriptional regulator, GntR family/aminotransferase, classes I and II  60.13 
 
 		 470 aa  615  1e-175  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.491083 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4568  GntR family transcriptional regulator  59.91 
 
 		 470 aa  614  9.999999999999999e-175  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4761  aminotransferase, classes I and II superfamily  58.79 
 
 		 471 aa  593  1e-168  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0240  GntR family transcriptional regulator  59.91 
 
 		 473 aa  584  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1450  GntR family transcriptional regulator  52.65 
 
 		 504 aa  503  1e-141  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00080879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3059  GntR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 473 aa  386  1e-106  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0865812  hitchhiker  0.000973023 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0018  GntR family transcriptional regulator  41.97 
 
 		 478 aa  365  1e-99  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.422778  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1582  transcriptional regulator  40.56 
 
 		 483 aa  363  5.0000000000000005e-99  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121263 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2921  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  40.6 
 
 		 475 aa  360  2e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.542365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1725  GntR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 483 aa  360  3e-98  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.809338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2000  regulatory protein, GntR  40 
 
 		 479 aa  354  2e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0975801 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1126  GntR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 475 aa  352  5.9999999999999994e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2190  transcriptional regulator, GntR family  39.78 
 
 		 479 aa  350  3e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2450  GntR family transcriptional regulator  40.25 
 
 		 469 aa  347  3e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00121397  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4112  GntR family transcriptional regulator  39.35 
 
 		 479 aa  347  3e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.282871 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26590  GntR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 479 aa  345  1e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.079349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2257  putative transcriptional regulator  37.83 
 
 		 479 aa  345  1e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2096  GntR family transcriptional regulator  40.04 
 
 		 471 aa  343  2.9999999999999997e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698776  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3521  transcriptional regulator  39.35 
 
 		 480 aa  342  7e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1067  GntR family transcriptional regulator  42.38 
 
 		 478 aa  342  9e-93  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.315299  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2701  GntR family transcriptional regulator  39.57 
 
 		 502 aa  341  1e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.193287  normal  0.0380236 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1656  GntR family transcriptional regulator  39.35 
 
 		 509 aa  341  2e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.928604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3769  transcriptional regulator  39.57 
 
 		 480 aa  340  2e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.492539  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4197  GntR family transcriptional regulator  39.35 
 
 		 530 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1599  GntR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 475 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2529  GntR family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 487 aa  339  5e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1940  transcriptional regulator  38.28 
 
 		 469 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00494484 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1266  GntR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 473 aa  336  5e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0592211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3581  transcriptional regulator  38.45 
 
 		 473 aa  335  1e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.634992  normal  0.954313 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4467  transcriptional regulator  39.1 
 
 		 473 aa  333  3e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.652401  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4005  GntR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 473 aa  333  4e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.723654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2122  GntR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 473 aa  332  9e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4094  GntR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 479 aa  329  6e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.541503  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0803  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  39.23 
 
 		 480 aa  328  1.0000000000000001e-88  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.284256  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4066  transcriptional regulator  38.27 
 
 		 478 aa  327  3e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.974396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3939  GntR family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 482 aa  327  4.0000000000000003e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10530  GntR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 471 aa  326  5e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4651  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  39.96 
 
 		 484 aa  326  6e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0959  hypothetical protein  37.58 
 
 		 500 aa  326  6e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2611  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  40 
 
 		 479 aa  326  7e-88  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.892437  normal  0.704953 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0850  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.81 
 
 		 492 aa  325  9e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1487  GntR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 477 aa  325  1e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.539495  normal  0.767107 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2093  GntR family transcriptional regulator  39.83 
 
 		 473 aa  325  1e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.132381  normal  0.73636 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4517  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.09 
 
 		 471 aa  324  2e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3095  GntR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 491 aa  323  3e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.259075  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2230  GntR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 469 aa  323  3e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.630416 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2379  transcriptional regulator  37.2 
 
 		 469 aa  322  7e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.228366  normal  0.534962 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3544  GntR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 469 aa  322  9.000000000000001e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.384624  normal  0.66471 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1073  GntR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 472 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1253  GntR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 472 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.413574  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0498  GntR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 472 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.645809  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0226  GntR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 472 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3949  GntR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 473 aa  321  9.999999999999999e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.905833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4479  GntR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 477 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1338  GntR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 472 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1420  GntR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 472 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.242297  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5727  transcriptional regulator  38.68 
 
 		 473 aa  320  3e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.769586 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1184  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.58 
 
 		 479 aa  320  3e-86  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.823264 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1337  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.74 
 
 		 487 aa  320  3e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4578  GntR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 473 aa  320  3e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3836  GntR family transcriptional regulator  37.53 
 
 		 474 aa  319  5e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2454  transcriptional regulator  40.34 
 
 		 481 aa  320  5e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.201497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2580  GntR family regulatory protein  38.09 
 
 		 493 aa  319  6e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.882118  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2639  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.51 
 
 		 477 aa  319  7.999999999999999e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.147714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1421  GntR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 532 aa  318  1e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.694482  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3790  GntR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 478 aa  318  1e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2226  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.81 
 
 		 470 aa  318  2e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4183  transcriptional regulator  38.43 
 
 		 492 aa  317  4e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1356  GntR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 477 aa  315  9e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.130979 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5419  transcriptional regulator  38.08 
 
 		 474 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.454828  normal  0.125674 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3280  GntR family transcriptional regulator  36.85 
 
 		 478 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5088  GntR family transcriptional regulator  36.85 
 
 		 478 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.122241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1972  GntR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 470 aa  314  1.9999999999999998e-84  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3795  regulatory protein GntR HTH  36.19 
 
 		 471 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3874  GntR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 477 aa  315  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4495  GntR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 477 aa  315  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6453  transcriptional regulator  37.68 
 
 		 475 aa  314  2.9999999999999996e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.610703 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5809  transcriptional regulator  36.92 
 
 		 477 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.231946  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7058  transcriptional regulator  37.84 
 
 		 474 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0140093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0924  GntR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 471 aa  312  6.999999999999999e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.674436  normal  0.279711 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3927  GntR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 477 aa  312  7.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.510298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5696  GntR family transcriptional regulator  37.47 
 
 		 475 aa  312  1e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.944237 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>