More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2190 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4197  GntR family transcriptional regulator  90.3 
 
 
530 aa  887    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2190  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 
479 aa  988    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2257  putative transcriptional regulator  85.71 
 
 
479 aa  863    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2000  regulatory protein, GntR  98.33 
 
 
479 aa  972    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0975801 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4112  GntR family transcriptional regulator  93.88 
 
 
479 aa  904    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.282871 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3769  transcriptional regulator  90.51 
 
 
480 aa  887    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.492539  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2701  GntR family transcriptional regulator  89.26 
 
 
502 aa  845    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.193287  normal  0.0380236 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1656  GntR family transcriptional regulator  90.3 
 
 
509 aa  887    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.928604  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3521  transcriptional regulator  91.16 
 
 
480 aa  896    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26590  GntR family transcriptional regulator  85.71 
 
 
479 aa  863    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.079349  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0850  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  46.25 
 
 
492 aa  419  1e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0018  GntR family transcriptional regulator  44.75 
 
 
478 aa  417  9.999999999999999e-116  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.422778  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3949  GntR family transcriptional regulator  43.16 
 
 
473 aa  417  9.999999999999999e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.905833  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0803  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  45.42 
 
 
480 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.284256  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3059  GntR family transcriptional regulator  43.32 
 
 
473 aa  402  1e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0865812  hitchhiker  0.000973023 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2096  GntR family transcriptional regulator  43.71 
 
 
471 aa  396  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698776  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1725  GntR family transcriptional regulator  41.85 
 
 
483 aa  384  1e-105  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.809338  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2529  GntR family transcriptional regulator  42.7 
 
 
487 aa  379  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1582  transcriptional regulator  40.34 
 
 
483 aa  381  1e-104  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.121263 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1487  GntR family transcriptional regulator  40.63 
 
 
477 aa  377  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.539495  normal  0.767107 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5275  GntR family transcriptional regulator  41.01 
 
 
496 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.187277  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0959  hypothetical protein  42.18 
 
 
500 aa  373  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2639  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  40.62 
 
 
477 aa  375  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.147714  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3581  transcriptional regulator  41.4 
 
 
473 aa  374  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.634992  normal  0.954313 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10530  GntR family transcriptional regulator  42.18 
 
 
471 aa  373  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1940  transcriptional regulator  41.42 
 
 
469 aa  371  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00494484 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5185  GntR family transcriptional regulator  41.01 
 
 
496 aa  371  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0411857 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0195  transcriptional regulator  40.38 
 
 
476 aa  371  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.344664  hitchhiker  0.000191089 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3939  GntR family transcriptional regulator  42.8 
 
 
482 aa  370  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1356  GntR family transcriptional regulator  40.9 
 
 
477 aa  370  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.130979 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2450  GntR family transcriptional regulator  40.21 
 
 
469 aa  368  1e-100  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00121397  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5327  transcriptional regulator  40.64 
 
 
496 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.898471  normal  0.06298 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3874  GntR family transcriptional regulator  40.47 
 
 
477 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4391  transcriptional regulator  39.83 
 
 
477 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.046272 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2122  GntR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
473 aa  368  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5809  transcriptional regulator  40.47 
 
 
477 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.231946  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3927  GntR family transcriptional regulator  39.83 
 
 
477 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.510298  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4495  GntR family transcriptional regulator  40.47 
 
 
477 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4517  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  40.65 
 
 
471 aa  367  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1421  GntR family transcriptional regulator  40.47 
 
 
532 aa  364  2e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.694482  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2921  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  40.26 
 
 
475 aa  363  4e-99  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.542365  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1892  GntR family transcriptional regulator  40.95 
 
 
477 aa  362  8e-99  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3253  putative transcriptional regulator  39.66 
 
 
474 aa  360  2e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0471959  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0924  GntR family transcriptional regulator  41.2 
 
 
471 aa  361  2e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.674436  normal  0.279711 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0096  transcriptional regulator, GntR family/aminotransferase, class I  39.92 
 
 
473 aa  360  4e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3095  GntR family transcriptional regulator  42.06 
 
 
491 aa  359  7e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.259075  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3726  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  39.48 
 
 
479 aa  358  9.999999999999999e-98  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0209  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  39.78 
 
 
474 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4467  transcriptional regulator  38.84 
 
 
473 aa  357  3.9999999999999996e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.652401  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2379  transcriptional regulator  40.99 
 
 
469 aa  356  5e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.228366  normal  0.534962 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4005  GntR family transcriptional regulator  38.84 
 
 
473 aa  356  5e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.723654  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0214  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  39.78 
 
 
478 aa  356  5.999999999999999e-97  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38250  putative transcriptional regulator  39.87 
 
 
474 aa  356  5.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00293552 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4568  GntR family transcriptional regulator  38.13 
 
 
470 aa  356  5.999999999999999e-97  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2230  GntR family transcriptional regulator  40.99 
 
 
469 aa  355  7.999999999999999e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.630416 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2093  GntR family transcriptional regulator  40.9 
 
 
473 aa  355  7.999999999999999e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.132381  normal  0.73636 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0230  transcriptional regulator GntR  39.48 
 
 
473 aa  355  1e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3544  GntR family transcriptional regulator  40.77 
 
 
469 aa  354  2e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.384624  normal  0.66471 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5531  GntR family transcriptional regulator  39.5 
 
 
473 aa  354  2e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.433178 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1266  GntR family transcriptional regulator  38.72 
 
 
473 aa  354  2e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0592211  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1440  transcriptional regulator  39.28 
 
 
482 aa  354  2e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5854  transcriptional regulator, GntR family/aminotransferase, classes I and II  38.34 
 
 
470 aa  354  2e-96  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.491083 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3656  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.13 
 
 
470 aa  353  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1063  GntR family transcriptional regulator  43.71 
 
 
470 aa  353  2.9999999999999997e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4094  GntR family transcriptional regulator  37.47 
 
 
479 aa  353  2.9999999999999997e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.541503  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4886  GntR family transcriptional regulator  38.34 
 
 
470 aa  353  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.344602  normal  0.838171 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1337  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  39.96 
 
 
487 aa  353  4e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4152  transcriptional regulator  39.7 
 
 
483 aa  353  5e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.322922  normal  0.450861 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2858  transcriptional regulator  40.65 
 
 
472 aa  353  5e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.640766 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1126  GntR family transcriptional regulator  37.58 
 
 
475 aa  352  5.9999999999999994e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1599  GntR family transcriptional regulator  38.27 
 
 
475 aa  352  8e-96  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0494  GntR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
471 aa  352  1e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.416299 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3723  transcriptional regulator  38.13 
 
 
470 aa  351  2e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1972  GntR family transcriptional regulator  43.4 
 
 
470 aa  350  3e-95  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2226  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  41.36 
 
 
470 aa  349  7e-95  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1173  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  38.46 
 
 
486 aa  348  1e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.914694  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6190  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.45 
 
 
475 aa  348  1e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4651  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  41.08 
 
 
484 aa  348  1e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1524  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  40.38 
 
 
483 aa  348  1e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.790712  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0240  GntR family transcriptional regulator  39.7 
 
 
473 aa  348  2e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1067  GntR family transcriptional regulator  41.16 
 
 
478 aa  347  2e-94  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.315299  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1338  GntR family transcriptional regulator  39.19 
 
 
472 aa  347  3e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5727  transcriptional regulator  39.07 
 
 
473 aa  347  3e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.769586 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4578  GntR family transcriptional regulator  39.07 
 
 
473 aa  347  3e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1420  GntR family transcriptional regulator  39.19 
 
 
472 aa  347  4e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.242297  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1253  GntR family transcriptional regulator  39.19 
 
 
472 aa  347  4e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.413574  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2580  GntR family regulatory protein  39.19 
 
 
493 aa  347  4e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.882118  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0498  GntR family transcriptional regulator  39.19 
 
 
472 aa  347  4e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.645809  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4761  aminotransferase, classes I and II superfamily  37.69 
 
 
471 aa  347  4e-94  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0226  GntR family transcriptional regulator  39.19 
 
 
472 aa  347  4e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3790  GntR family transcriptional regulator  39.07 
 
 
478 aa  346  4e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1073  GntR family transcriptional regulator  39.19 
 
 
472 aa  347  4e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4744  transcriptional regulator  36.83 
 
 
475 aa  346  5e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.0066637  normal  0.499437 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3836  GntR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
474 aa  346  5e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1939  transcriptional regulator  37.42 
 
 
476 aa  346  5e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0234327  normal  0.0215976 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1450  GntR family transcriptional regulator  37.32 
 
 
504 aa  345  8.999999999999999e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00080879  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3543  transcriptional regulator  40.3 
 
 
479 aa  345  1e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.735344  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4066  transcriptional regulator  38.32 
 
 
478 aa  344  2e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.974396  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3396  GntR family transcriptional regulator  38.69 
 
 
473 aa  343  4e-93  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.644089  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2454  transcriptional regulator  40.94 
 
 
481 aa  343  4e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.201497  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>