80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_0087 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_0087    100 
 
 		 120 bp  238  3e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0313226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0517  histidine kinase  92.04 
 
 		 2181 bp  153  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.978002  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  91.96 
 
 		 2223 bp  151  5e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1889  ATPase domain-containing protein  93.9 
 
 		 843 bp  123  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.508337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  88.3 
 
 		 2226 bp  99.6  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4726  multi-sensor hybrid histidine kinase  86.36 
 
 		 1878 bp  79.8  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.140851  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  90.32 
 
 		 3198 bp  75.8  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  88.71 
 
 		 3198 bp  67.9  0.0000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2181  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  87.69 
 
 		 2139 bp  65.9  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.113069  normal  0.344517 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  89.29 
 
 		 2424 bp  63.9  0.000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1684  histidine kinase  86.76 
 
 		 2106 bp  63.9  0.000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  93.18 
 
 		 2349 bp  63.9  0.000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2632  multi-sensor hybrid histidine kinase  93.02 
 
 		 2721 bp  61.9  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  91.49 
 
 		 1479 bp  61.9  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  91.49 
 
 		 2871 bp  61.9  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2825  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  89.8 
 
 		 2712 bp  58  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.198382 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1330  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  91.11 
 
 		 2154 bp  58  0.0000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00298171 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2057  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  87.5 
 
 		 2244 bp  56  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.376311  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1972  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  87.5 
 
 		 2244 bp  56  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.466348  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3795  multi-sensor hybrid histidine kinase  87.5 
 
 		 2424 bp  56  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.750808 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2602  PAS sensor protein  90.7 
 
 		 2712 bp  54  0.000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.378864 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1201  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  89.36 
 
 		 1647 bp  54  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.642458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2610  histidine kinase  96.77 
 
 		 1659 bp  54  0.000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1290  histidine kinase  89.36 
 
 		 1722 bp  54  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  89.36 
 
 		 3261 bp  54  0.000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2956  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  96.67 
 
 		 1953 bp  52  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.753222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2226  multi-sensor hybrid histidine kinase  94.12 
 
 		 2391 bp  52  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000698755  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3208  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  87.04 
 
 		 2109 bp  52  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.289512 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1524  multi-sensor hybrid histidine kinase  92.11 
 
 		 2562 bp  52  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.334346 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  89.13 
 
 		 2673 bp  52  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2001  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  94.12 
 
 		 2391 bp  52  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  7.77001e-34 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2780  histidine kinase  85.96 
 
 		 1677 bp  50.1  0.0001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3208  multi-sensor hybrid histidine kinase  86.79 
 
 		 1869 bp  50.1  0.0001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0750823 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5761  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  91.89 
 
 		 2127 bp  50.1  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2362  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  90.24 
 
 		 1641 bp  50.1  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00154548  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1727  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  90.24 
 
 		 2382 bp  50.1  0.0001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  86.79 
 
 		 2067 bp  50.1  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.121998  normal  0.468356 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4222  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  90.24 
 
 		 1884 bp  50.1  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.288914  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3039  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  96.55 
 
 		 3204 bp  50.1  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.635771  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4372  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  93.75 
 
 		 1926 bp  48.1  0.0005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.755089  normal  0.0153537 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 		 3678 bp  48.1  0.0005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5491  cell cycle control histidine kinase CckA  87.5 
 
 		 2679 bp  48.1  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.606378  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1292  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  93.75 
 
 		 2061 bp  48.1  0.0005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.21073  normal  0.829403 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  81.82 
 
 		 2751 bp  48.1  0.0005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1794  multi-sensor hybrid histidine kinase  93.75 
 
 		 2388 bp  48.1  0.0005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.477207 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  93.75 
 
 		 2031 bp  48.1  0.0005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  88.64 
 
 		 1893 bp  48.1  0.0005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.21488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3527  multi-sensor hybrid histidine kinase  93.55 
 
 		 2520 bp  46.1  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.064663 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  87.23 
 
 		 3270 bp  46.1  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0542  multi-sensor hybrid histidine kinase  93.55 
 
 		 3153 bp  46.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.757487  normal  0.763027 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  93.55 
 
 		 2544 bp  46.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  87.23 
 
 		 3279 bp  46.1  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  85.45 
 
 		 3678 bp  46.1  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6621  histidine kinase  93.55 
 
 		 1659 bp  46.1  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  87.23 
 
 		 2997 bp  46.1  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1138  Signal transduction histidine kinase  93.55 
 
 		 2667 bp  46.1  0.002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.408537  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2898  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  91.18 
 
 		 2550 bp  44.1  0.008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16474e-17 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0186  sensor protein ZraS  88.1 
 
 		 1566 bp  44.1  0.008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2820  multi-sensor hybrid histidine kinase / cell cycle control histidine kinase CckA  89.47 
 
 		 2490 bp  44.1  0.008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5580  multi-sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 		 2100 bp  44.1  0.008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0190821  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2885  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  85.19 
 
 		 2457 bp  44.1  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0237924  normal  0.0700462 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4889  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  89.47 
 
 		 2163 bp  44.1  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0672  sensory box protein  100 
 
 		 3831 bp  44.1  0.008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.321974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3494  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 		 1899 bp  44.1  0.008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0703  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  100 
 
 		 3831 bp  44.1  0.008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.26462  normal  0.0640291 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  86.96 
 
 		 2769 bp  44.1  0.008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3549  multi-sensor hybrid histidine kinase  89.47 
 
 		 2109 bp  44.1  0.008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3860  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  89.47 
 
 		 1563 bp  44.1  0.008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4548  histidine kinase  86 
 
 		 2250 bp  44.1  0.008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000713404  normal  0.70634 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1983  multi-sensor hybrid histidine kinase  91.18 
 
 		 2544 bp  44.1  0.008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.138459 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7844  sensor histidine kinase  88.1 
 
 		 1590 bp  44.1  0.008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.651552 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  93.33 
 
 		 2832 bp  44.1  0.008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2798  transport-associated  100 
 
 		 834 bp  44.1  0.008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549341  normal  0.297998 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3281  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  91.18 
 
 		 2043 bp  44.1  0.008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2427  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  85.19 
 
 		 2124 bp  44.1  0.008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.215124  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1383  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  91.18 
 
 		 2460 bp  44.1  0.008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000597485  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0006  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  89.47 
 
 		 2280 bp  44.1  0.008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0137592  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  86 
 
 		 2370 bp  44.1  0.008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3375  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  88.1 
 
 		 2145 bp  44.1  0.008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  86 
 
 		 2370 bp  44.1  0.008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>